4 апреля 1866 года император Александр гулял по Летнему саду вместе с герцогом Лейхтенбергским и принцессой Марией Баденской. Когда он выходил из сада, в него выстрелил студент Дмитрий Каракозов. Не попал — мещанин Комиссаров ударил террориста по руке.
Выстрел Каракозова оборвал заграничную командировку Пирогова. После выстрела Каракозова с общественным мнением церемониться перестали. Новый министр народного просвещения граф Дмитрий Толстой, обер-прокурор синода и ярый враг народного просвещения, без церемоний сообщил Пирогову, что «освобождает его, Пирогова, от возложенных на него поручений как по исполнению разных трудов по учебной и педагогической части, так и по руководству лиц, отправленных за границу». От всего освобождает.
Снова осталась только Вишня — тыловой пункт на случай отступления.
В 1856 году Пирогов ушел из медицины. Но медицина ни на один день не уходила из его жизни. Он оставался врачом даже в самую жаркую пору педагогических увлечений.
В Одессе он принимал больных на дому два раза в неделю. Земля могла завертеться в другую сторону, но Пирогов точно в назначенный день и час появлялся в приемной, где ждали его бесчисленные пациенты. Знаменитый профессор, важный чиновник торопливо уезжал с дачи, под палящим полуденным солнцем тащился в город и еще нервничал, поглядывал на часы, спешил. Боялся опоздать.
Прием был бесплатный. Даже стоил ему денег. Выписать бедняку рецепт и не дать денег на лекарство было нелепо. Пирогов ненавидел нелепости. Патриархальные времена, когда профессор Мудров возил в карете питье и снадобья неимущим пациентам, прошли. Настал век буржуазный, денежный. И Пирогов попросту раздавал больным деньги.
Бедняки шли к Пирогову толпами. Они более всех выиграли от его практики. Прежде и не мечтавшие о враче, они лечились теперь у самого Пирогова, и лечились бесплатно. Один из имущих пациентов Пирогова вспоминает, что квартира профессора «битком набита была народом, в среде которого хорошо одетые составляли весьма слабый элемент». Сего пациента ужасает духота в приемной, чесночный запах, обилие «грязных, больных тел», большое число бедняков евреев. И общая очередь. Мемуарист жалеет Пирогова за его «любовь к ближнему», демократизм Пирогова называет «самоистязанием». Видимо, не всегда справедливо ставить себя на место другого.
Такие же приемные дни Пирогов установил и во время киевского попечительства. Благотворительная деятельность Пирогова-врача оставила след в художественной литературе. Куприн в рассказе «Чудесный доктор» поведал, как Пирогов спас семью бедняка чиновника от болезней и голода, помог ей «выбиться». Рассказ не из лучших купринских. Мы как-то не очень доверяем концам, которые становятся счастливыми оттого, что, подобно «богу из машины», появляется великий человек — он все может и все устраивает. Но Куприн, проницательный репортер, автор «Киевских типов», предпослал рассказу подзаголовок «Истинное происшествие». Рассказ достоверен — это дань гуманности и благородству Пирогова. В купринские времена люди, спасенные Пироговым, еще ходили по улицам Одессы и Киева.
В Киеве Пирогов не ограничился домашним приемом — навещал клинику Киевского университета. Клинику почти полстолетия возглавлял Владимир Афанасьевич Караваев, который называл себя учеником Пирогова, а его — своим «незабвенным наставником». Караваев познакомился с Пироговым в Берлине, потом был его ближайшим помощником в Дерпте. Пирогов любил Караваева: «Я могу по праву считать Караваева одним из своих научных питомцев; я направил первые его шаги на поприще хирургии и сообщил ему уже избранное мною направление в изучении хирургии». В караваевской клинике Пирогов консультировал, сам делал операции. Иногда учитель и ученик оперировали вдвоем: вместе они нашли новый доступ в носоглоточное пространство.
В киевской клинике появился у Пирогова даровитый ученик — Юлий Карлович Шимановский. Он приехал в Киев из Дерптского университета. Пирогов был для него путеводной звездою. По этой звезде он ориентировал свое творчество. Шимановский занимался практической хирургией (в частности, ринопластикой), усовершенствовал гипсовую повязку; свое трехтомное руководство по оперативной хирургии он посвятил «образцу научного стремления в хирургии Николаю Ивановичу Пирогову». Пирогов, не очень-то любивший перепоручать свои дела другим, просил Шимановского подготовить для нового издания «Хирургическую анатомию артериальных стволов и фасций» — доверие немалое. Мудрено ли, что Шимановский, обнаружив у себя на плече опухоль, хотел, чтобы удалил ее только Пирогов! Пирогов оперировал его в 1866 году. Через два года операцию повторил Караваев. Но безрезультатно. Шимановский не дожил до сорока.