В боях за порт и город Новая Килия было уничтожено до 500 и взято в плен свыше 2000 солдат и офицеров противника. Наши трофеи составили: 11 орудий, 7 автомашин, 200 повозок с лошадьми, 40 минометов, 1200 винтовок, 200 автоматов и 5 раций.
Наши потери составили: два человека убитых, семь раненых и пять человек пропали без вести. Столь незначительные потери объясняются тем, что румынские войска, в беспорядке отступавшие под ударами наших войск, были полностью деморализованы.
Захватом городов Вилково и Новая Килия Дунайская флотилия обеспечила себе господство в нижнем течении Дуная и получила возможность сконцентрировать силы и развернуть базу для дальнейших действий вверх по реке.
В течение 24 августа происходило перебазирование из Одессы и Жебрияны всех сил флотилии в Вилково. К утру 25 августа в районе Вилково были сосредоточены: Керченская бригада бронекатеров — 26 бронекатеров; 4-я бригада речных кораблей — 7 бронекатеров, 7 минных катеров, 8 речных тральщиков; 384-й отдельный Николаевский батальон морской пехоты — 280 человек; 369-й отдельный Керченский батальон морской пехоты — 290 человек; 613-я отдельная штрафная рота — 203 человека.
Береговой отряд сопровождения действовал в боевых порядках 46-й армии совместно с 255-й морской стрелковой бригадой против зажатой между озерами Шаганы и Кундук группировки противника, и только в 10 ч. 40 мин. 25 августа смог прибыть в Жебрияны, откуда вскоре вышел в направлении Новой Килии.
К 25 августа для обеспечения операционной зоны флотилии в нижнем течении Дуная, в гирлах Дуная был выставлен дозор из бронекатеров и минных катеров, а на побережье были оборудованы посты СНИС. Для прикрытия входа в гирло Дуная была установлена минометная батарея. Опасные для плавания районы оборудовались навигационными ограждениями.
ВВС Черноморского флота прикрывали с воздуха действия кораблей Дунайской флотилии.
В порту Старая Килия, представлявшем собой крепость с большим количеством артиллерии, находился гарнизон противника количеством не менее 800 человек, в том числе один батальон морской пехоты румын.
Во второй половине дня 25 августа командующий Дунайской флотилией предъявил генералу, командовавшему гарнизоном, ультиматум — в течение двух часов сдать город без боя и сложить оружие во избежание излишнего кровопролития.
Ко времени окончания срока ультиматума в район Старой Килии были посланы шесть бронекатеров, туда же подошел береговой отряд сопровождения Дунайской флотилии. Кроме того, для действия против Старой Килии должны были быть использованы две трофейные 152-мм немецкие пушки.
В 18 ч. 25 мин. 25 августа к моменту истечения срока ультиматума два бронекатера подошли к порту Старая Килия и высадили диверсионный десант в количестве 60 человек. Противник сопротивления не оказал, и в 19 часов гарнизон во главе с генералом капитулировал.
Город Измаил был занят войсками 3-го Украинского фронта в 14 часов 25 августа. Таким образом, перед подошедшими в 18 ч. 30 мин. к порту Измаил семью бронекатерами с десантом стояла задача занять порт и обеспечить охрану всех портовых сооружений. Вместе с катерами в Измаил прибыла оперативная группа штаба Дунайской флотилии.
В 8 ч. 30 мин. 26 августа было замечено движение немецких войск на острове Кислица и подготовка к переправе их на правый берег. К острову в 12 часов подошли два бронекатера, имевшие задачей захватить в плен или уничтожить противника в случае его сопротивления. Противник открыл по катерам интенсивный огонь. Бронекатера открыли ответный беглый огонь из 76-мм орудий. После пятнадцатиминутного обстрела немецкие солдаты стали бросать оружие. Стрельба по катерам прекратилась. На берег были высажены два офицера с двенадцатью краснофлотцами, которые обезоружили 800 немецких солдат и офицеров. Пленные под конвоем были направлены по берегу в Измаил.
Вслед за занятием Измаила в Тульчинский рукав были посланы два бронекатера, они блокировали Сулинское гирло на случай возможного прорыва из Сулины речных кораблей противника для противодействия нашим кораблям, двигавшимся вверх по Дунаю.
В 16 часов 26 августа из Измаила вышли 11 бронекатеров, часть из которых заняла порт Тульча, не обнаружив там противника. Порт Рени был еще ранее занят с суши подошедшими частями Красной армии.
В 21 ч. 30 мин. в 2 км ниже Галаца бронекатера вступили в бой с сильными береговыми батареями противника. Бой длился 6 минут. От прямых попаданий снарядов взорвался и затонул бронекатер № 112, а второй получил серьезные повреждения. Бронекатера, не сумев преодолеть сильное огневое сопротивление противника, легли на обратный курс.