Три дня спустя U-29 под командованием капитан-лейтенанта Отто Шухарта, действовавшая в двухстах милях к западу от Ирландии, атаковала и потопила английский авианосец «Корейджес» (18 600 брт), на борту которого было 519 военнослужащих и 24 самолета. Вместе с авианосцем погибла большая часть команды. Этот первый реальный боевой успех немецкого подводного флота был щедро отмечен командованием: офицеры и матросы получили по Железному кресту II степени, а командир Шухарт был удостоен сразу крестов I и II степени. Эти трагические события заставили англичан отказаться от использования авианосцев в системе противолодочной обороны коммуникаций. Предпочтение было отдано усилению корпуса авиации береговой обороны. Авианосцы же на протяжении всей войны использовались в составе конвоев.
Но одновременно с успехами подлодок росла и цена, которую приходилось платить подводникам. Союзные конвои стали обходить районы крейсирования подводных лодок. Это привело к тому, что командование подводными силами Германии стало в поисках добычи отправлять лодки к британским морским базам, где была сильная противолодочная оборона, что часто приводило к обнаружению и гибели немецких субмарин. Охота на конвои и одиночные суда становилась все более опасной, причем самым опасным противником для немецких подводных лодок стала авиация союзников.
Не менее эффективно действовали и надводные суда: 19 сентября подлодка U-27 под командованием корветен-капитана Йоханеса Франца была обнаружена британскими эсминцами «Форестер» и «Форчун», которые забросали ее глубинными бомбами. Лодка погибла, а вся команда попала в плен.
Борясь с подводными лодками, Адмиралтейство отдало приказ ставить минные заграждения на подходах к своим базам и портам, у восточных берегов метрополии, на Фарерско-Исландском пороге и в Дуврском проливе. 13 октября здесь на мине подорвалась и погибла U-40 под командованием корветен-капитана Вольфганга Бартена. Из 41 члена команды удалось спастись только троим…
В борьбе против германских субмарин ВМФ Британии пытался использовать и собственные субмарины, но это оказалась малоэффективно, а однажды привело и к трагическим последствиям: 10 сентября британская лодка «Окслей» во время патрулировала в противолодочной зоне и совершила грубую ошибку в определении своего местоположения, в результате чего «Окслей» попала в район действий соседней лодки «Тритон», которая «обнаружила врага» и произвела торпедную атаку, после которой «Окслей» затонула, став первым английским военным кораблем, погибшим во Второй мировой войне. Спустя несколько месяцев и британское командование стало активно использовать подлодки против немецких судов. Как пишет в своих воспоминаниях Дёниц, «в начале апреля 1940 г. английским подводным лодкам, действовавшим в проливе Скагеррак, был отдан приказ в дневное время топить без предупреждения германские суда, а в ночное время – все суда. Этот приказ шел гораздо дальше, чем германские приказы, и английские подводные лодки топили здесь даже нейтральные торговые суда, следовавшие ночью со всеми огнями. (Доклад Черчилля в английской палате общин 8 мая 1940 года.)
Осенью 1939 г. британское правительство опасалось, что Гитлер вскоре развернет против Англии полномасштабную подводную войну. Уинстон Черчилль в своих мемуарах, описывая события осени первого года войны, отметил: «Мы не сомневались, что немцы начнут строить подводные лодки сотнями и что на стапелях уже находится много субмарин в различных стадиях строительства. Мы ждали, что через 12, самое большее 18 месяцев немцы развернут подводную войну в широких масштабах». Но этого не случилось – и это стало одним из крупных просчетов Гитлера.
28 сентября в Вильгельмсхафен прибыл Гитлер с целью посетить героических подводников рейха, и командующий подводными силами Германии Дёниц в присутствии вышестоящих начальников сделал доклад, в котором обосновывал скорейшую необходимость расширения программы строительства немецких субмарин. По его словам, настоящую подводную войну, которая могла бы поставить Англию в самое невыгодное положение, можно вести, имея в наличии не менее 300 субмарин, что означало увеличение в несколько раз темпов строительства подлодок. Только в этом случае, утверждал Дёниц, блокада Британии будет действенной, ибо германский подводный флот сможет восполнить потери и заменить субмарины, вышедшие на длительное время из строя.
10 октября начальник Дёница, главнокомандующий ВМФ гросс-адмирала Редер поставил перед фюрером вопрос о получении им чрезвычайных полномочий, необходимых для реализации новой программы кораблестроения. Но Гитлер отказал (в то время в рейхе такими полномочиями обладал только наци № 2 – генерал-фельдмаршал Геринг), и в результате программа строительства подлодок была снижена до выпуска 25 единиц в месяц. В реальности даже этот план по производству лодок не выполнялся…