Новая схема организации, с относительно небольшим числом пусковых установок С-200 в бригаде, позволила разместить ЗРК большой дальности в большем числе районов страны и, в какой-то мере, отражала тот факт, что к моменту принятия комплекса на вооружение пятиканальная комплектация представлялась уже избыточной, так как не отвечала сложившейся обстановке. Активно пропагандировавшиеся в конце пятидесятых годов американские программы создания сверхскоростных высотных бомбардировщиков и крылатых ракет не были завершены из-за высокой стоимости и явной уязвимости от ЗРК. С учетом опыта войн во Вьетнаме и на Ближнем Востоке в США даже тяжелые В-52 были доработаны для действия на малых высотах. Из реальных же специфических целей для системы С-200 оставались только скоростные и высотные разведчики SR-71, а также самолеты дальнего радиолокационного дозора и постановщики активных помех, действующие на большом удалении, но в пределах радиолокационной видимости.
Сам факт существования системы С-200 в значительной мере определил переход авиации США к действиям на малых высотах, где они подвергались воздействию огня более массовых зенитных ракетных и артиллерийских средств. Кроме того, неоспоримым достоинством комплекса было применение головки самонаведения. Даже не реализуя полностью свои возможности по дальности, С-200 дополняла комплексы С-75 и С-125 с радиокомандным наведением, существенно усложняя для противника как задачи ведения РЭБ, так и высотной разведки. Особенно явно преимущества С-200 проявлялись против постановщиков активных помех, бывших идеальной целью для самонаводящихся ракет С-200.
Ракеты системы С-200, несмотря на внешнюю презентабельность, ни разу не демонстрировались на парадах в СССР. Однако при наличии космической разведки скрыть факт существования и масштабы развертывания нового комплекса не удалось. По американским данным, в 1970 году количество пусковых установок ракет С-200 составляло 1100, в 1975-м — 1600, в 1980-м — 1900 единиц. Своего пика — 2030 пусковых установок — развертывание этой системы достигло в середине восьмидесятых годов.
После принятия на вооружение системы С-200 выявленные при пусках недостатки, а также пожелания, поступающие от строевых частей, позволили определить ряд недоработок, непредвиденных и неисследованных режимов работы, слабых мест техники системы. Было реализовано и испытано новое оборудование, обеспечивавшее повышение боевых возможностей и эксплуатационных показателей системы. Уже к моменту принятия на вооружение стало ясно, что система С-200 не обладала достаточной помехозащищенностью и могла поражать цели только в простой боевой обстановке, при действии постановщиков непрерывных шумовых помех. Первоочередным направлением совершенствования комплекса стало повышение его помехозащищенности.
Специально для постановки помех системе С-200 в 108-м институте была проведена НИР «Партитура». При этом был предложен ряд методов, позволяющих создавать помехи РЛС, работающим как с импульсным, так и с почти непрерывным излучением. Для подавления канала сопровождения по скорости были разработаны различного рода уводящие и маскирующие помехи в диапазоне доплеровских частот. Здесь же были разработаны помехи по угломерному каналу, поскольку именно он, в значительной степени, определяет конечный результат функционирования радиолокационных средств управления оружием. Были разработаны теоретические основы построения аппаратуры создания многоточечных некогерентных и когерентных, поляризационных и двухчастотных помех. На станции помех были установлены многолучевые направленные антенны. На полигоне в Сары-Шаган самолет, оборудованный макетным образцом новой системы постановки ответных помех «Партитура», был использован при совместной работе с РПЦ системы С-200.
На эти испытания прилетел и П. С. Плешаков, уже занимавший должность заместителя министра. Здесь они жили в соседних домиках с А. А. Расплетиным, в пух и прах раскритиковавшим вышеназванную «Партитуру». Вечерами, за «рюмкой чая», Расплетин рассказывал Плешакову, как последняя может быть обойдена. Вечерами Петр Степанович приходил к Александру Андреевичу в домик, приносил бутылку коньяку, порой распивали и следующую. Расплетин убеждал Плешакова, что ничего «вразумительного» из области РЭП им (имелся в виду 108-й институт) предложить не удастся. Тот пытался возражать, но все его доводы разбивались в прах изысканными в своей точности возражениями Александра Андреевича.