Однако вначале городам пришлось выдержать чрезвычайно тяжелые, а иногда даже военные столкновения со своими феодальными властителями. В 1226 году Любек получил статус вольного города, в результате чего на него перестала распространяться власть феодального князя и он подчинялся непосредственно монарху.
В XIII-XIV веках денег у феодалов хронически не хватало. Поэтому богатые города с их более прогрессивной экономической организацией в конечном итоге брали верх над князьями, хотя последние и стремились сохранить свою власть. Ради этого прибегали даже к самым разным мерам, вплоть до продажи датскому королю всего юго-восточного побережья Балтийского моря.
Экспансионистская политика, которую датские короли вели длительное время, подорвала экономику страны и поставила Данию на грань разорения. Недовольством и возмещением народа воспользовалась датская феодальная верхушка. Она изгнала короля. Страна погрузилась в пучину феодальных смут и анархии. В эти годы многие датские аристократы стали во главе разбойничьих банд и начали препятствовать нормальному судоходству в Балтийском море. В конце концов в 1338 году Любек, Висмар, Росток и Гамбург заключили союз с северогерманскими князьями и датским королем для совместной борьбы против пиратства в Балтийском и Северном морях. Бремен не присоединился к этому союзу, хотя в связи с постоянными разбойничьими акциями в устье Везера вынужден был временно закрыть свой порт. Он выплачивал фризам ежегодную дань и таким образом обеспечивал себе свободу устья Везера. Имеются документальные подтверждения того, что "на это хорошее дело" в 1312 году было истрачено 1400 марок серебром. Когда жители Гамбурга обратились к императору Карлу IV (1346-1378 гг) с просьбой защитить их от разбойников на Эльбе, он отделался от них, дав им хороший совет поймать разбойников и наказать их по закону.
На севере Германии фактически не было королевской власти, ибо короли Священной Римской империи всю силу империи растратили в своих итальянских походах. Северогерманские князья не слишком серьезно относились к союзу с городами против пиратства. Многие из них тайно поддерживали пиратов и даже получали часть добычи. Датский и английский короли официально брали пиратов к себе на службу и тем самым усиливали свое морское могущество. Поскольку каперы должны были снаряжать свои корабли на собственные средства, было выгодно выдавать пиратам каперские свидетельства и репрессалии. Наличие их превращало ограбление торгового судна в законный военный акт. Таким образом в 1351 году возле Брюгге был захвачен и ограблен корабль из Грайфсвальда. Под давлением Ганзы капер был осужден фландрским судом. В ответ на это английский король выдал репрессалии против ганзейских купцов, ведущих торговлю в Англии.
Моряки германских городов также занимались пиратством. Грабя преимущественно английские суда в Северном море, они не упускали и других возможностей. Поэтому перед вооруженными отрядами на борту германских судов (когг) стояла двойная задача: с одной стороны, они должны были грабить более слабые корабли, а с другой - защищать свои суда от нападений пиратов и каперов. Эти отряды были необходимы также и для защиты судов от разбойничьего населения побережья, когда корабль садился на мель или его выбрасывала на берег буря. Были нередки случаи, как в доганзейский период, так в начале существования Ганзы, когда моряки соперничавших между собой городов захватывали и грабили корабли противника.
Ганза образовалась в XIII веке постепенно, из различных групп городов. Одну группу составляли рейнские города во главе с Кельном как хозяйственным центром. В середине XIII столетия возникли вестфальский и нижнесаксонский союзы городов. В вестфальском союзе ведущим был город Дортмунд, а в нижнесаксонском - вначале Брауншвейг, затем Гамбург и Бремен. В конце XIII века образовался союз прусских городов, во главе которого стал быстро развивающийся Данциг. Несомненно, существование этих союзов способствовало развитию Ганзы, однако решающая роль все же принадлежала портовым города юго-западного побережья Балтийского моря, так называемым венским городам во главе с Любеком, Висмаром, Ростоком и Штральзундом. В 1358 году в документе, принятом на собрании представителей городов, впервые было употреблено название "германская Ганза", хотя в этот союз входили также и города других стран.
В важнейших зарубежных портовых и торговых городах — в Лондоне, Брюгге, Бергене (Норвегия) и Новгороде — Ганза имела постоянные конторы, которым были даны чрезвычайные полномочия. "Некоронованным королем" Ганзы был город Любек. Статус вольного города облегчал Любеку сохранение его ведущей роли в союзе, однако основу могущества города составляло его положение как морской базы для восточной экспансии германских феодалов. Все походы на восток по морю начинались здесь. Любек извлекал большую выгоду их своего географического положения, так как превратился в важнейший перевалочный пункт для товарооборота между Балтийским и Северным морями.