И другому коронованному лицу, императору Карлу, острова Пряностей даровали мало радости. Вначале он договорился с королем Жуаном III (1521–1557), правившим Португалией, о создании комиссии, в которую войдут компетентные ученые. Они должны будут определить, к испанской или португальской сфере влияния относятся Молуккские острова. Во всяком случае, совет, в который вошли такие видные специалисты, как Себастьян Кабот, Фернандо Колон, младший сын первооткрывателя Нового Света, и Хуан Себастьян де Элькано, не мог прийти к единому мнению. Это объясняется тем, что не могли установить географическую долготу островов, а также не было известно, чему равно расстояние между географическими градусами. Например, Фернандо Колон, отстаивавший ошибочное учение отца об общей картине мира, во время переговоров доказывал, что не только Молуккские острова, но и Индия и Аравия относятся к территориям, на которые должна распространяться прерогатива испанского владычества. Как можно было заранее предположить, комиссия закончила работу, так и не найдя приемлемого решения.
Это произошло через два года после завершения первого кругосветного плавания. А когда последующим экспедициям к островам Пряностей под руководством Гарсиа Хофре де Лоайсы и Альваро де Сааведры Серона не удалось добиться значительного успеха, Карл 1 решил заключить договор (Сарагоса, 1529) согласно которому должен быть осуществлен новый передел мира. Тем самым он отказывался от притязаний на Молуккские острова и все области, простирающиеся на семнадцать градусов долготы к востоку от островов Пряностей, а значит, и от Новой Гвинеи, открытой три года назад. Португальская корона выплатила ему за этот отказ 350 000 дукатов. Так уж получилось, что предприятие Магеллана было оплачено вторично. «Золотоносные острова, которые он, помимо прочего, открыл для своего императора, были присоединены к Испании только в период правления преемника Карла 1. Поэтому они носят его имя — Филиппины. В то время колонизация Америки больше всего поглощала силы Испании; наверное, это и стало причиной, заставившей Карла отказаться от далеких Молуккских островов.
Подобное решение должно было весьма раздосадовать банкира Кристобаля де Аро. Легко представить, с какой радостью узрел деятельный купец груз пряностей, доставленный на «Виктории». Поначалу все выглядело так, будто бы подобные оказии еще повторятся. Скоро Аро основал в Ла-Корунье Каса де эспесьериас (Палату пряностей), которой стал управлять на правах фактора. Император Карл предоставил ему исключительные привилегии, в частности установление цен на пряности, освобождение его кораблей от всяческих таможенных сборов за швартовку в гаванях, а также; от пошлины и налогов. В свою очередь Аро соглашался финансировать будущие экспедиции с целью достичь Молуккских островов и обеспечивал предприятие платежеспособными заимодавцами с обширными связями. В 1525 году он стал главным финансистом армады Лоайсы, внеся пай 1,2 миллиона мараведи. И даже банкиры Фуггеры, с которыми он был тесно связан, рискнули снова вложить в дело 10 000 дукатов. Однако экспедиция потерпела фиаско. Только четыре из семи отправившихся в плавание кораблей достигли Тихого океана, только один — Молуккских островов. Экипажу этого единственного корабля пришлось пережить то же самое, что и людям Эспиносы. Лишь восемь моряков после длительных мытарств по португальским тюрьмам сумели в 1536 году вернуться в Испанию, для Аро это не явилось уничтожающим ударом, но впредь он вкладывал деньги более осмотрительно. Когда в апреле 1526 года четыре каравеллы под командованием Себастьяна Кабота вышли в просторы Атлантики и взяли курс на запад, чтобы проследовать по пути, указанному Магелланом, Аро предоставил возможность группе банкиров, которые вели дела в Севилье, дать взаймы нужную сумму. Но дело обернулось таким образом, что его сдержанность целиком и полностью оправдалась. Начинание Кабота закончилось уже у бразильского побережья катастрофическими потерями.
В 1527 году дошла очередь до Эрнана Кортеса. Он захотел проложить морской путь между Мексикой и Молукками. Отправленный им на Молуккские острова Альваро Сааведра Серон, можно сказать, достиг цели. Однако на обратном пути его постигла неудача, он все-таки не смог преодолеть постоянные противные ветры. Груз пряностей, корабль и его команда попала в руки португальцев. Кристобаль де Аро в этом предприятии участия вообще не принимал. Можно предположить, что так произошло из-за возникшего на некоторое время тесного делового контакта между ним и епископом Хуаном Родригесом де фонсекой, который в 1522 году пытался оклеветать Кортеса и лишить власти. В этой ситуации Фонсека сам оказался поверженным. Когда-то могущественнейший политик Испании, мнимый дядя Хуана де Картахены, Фонсека закончил свои дни никому не известным кабинетным ученым. Ну а Аро был слишком благоразумным дельцом, чтобы позволить втянуть себя в эту интригу. Конечно, кроме борьбы с Фонсекой, могли быть и другие причины, побудившие Кортеса к этой самостоятельной атаке на Молуккские острова. Когда Карл У запретил все последующие плавания на Молукки и Каса де эспесьериас была распущена, закончилась также деятельность Аро в роли поборника и финансиста исследовательских плаваний.
Что сталось с Руем Фалейру, отчасти было уже упомянуто. После того как двери португальских казематов перед ним раскрылись, он вернулся в Испанию. Обещание предоставить ему возможность руководить экспедицией не было выполнено. Во всяком случае, позже ему была назначена пенсия, что позволило обману- тому вести приличное существование. Он и в самом деле уже не был в состоянии претворить свои планы в жизнь. Руй Фалейру умер предположительно в 1556 году, лишившись рассудка, он был до такой степени буйным, «что, бывало, пятеро мужчин не могли его скрутить».
Алвару ди Мишкита, бывший капитан «Сан-Антонио»., все еще томился в тюрьме, когда «Виктория» прибыла в Севилью. Заступничество Элькано обеспечило ему свободу, но не защитило его поруганную честь. Противник Мишкиты Эстебан Гомес остался не только безнаказанным, но и получил высочайшее одобрение. В 1524–1525 годах он искал Северо-западный проход в Тихий океан, спустя девять лет ему был пожалован фамильный герб за якобы «свершенные во время исследовательского плавания Магеллана достойные признания деяния».
Судебные заседатели проявили себя столь же пристрастно, как и в упомянутой афере, и во время процессов за наследство Магеллана. Так как его сына Родриго и жены Беатрис более не было в живых, а родные в Португалии не предъявили своих притязаний, этим делом занялись тесть Магеллана Дьогу Барбоза и его сын Хайме. Дьогу Барбоза скончался в 1525 году, так и не успев узнать, что в том же году королевский трибунал признал его наследником всех значительных денежных сумм и привилегий, которые были когда-то обещаны Магеллану. Однако несмотря на благоприятное завершение дела, его преемники не получили ни одного мараведи из королевской кассы. В 1796 году возник новый правовой спор относительно их претензий, тоже безуспешный. То было последнее разбирательство. Ни брат Магеллана Дьогу ди Соуза, ни сестра Тереза не сделали даже попытки отстоять права, оговоренные в их пользу завещанием Магеллана. У них были весьма веские основания так поступить: король Мануэл, снедаемый жаждой мести, приказал разбить вдребезги герб Магальяйншей, украшавший дорогу к его резиденции в Саброзе.