Академик Бэр в отзыве на «Полный курс прикладной анатомии» писал, что этот атлас — «подвиг истинно труженической учености».
Пирогов совершал по Европе «нешуточное путешествие» — побывал в Италии я во Франции, в Швейцарии и в Тироле. Тосковал — сколько раз мечтал он поехать в чужие края вместе с нею! «Пишите, пишите мне об ней, — просит он приятельницу. — Дайте и мне покуда жить этими отрадными воспоминаниями…» И приходит к мысли, знакомой едва ли не всякому, кто перенес потерю близкого человека: «В воспоминании заключается откровение бессмертия души…» Мысль желанная и, если вникнуть, по существу, совсем не мистическая, какой бы смысл ни вкладывал в нее Пирогов.
«Нешуточное путешествие» называлось, однако, «командировкой», а Пирогов был не из тех, кто не делал разницы между частным вояжем и служебной поездкой. Он тосковал и просиживал долгие часы в заграничных университетах — подбирал прозекторов для академии, покупал оборудование, препараты. Он бежал от дела, не хотел искать в нем утешения. Дело настигало его и утешало.
Проект Анатомического института после долгих колебаний утвержден был «высочайше» — царем. Николай не пренебрегал случаем лишний раз прослыть «покровителем наук». Между внешней, торжественной стороной «покровительства» и делом лежала пропасть. На академика Бэра напялили расшитый золотом мундир, навесили ордена. Но ему долго отказывали в ста рублях на организацию практических работ и на приобретение «порядочного микроскопа». В России читали курс акушерства по руководству, которое повелено было перевести профессору Хотовицкому. Но перевел он его в крепости, где просидел полгода за то, что не пошел по первому зову к супруге гоффурьера, так как принимал роды у собственной жены.
Создание Анатомического института утверждено было «высочайше», и по «высочайшему» распоряжению выпускались в роскошном издании атласы Пирогова — это были результаты труда, этим можно было кичиться. Но Анатомическому институту отвели тесное и неприспособленное одноэтажное здание — Пирогов называл его бараком. Со всех сторон «барак» окружали отделения госпиталя. Откуда ни дул ветер, по клиникам разносился тяжелый запах мертвецкой. В препаровочной зале стояли простые, выкрашенные в красный цвет столы с желобами, уходящими в полые ножки. По ним кровь я различные жидкости стекали прямо под пол здания и впитывались в землю. Возле каждого стола имелась деревянная кадка «для отходов». Холодную залу обогревали две железные печки, зимой вокруг них укладывали для оттаивания штабеля трупов. Хранили трупы в сенях и на чердаке. Здание было заполнено крысами, они бегали по столам даже во время работы. Двенадцать тусклых масляных ламп освещали помещение. «В вечерние часы, — вспоминает современник, — вся эта огромная комната, переполненная трупами во всех положениях и видах, окруженными массою студентов, одетых в черные клеенчатые фартуки, при тусклом освещении и копоти масляных ламп, окутанная облаками табачного дыма, производила странное впечатление, напоминая собою скорее картину пещеры из дантовского ада, чем место для научных исследований». И все-таки это было место для научных исследований! Первый в мире Анатомический институт, из стен которого выходили труды, составившие гордость русской и мировой науки!
В отчете за пять лет Пирогов сообщал, что, кроме студентов, в институте слушали курс восемьдесят пять практических врачей и тридцать фельдшеров. За это время только под руководством самого Пирогова учащиеся произвели две тысячи патологоанатомических вскрытий, изготовили пятьсот препаратов для анатомического музея. Здесь же изучались проблемы физиологии — было поставлено свыше двухсот экспериментов на животных.
«Пусть же другое учебное учреждение укажет нам более благоприятные результаты, и я охотно соглашусь, что наши действия при Анатомическом институте не оправдали цели и пользы, которую правительство и академия ожидали от его основания, — заканчивал Пирогов свой отчет. — Покуда же я считаю себя вправе оставаться при убеждении, что мы сделали все, что могли, для пользы заведения».
16 октября 1846 года произошло событие, означавшее революцию в хирургии. В этот день была сделана первая операция под наркозом. Доктор Уоррен из города Бостона безболезненно удалил опухоль на шее пациента. Один из «первооткрывателей» эфирного наркоза, Уильям Мортон, усыпив больного, обратился к хирургу: «Приступайте, мистер Уоррен. Ваш пациент уже так далеко!» Уоррен благополучно завершил операцию, воскликнул изумленно: «Джентльмены, это не обман!..»