Кроме материальных приобретений, австралийцы узнали, хотя и дорогой ценой, что покорители Maлайи, Явы, Бирмы и Папуа не были непобедимыми. Это была важная психологическая победа, по-своему такая же важная, как разгром 2-й танковой дивизии или нанесение сокрушительных ударов возмездия по силам японских бомбардировщиков. Армия и авиация союзников понемногу набирались боевого опыта, в то время как действия японцев, известных своей доблестью, теперь больше напоминали шаги отчаяния — это были пехотные атаки с недостаточной артиллерийской поддержкой, Силы 17-й армии никак нельзя было назвать иссякшими, однако ее боевое превосходство над американцами и австралийцами таяло на глазах.
Ямасита, чувствуя медленные перемены в ходе кампании, настойчиво требовал подкрепления. Из-за постоянной необходимости в транспортировке боеприпасов и подкрепления в район Гуадалканала прибытие его резервной 41-й дивизии откладывалось, поэтому в начале октября он приказал 17-й дивизии под командованием Сакаи атаковать уязвимый правый фланг американского 1-го корпуса. Однако на этот раз союзники выдержали удар, а японский 53-й полк, прорвавшийся в слабом месте линии обороны американцев, был окружен и уничтожен в течение нескольких следующих дней. И все же эта атака и серьезные транспортные проблемы заставили Макартура отложить новое наступление, и у японцев появилось время вызвать 41-ю дивизию из Рабаула.
К несчастью для Ямаситы, 41-й дивизии не суждено было достичь берегов Австралии. Хотя у ВВС союзников все так же не хватало машин и людей, со времен первого японского налета на Дарвин в феврале мастерство, опыт и количество пилотов возросли. Теперь, под командованием исключительно компетентного в вопросах воздушного боя американского генерал-майора Джорджа К. Кенни, они все чаще брали инициативу в свои руки и сделали вылеты японских самолетов из Кернса и Таунсвилля практически невозможными. Также союзники получили несколько партий новых В-25, и когда радиоразведка доложила о намерениях организовать колонну судов для доставки подкрепления 17-й армии, Кении тщательно подготовился к ее уничтожению. Для Ямаситы это было просто катастрофой. Пока три эскадрильи истребителей «Спитфайр» Королевских ВВС Великобритании отвлекали на себя внимание японских истребителей, американские и австралийские летчики под командованием Кенни обнаружили конвой 41-й дивизии с небольшим прикрытием с воздуха и потопили его. Была потеряна большая часть тяжелой техники; помимо этого, за два дня боя утонуло, было убито или ранено приблизительно 4000 человек. Катастрофа не только погубила 41-ю дивизию — она нанесла большой урон японской флотилии транспортных судов в то время, когда, ввиду одновременных кампаний в Гуадалканале и в Австралии, на логистической системе японского флота и на истощившихся ресурсах государства в целом лежала непомерная нагрузка. Хотя Ямасита и продолжал надеяться на подкрепление и на адекватную замену 41-й дивизии, эта Вторая битва в Коралловом море положила конец попыткам прислать какую-либо существенную помощь 17-й армии.
Когда разбросанные по океану остатки японской 41-й дивизии собрались в Порт-Морсби, ход битвы за Австралию окончательно изменился. Во-первых, несмотря на постоянные заявления Маршалла о том, что приоритет должен отдаваться военным действиям в Европе, к концу 1942 года военная мощь союзников в австралийском театре военных действий выросла до недостижимых размеров. Хотя проблемы со флотом оставались, сила и тактический профессионализм сухопутных войск продолжали увеличиваться. Более того, нарастающее австралийское движение Сопротивления связывало по рукам и ногам подразделения Ямаситы и срывало все планы по их укреплению. И все же самым важным было смещение равновесия в авиации. В то время, как ВВС Японии держались на неопытных пилотах за штурвалами устаревающих моделей типа «Нелл», «Бетти», «Салли», «Оскар» и других, силы авиации союзников росли как в плане общей численности, так и в плане классности пилотов. Также в эскадрильях Кенни появились гораздо более совершенные самолеты, такие, как бомбардировщики В-25, с успехом использованные при уничтожении транспортов 41-й дивизии, английские истребители «Спитфайр» и американские Р-38 «Лайтнинг» ( «Молния»), которые начали прибывать в ноябре. Все эти улучшения добавляли неприятностей армии Ямаситы. Потери значительно ослабили войска, однако гораздо более серьезной проблемой было общее осложнение ситуации со снабжением. Из-за серьезной нехватки боеприпасов, топлива и продовольствия огромная армия была физически истощена, в основном малоподвижна и неспособна к применению крупнокалиберной артиллерии, кроме исключительных обстоятельств.