Однако такое развертывание лодок не удовлетворяло Локвуда. Оно напоминало старые времена, когда командующий подводными силами Тихоокеанского флота почти не осуществлял стратегического командования подводными лодками. Но с тех пор многое изменилось. Средства связи и организация управления лодками в море претерпели значительные изменения.
В создавшихся условиях вероятность того, что японское командование при высадке американского десанта на Палау введет в действие свой флот, понесший значительные потери, была незначительная. Предусматривавшиеся планом операции 3-го флота переразвертывания подводных лодок были неоправданны. Между Японией и островами Палау судоходства не осуществлялось, и развертывание здесь десяти подводных лодок, о чем просил штаб 3-го флота, было необоснованным. Этот план не имел перспектив ни с точки зрения продолжения подводными лодками войны на изнурение, ни с точки зрения решения задачи усиления блокады Японии, Тем не менее с целью дать Хэлси возможность осуществлять Непосредственное командование подводными лодками в его распоряжение все же были переданы те десять подводных лодок, которые он просил. К 13 сентября им предстояло занять назначенные позиций в районе, получившем название "медвежье логово". Там они должны были действовать до 25 сентября.
Как и предполагалось, японский флот в море не вышел для противодействия высадке американских войск на Палау. Находившиеся в "медвежьем логове" десять подводных лодок поэтому-то и не обнаружили противника. В сентябре по сравнению с августом и октябрем число потопленных американскими подводными лодками японских судов и кораблей заметно уменьшилось. Место "медвежьего логова" в последующем менялось не раз. И хотя в сентябре лодки практически не добились успехов, своими действиями они помогали 3-му флоту решать задачи в проводимых им операциях, направленных на перенесение действий ближе к Японии.
Палау и Филиппины
С 6 по 8 сентября авиация с 16 авианосцев 3-го флота неоднократно атаковала острова Яп, Пелелиу и Улити. Затем флот, Хэлси нанес удар по аэродромам острова Минданао с целью обеспечить господство в воздухе при высадке десантов на острова Пелелиу и Моротаи. При нанесении этих ударов 8 и 9 сентября авианосная авиация не встретила почти никакого сопротивления. Вскоре Хэлси прекратил атаки Минданао и направил удар по судоходству и аэродромам центральной части Филиппин. И здесь американской авиации не было оказано почти никакого сопротивления, хотя Япония понесла значительные потери в авиации и судах. После этого одна из авианосных групп пошла на юг для прикрытия высадки десанта на остров Моротаи, а другая - на восток для прикрытия высадки десанта на остров Пелелиу. Тем временем третья авианосная группа пополняла запасы топлива и продовольствия.
Донесения разведки во время полета в море Висаян свидетельствовали о том, что гарнизон острова Лейте очень слаб. Поэтому 13 сентября Хэлси направил Нимицу донесение, в котором предлагал высадку десантов на острова Яп, Пелелиу, Моротаи и Минданао отменить, но зато провести десантную операцию силами Макартура и Нимица на остров Лейте, минуя все сильно укрепленные японские позиции. Нимиц переслал это донесение Макартуру и в Вашингтон. Макартур с предложением Хэлси согласился, но потребовал провести запланированную высадку десанта на остров Моротаи, чтобы обеспечить 5-му воздушному флоту базу для действий против острова Лейте, Нимиц также согласился с предложением Хэлси, но вместе с тем решил продолжать запланированные действия против Палау с целью создания своим силам базы для наступления на Филиппины. Объединенный англо-американский комитет начальников штабов, заседавший в это время в Квебеке, согласился с предложением о высадке десанта на Лейте и назначил ее на 20 октября. Высадка десантов на острова Яп и Минданао была отменена.
Как и планировалось, высадку десантов на Моротаи и Пелелиу произвели 15 сентября. Остров Пелелиу оказался твердым орешком. Выбить противника из оборонительных сооружений даже после захвата аэродрома было нелегко. В то же время острова Улити были заняты без сопротивления 23 сентября, и силы обслуживания немедленно приступили к передислокации туда своей передовой базы.
Слабое сопротивление японцев в районе моря Виса-ян позволило Хэлси несколько изменить и расширить план операции. Чтобы прикрыть лодками свой северный фланг, Хэлси передвинул "медвежье логово" на широту Формозы. 21 сентября самолеты авианосного оперативного соединения Хэлси нанесли удар по острову Лусон. Манила была захвачена врасплох. Гавань оказалась забитой судами, задержавшимися в ожидании кораблей охранения. Авианосная авиация нанесла по ним несколько массированных ударов. Шедшие в Манилу японские суда укрылись в заливе Корон (острова Каламиан), но и здесь, за 350 миль от Манилы, их атаковала авиация флота Хэлси. Японское судоходство на подходах к Филиппинам оказалось под ударами американской авианосной авиации. В сентябре она уничтожила 95 японских судов. За это же время американские лодки потопили 55 судов противника.
Японские подводные лодки
В июле адмирал Мива отозвал 6-ой флот. Японские подводные лодки активности не проявляли. Они участвовали только в перевозках. Лишь к сентябрю они были готовы активно участвовать в боевых действиях на море. Морской генеральный штаб Японии ввел в действие план "Сё", заменивший гибельный план "А-Гоу". "Сё-1" являлся планом обороны против вторжения на Филиппины, "Сё-2" - планом обороны против вторжения на острова Кюсю, Нансэй или Тайвань. Каждый из этих планов требовал решительных действий надводных, воздушных и подводных сил флота. В случае вторжения противника на острова Палау или остров Хальмахера японские подводные лодки должны были оказать ему противодействие совместно с местными оборонительными силами без помощи со стороны сил флота. В распоряжении Мивы имелось около 30 подводных лодок. Кроме того, несколько лодок находилось в постройке, а устаревшие лодки использовались для обучения экипажей. Четыре лодки находились на боевом патрулировании в Индийском океане, недалеко от Пенанга. О подробностях действий этих подводных лодок почти ничего не известно. Несколько подводных лодок типа "I" находилось на военных верфях, где они приспосабливались для несения оружия, предполагавшего применение тактики "Камикадзе", то есть использования смертников. Шесть лодок использовались в транспортных целях.
10 сентября было принято неверное сообщение о высадке американского десанта в Давао, и все имевшиеся в наличии японские лодки получили приказ выйти в море. На следующий день приказ был отменен. В силе осталось распоряжение о переходе пяти подводных лодок ("I-177", "RO-41", "RO-43", "RO-46" и "RO-47") в район Филиппинских островов. Эти лодки образовали двойную линию разведки по треугольнику Минданао - Хальмахера -Палау. Это расположение японских лодок было повторением схемы развертывания американских лодок в районе "медвежьего логова", но только в "половинном" масштабе. Вполне вероятно, что японские лодки, следуя в указанный район, прошли через "медвежье логово", не будучи обнаруженными американцами, а последние в свою очередь не заметили японцев. Уничтожение японских запасов дизельного топлива на острове Себу во время налета американской авианосной авиации на Висаян 12 сентября привело к тому, что подводным лодкам для приема топлива пришлось идти в Японию, что, естественно, сокращало время патрулирования в назначенных им районах. 23 сентября четыре японские подводные лодки получили приказ следовать в район Палау и одна -в район острова Моротаи для действий против кораблей десантных сил.
2 октября Мива получил донесение от сил обслуживания флота на Пелелиу о потоплении двух американских эсминцев. На следующий день американский сторожевой корабль "Майлс" атаковал подводную лодку в районе Палау. Всплывшие на поверхность обломки и нефть свидетельствовали об успешности атаки. В дальнейшем сведений ни от "I-177", ни от "RO-46" не поступало, и Мива решил, что лодки просто не смогли по тем или иным причинам донести о потоплении тех двух эсминцев, о которых говорилось в донесении с Пелелиу от 2 октября. На самом же деле в тот день не был атакован ни один эсминец. "I-177" и "RO-46" получили приказ по пути в Японию провести разведку Улити. "I-177", вероятно, была потоплена еще до получения приказа.