В конце концов Ганза передала Бенеке командование всем военным флотом. С отрядом кораблей он появился у восточного побережья Англии, высадил на берег войска и вынудил Англию заключить мирный договор. Тем самым Бенеке доказал, что он был не только верным капером и внушавшим страх пиратом, но и выдающимся флотоводцем, как и, на одно столетие позже, знаменитый пират Фрэнсис Дрейк, состоявший на службе у английской королевы.
Поскольку Бенеке умер не от руки палача, как большинство пиратов, а спокойно кончил жизнь на улице Хайлиген-гайст-гассе в Данциге, военные успехи в качестве капера и адмирала Ганзы заслоняют его деятельность как пирата. Однако дерзкие пиратские действия привлекли внимание даже папы Сикста IV, который в одном из посланий обвинял в пособничестве пиратам тех, кто укрывал Бенеке. Пауль Бенеке выследил в порту Брюгге флорентийскую галеру "Св. Фома", имевшую очень ценный груз на борту. При этом его нисколько не смущало, что находившийся на корабле груз состоял исключительно из церковного имущества и что между ганзейскими городами и Флоренцией был мир. В каперской грамоте Бенеке не было и намека, который давал бы право нападать на этот корабль. Бенеке действовал исключительно как пират, пользуясь правом сильного. Когда "Св. Фома" покинул порт и вышел в открытое море, Бенеке напал на него на своем "Петере Данцигском". Капитан флорентийского судна решил вначале, что немец ошибся, и указал ему на свой флаг. Однако Бенеке крикнул в ответ, что он может спустить свой и тогда не будет причины для протеста. Завязался абордажный бой на борту флорентийского корабля, во время которого 13 флорентийцев были убиты и 100 человек пленены. Потери Бенеке в этой схватке остались неизвестными. Были захвачены огромные ценности, стоимость добычи пиратов на современные деньги исчисляется многими миллионами. Самый дорогой предмет, захваченный среди прочей добычи, Бенеке подарил церкви св. Марии в Данциге. Это был алтарь работы Ханса Мемлинга с изображением Страшного суда. Остальную добычу него купили купцы из ганзейских городов. "Св. Фома" стал плавать под ганзейским флагом, однако вскоре был захвачен французскими кораблями и за 12 тыс. гульденов возвращен первоначальным владельцам.
О том, как жители Данцига относились к пиратству, когда оно угрожало жизни или кошельку богатых горожан, сообщается в одной из глав "Хроники удивительнейших событий XV столетия", которая озаглавлен так: "75 пиратов, обезглавленных в 1458 году в Данциге за один день".
"Ионас Матцкен, датчанин, и Ян Хайнриксен, швед, презрев свои дворянские звания, стали морскими разбойниками, — повествует хронист. — Они считали, что не более удобного способа быстро разбогатеть, чем разбой несправедливость; явление, столь привычное в нашем мире. Этим преступным делом они особенно успешно занимались все лето 1458 года. В это время капитан и гражданин Данцига по имени Ханс Вайнрих имел несчастье попасть в лапы этих пиратов, когда проходил через Зунд на своем корабле с богатым грузом. Как только об этом стало известно в Данциге, город немедленно отправил на поиски пиратов несколько судов, которые заранее были уготовлены для такого дела. Посланные корабли обнаружили нечестивых разбойников у Борнхольма как раз в тот момент, когда те собирались завладеть любекским кораблем. Когда к ним направились наши корабли, пираты не очень обрадовались, оставили в покое любекский корабль и приготовились к отчаянному сопротивлению. Они имели два хорошо вооруженных корабля, а также парусник, принадлежавший прежде Данцигу. Этот парусник, захваченный в проливе Зунд, был укомплектован молодой и неопытной командой, и поэтому сразу сдался. После этого наши посланцы так решительно напали на два пиратских корабля, что много людей было бито и ранено. А когда наши приготовили свои абордажные крючья, разбойники не стали дожидаться схватки и сдались. Но этим они добились только отсрочки, но не отмены казни. По прибытии в Данциг они предстали перед судом, 75 человек были осуждены на смерть — им отрубили головы. Среди казненных были и оба главаря, приговор был приведен в исполнение 14 сентября 1458 года на площади Доминика. Отрубленные головы были посажены на колья и выставлены на берегу, для устрашения других пиратов. Остальные, менее виновные разбойники были изгнаны из страны, а находившийся среди них доминиканский монах был передан в монастырь, дабы подвергнуться там соответствующему наказанию".