На поверхности залива Кеннет Мичелл с рубки Е-50 следил за погружением К-13. Он не заметил ничего необычного, разве что лодка погружалась слишком быстро. Сразу после того как она скрылась под водой, Мичелл и его матросы увидели на поверхности два пятна. С расстояния около мили рассмотреть что-либо было трудно, и все решили, что это перископы, которые на мгновение выглянули из воды. Но на берегу одна из медсестер Гидропатического отеля, Анни МакИнтайр, следила за погружением лодки с гораздо более близкого расстояния. Она увидела головы двух человек, которые что-то кричали, а потом пропали. Анни побежала в отель и рассказала об увиденном, однако ей никто не хотел верить. Еще очень долго, даже после того как стало ясно, что К-13 затонула, ей никто не верил.
Лодка кормой коснулась дна на глубине около 50 футов и мягко легла с небольшим креном на левый борт, сохранив дифферент 4 градуса на корму. Оставшиеся в живых люди с изумлением смотрели друг на друга. Они продолжали верить, что сжатый воздух, поданный в балластные цистерны, вот-вот поднимет лодку на поверхность. «Остановить оба мотора», — скомандовал Герберт; В это время три тугие струйки воды ударили из переговорных труб, ведущих в кормовые отсеки. Вода облила стоящих рядом людей и забрызгала левый распредщит. Клапана на трубах были расположены за радиорубкой. До каких-то вентилей можно было дотянуться без проблем, а какие-то были практически недоступны. Прежде чем кто-либо успел заглушить трубы, на распредщите начали лопаться предохранители. Электрические кабели стали трещать и дымиться, потом они начали вспыхивать. Часть электрических цепей была замкнута. Люди пытались потушить огонь голыми руками, одеждой. Удары электрического тока отбрасывали их назад. Кто-то сорвал линейку со штурманского стола и разломал ее на куски, чтобы набросить мокрые тряпки на горящий распредщит. Огонь пожирал драгоценный кислород, одновременно наполняя отсек густым вонючим белым дымом. Кашляя, наполовину ослепшие, полуоглохшие от повышения давления, моряки сражались с огнем, не обращая внимания на порезы и ожоги. Уильям Хэнкок, представитель Адмиралтейства, контролировавший электросистемы, разбил наручные часы и поранил ладонь, когда бил по распредщиту голыми руками.
Еще один матрос попытался заткнуть переговорные трубы руками. Наконец кто-то забил переговорные трубы обрывками коек, и течь в основном прекратилась.
Внезапно со стороны кормовой переборки раздался громкий стук. Герберт приказал осторожно открыть дверь в отсек траверзных торпедных аппаратов. В проеме появились обезумевшие от страха Стратерс и Хипуорт. «Все отсеки в корму от торпедного отсека затоплены», — заявил Стратерс. Герберт попытался по телефону дозвониться до Лейна. Трубка молчала.
Палуба в самом торпедном отсеке была в основном сухой, но вода лилась через многочисленные щели в переборке, сквозь которые были пропущены электрические кабели, телефонные провода, тяги управления, переговорные трубы, несмотря на уплотнительные манжеты. Как и все остальные переборки подводной лодки, та, что отделяла котельное отделение от торпедного отсека, была рассчитана на давление 15 фунтов на кв. дюйм. Теперь, когда лодка лежала на глубине около 55 футов, давление составляло около 25 фунтов на кв. дюйм. Как долго продержится переборка, Герберт даже не хотел думать. Вполне можно было предположить, что переборки в корму от котельного отделения рухнули, и все отсеки затоплены. В этом случае все находившиеся там люди утонули. Герберт приказал немедленно вынуть все уцелевшие предохранители электроцепей кормовой части лодки. В результате кормовые отсеки лишались освещения и энергии, но было ясно, что они уже там никому не требовались. Для тех, кто остался в живых в носовой части, сохранение электроэнергии и предотвращение новых пожаров было вопросом жизни и смерти.
Теперь появилось немного времени, чтобы оценить ситуацию. Вода из переговорных труб ушла в були, однако центральный пост и офицерские каюты были наполнены дымом от сгоревших кабелей. Хотя часть электрических цепей вышла из строя, сохранившейся энергии было достаточно для освещения отсеков, откачки воды и подачи воздуха в балластные цистерны. Часть аккумуляторных батарей, расположенные под палубным настилом центрального поста и офицерских кают была во время уик-энда полностью заряжена. Тем не менее, Герберт решил уменьшить освещение до минимума, чтобы сохранить энергию.