О, как искренне он хотел, чтобы она поняла его! Но, как вспоминал потом Пирогов, уже в первые неделя после вступления в брак он находился в состоянии какого-то беспокойства и легко приходил в раздражение. «Вообще все, что выводит меня из обыкновенного круга моих занятий, действует на меня не совсем благоприятно». Ему было некогда, он спешил — великие дела ждали его. Он старался поскорее втолкнуть Екатерину Дмитриевну в свой мир. Постоянный призыв «Пойми меня!» стал звучать как «Прими на веру!». Ученый, жаждавший резкой критики по поводу самой малой своей ошибки, в семейной жизни требовал непреклонного авторитета (уверенности в его infaillibilite — непогрешимости, как признался он через несколько лет). От всего этого недалеко до того, что сказано было Пироговым о Катеньке Мойер: «Я требую от моей жены, чтоб поняла меня, а понявши, она не может не любить меня». А от этих слов, в свою очередь, недалеко я до «стерпится — слюбится». Потом Пирогов понял, что не «пойми меня — тогда полюбишь» надо требовать от любимой женщины, а «полюби меня такого, какой я есть, — тогда поймешь». Но поздно понял.
Оставив Пирогову двух сыновей, Николая и Владимира, Екатерина Дмитриевна умерла.
Она умерла в январе 1846 года, двадцати четырех лет, от послеродовой болезни. В такой смерти всегда есть что-то осмысленное и трогательное. Кричавшее в пеленках сморщенное существо — Владимир Николаевич Пирогов — стало как бы продолжением жизни Екатерины Дмитриевны.
«Жену замучил!» — зашептали лоссиевские и брунны. Что им, никогда не любившим и всегда считавшим себя правыми, до подлинных чувств Пирогова, который страстно любил и страстно ошибался! Фаддей Булгарин — его Пирогов и на пушечный выстрел к себе не подпускал — изощрялся в подленьких намеках, припоминая «для сравнения» пресловутого французского врача, вскрывшего труп собственной жены. А Пирогов, по свидетельству бывавшего у него в доме ученого и журналиста Сенковского, «лежал больной, совсем убитый, плакал; его окружала куча докторов… он безутешен».
Что бруннам и булгариным до подлинных чувств Пирогова! А он, выбитый страшным событием из колеи привычных дел и забот, тотчас начал все осознавать, прозревать. Он скорбел оттого, что за девять месяцев беременности Екатерина Дмитриевна не сказала ему о своем желании родить девочку, дочь. В этом пустячном факте Пирогов прочитал многое — и все себе в укор: «Неужели она была не откровенна со мной?»
Он хотел оградить Екатерину Дмитриевну от целого мира, чтобы она принадлежала только ему — ревнивому другу. А у Екатерины Дмитриевны оказался свой мир, и для него, Пирогова, туда хода не было. Внутри его ограды она возвела свою, и его ограда потеряла смысл.
Он хотел один заменить ей все: дело, людей, мысли. А она убегала от него в свой маленький мирок, в свою оградку. Одного «великого Пирогова» для нее было слишком много и слишком мало. Пирогов понимал: не в откровенности дело. Восклицал: «Неужели она была не откровенна со мной?» А думал, наверное: «Не свободна». Нельзя по собственным выкройкам сшить для другого свободу. Свобода не загон, окруженный частоколом правил и ограничений. Он хотел лучшего, а получалось плохо, и прозрел слишком поздно. Прозрение его бывало жестоко — он не умел щадить себя, разбираясь в своих ошибках. И разве не показательно: первый раз в жизни Пирогов не ищет утешения в единственном своем убежище — науке. Знал — от дум и чувств, обрушившихся на него, не спасет и наука. Он писал в рапорте: «Расстроенное мое здоровье, требующее по крайней мере полугодичного спокойствия и перемены места, заставляет меня переменить весь род моей службы…»
В начале марта 1846 года профессор Пирогов уехал в командировку за границу.
Впервые он старался убежать от дела. Но дело не отставало — шло за ним по пятам.
В конце января 1846 года, в самые тяжелые для Пирогова дни горя и отчаяния, был высочайше утвержден предложенный им, совместно с академиком Бэром и профессором Зейдлицем, проект создания при академии Анатомического института.
Осуществление этого проекта позволяло поставить изучение и преподавание анатомии на небывалую высоту. Становилась жизнью давняя мечта Пирогова. Он писал: «Несмотря на то, что я с лишком 15 лет занимаюсь анатомическими исследованиями, анатомия чисто описательная никогда, однако же, не была предметом моих занятий, и главная цель моих анатомических исследований было всегда приложение их к патологии, хирургии или по крайней мере к физиологии… Самою высшей для меня наградою я почел бы убеждение, что мне удалось доказать нашим врачам, что анатомия не составляет, как многие думают, одну только азбуку медицины, которую можно без вреда и забыть, когда мы научимся кое-как читать по складам; но что изучение ее так же необходимо для начинающего учиться, как и для тех, которым доверяется жизнь и здоровье других».