Своеобразие театров, особенность боевых действий на них сказывались на организации, приемах и методах использования подводных лодок. Для балтийских подводников главным стало форсирование вражеских противолодочных рубежей. После того как фашистам удалось захватить Либаву (Лиепаю), Ригу, Таллин, они изо всех сил пытались запереть балтийских подводников в восточной части Финского залива. Для этого были оборудованы две мощные противолодочные позиции: одна — в районе острова Гогланд, другая — между островом Найссар (Нарген), лежащим на подходе к Таллину, и полуостровом Порккала-Удд. На оборудование этих позиций гитлеровцы сил и средств не жалели: они выставили тысячи мин, множество противолодочных сетей, развернули линии корабельных и авиационных дозоров, шумопеленгаторные станции, посты наблюдения, артиллерийские батареи. Такой сильной противолодочной обороны, которую фашисты создали здесь в 1942 году, не было ни на одном другом морском театре периода второй мировой войны.
Фашисты настолько уверовали в невозможность прорыва советских подводников в Балтийское море, что в начале навигации 1942 года стали было отправлять свои суда в путь без охранения. А балтийцы все-таки прорывались. С июля 1942 года одна за другой подводные лодки стали проникать через противолодочные заграждения на вражеские коммуникации. Гитлеровцы дорого поплатились за свою самоуверенность: умело используя эффект внезапности, балтийские подводники выполняли порой по нескольку успешных атак за поход. Особенно результативно действовали «Л-3» капитана 3 ранга П. Д. Грищенко, «Щ-309» капитана 3 ранга И. С. Кабо, «С-7» капитана 3 ранга С. И. Лисина, «Щ-406» капитан-лейтенанта Е. Я. Осипова, «Щ-303» капитан-лейтенанта И. В. Травкина, «Щ-320» капитан-лейтенанта И. М. Вишневского, «Щ-323» капитан-лейтенанта Ф. И. Иванцова.
Вчитывался я в скупые, внешне бесстрастные строчки отчетов, донесений — и перед глазами вставала полная героики и драматизма хроника боевой деятельности подводников. Каждый прорыв через противолодочные заграждения был настоящим подвигом, требовавшим огромного мужества, боевой дерзости, стойкости. В то же время и мастерство, конечно, требовалось незаурядное. Балтийцы постоянно совершенствовали приемы маскировки лодок, выбирали оптимальные курсы движения их с таким расчетом, чтобы быть в наибольшем удалении от дозоров противника, искусно использовали малейшие слабости во вражеской ПЛО, впадины дна с наибольшими глубинами.
Большой ценой достался этот опыт — несколько лодок погибли при форсировании противолодочных позиций. Но и фашистам урон был нанесен огромный: десятки их кораблей и транспортов с живой силой, ценным сырьем, оружием и боеприпасами были отправлены на дно. Трудно переоценить значение этих ударов, если вспомнить ту тяжелейшую обстановку, которая сложилась тогда на Балтике, то положение, в котором оказался Ленинград…
Родина высоко оцепила боевой вклад балтийских подводников. В марте 1943 года три подводные лодки — «Л-3», «Щ-303» и «Щ-309» — стали гвардейскими. Несколько ранее орденом Красного Знамени были награждены «Щ-323», «Щ-320» и «Щ-406».
Немало славных дел было за два с лишним года войны и у черноморцев. И здесь тоже появились свои снайперы подводных атак, асы минных постановок. Широкую известность получили боевые успехи «Щ-211» капитан-лейтенанта А. Я. Девятко, «М-35» старшего лейтенанта М. В. Грешилова, «Л-4» капитан-лейтенанта Е. П. Полякова, «Щ 205» капитан-лейтенанта П. Д. Сухомлинова, «Щ-215» капитан-лейтенанта Г. П. Апостолова, «Щ-214» капитан-лейтенанта В. Я. Власова.
Очень интересный опыт был накоплен черноморцами в использовании подводных лодок для перевозки людей и грузов. Летом 1942 года, когда напряжение боев за Севастополь достигло апогея, именно подводникам пришлось взять на себя значительную часть морских перевозок. Они доставляли в осажденный город боеприпасы, продовольствие, бензин.
Выполнение столь необычных для подводников задач потребовало от них большой изобретательности и упорства в достижении цели. На некоторых лодках, для того чтобы взять побольше полезного груза, снимали часть аккумуляторов, выгружали торпеды, артиллерийский боезапас.
По нескольку раз прорывались в Севастополь с грузом «Л-5» капитана 3 ранга А. С. Жданова, «С-31» капитан-лейтенанта Н. П. Белорукова, «М-32» капитан-лейтенанта Н. А. Колтыпина, «М-31» капитан-лейтенанта Е. Г. Расточиля и другие. Нередко бывало, что лодка, только вернувшаяся из рейса, сразу же загружалась и вновь отправлялась в Севастополь. Перевозки осуществлялись столь интенсивно и регулярно, что защитники Севастополя стали называть рейсы подводных лодок кавказской электричкой.