В августе 1670 года адмирал Морган собрал в Порт-Рояле флот из 28 английских и 8 французских кораблей, имевших на борту команду в 2 тыс. человек. Губернатор Ямайки поставил перед вожаком флибустьеров задачу произвести налеты на города в Дарьенском заливе, чтобы этим отвлечь испанцев от нападений на английские корабли в Карибском море.
21 декабря состоялся военный совет флибустьеров, на котором было принято решение напасть на город Панаму. Договорились при распределении добычи одну десятую выделить в пользу короля, одну десятую — в пользу лорд-адмирала и одну сотую — в пользу самого Моргана, как руководителя операции. Вознаграждения за особые услуги, а также компенсации за увечья предусматривались в соответствии с обычными правилами флибустьеров. Из оставшейся после этого части добычи капитанам причиталось по восемь долей. Договор скрепили клятвой. Однако было тут одно маленькое упущение. Еще до того, как флот вышел в море, Англия и Испания заключили мир, что превращало запланированное каперское плавание в пиратский рейд. Об этом было известно губернатору Модифорту, а также и самому Моргану. Реализуя план операции, Морган действовал очень обдуманно и ловко. Вначале в качестве базы для проведения операции он выбрал остров Санта-Каталину и захватил крепость Сан-Лоренсо. Затем он отправил 1200 флибустьеров на каноэ вверх по течению реки Чагрес по направлению к городу Панаме. Когда они достигли порогов, то были вынуждены продолжать путь по вьючным тропам. Начались девять дней мучительного пути по субтропическим джунглям. Тяготы усугублялись недостатком продовольствия и воды и постоянной угрозой нападений со стороны испанцев и индейцев. Пираты увидели наконец купола панамских церквей и Тихий океан.
Неподалеку от города Панамы флибустьеры встретили пасущийся скот и наконец-то смогли поесть досыта, на следующее утро в открытом поле они были встречены четырьмя эскадронами испанской кавалерии и четырьмя полками пехоты. Испанцы вели с собой несколько сот диких быков, которых они погнали на флибустьеров. Однако первые же залпы заставили быков повернуть обратно. Паника, которую быки должны были вызвать в рядах нападающих, теперь охватила испанцев. Двухчасовое сражение закончилось победой флибустьеров. Они заняли город и разграбили его привычным образом. Британские и французские флибустьеры искали золото и жемчуг, захватывали рабов, насиловали женщин и мучили пленных точно так же, как они делали бы это, если бы война между Англией и Испанией продолжалась. После разграбления Панамы Морган приказал еще и поджечь город. В Панаме сосредоточивалось все золото и серебро, награбленное испанцами в Перу, и потому флибустьерам досталась большая добыча. Ее оценивали более чем в 500 тыс. реалов, а для транспортировки ее к кораблям через перешеек потребовалось 200 тяжело нагруженных мулов. При дележе награбленного среди флибустьеров начались споры. Воспользовавшись этим, Морган и несколько его доверенных лиц бросили остальных и ушли, прихватив с собой большую часть добычи.
Испанский король требовал наказания виновных в разрушении Панамы, поскольку оно имело место после заключения мирного договора.
Вначале английский король Карл II уступил нажиму испанцев, сместил губернатора Ямайки Модифорта и приказал доставить его в Англию и заключил в Тауэр. Морган был арестован и доставлен в Англию, чтобы, как предполагалось, предстать перед судом за пиратство. Однако этого не произошло. Судебный процесс не состоялся. Вместо этого король посвятил пирата в рыцари. Не состоялся и суд над Модифортом, он тоже был выпущен на свободу.
В 1675 году Морган возвратился на Ямайку в ранге верховного судьи и заместителя губернатора. Вскоре после этого он был назначен губернатором острова. Будучи теперь высокопоставленным правительственным чиновником, окруженный ореолом героя, Морган начал борьбу с пиратством. Он советовал своим прежним друзьям воспользоваться королевской амнистией и пока не поздно, стать мирными плантаторами.