18 февраля 1958 года Покрышкину присвоено звание генерал-лейтенанта, до августа 1959-го он командует 52-й воздушной истребительной армией Московского округа ПВО. Затем назначен командующим Киевской армией ПВО.
До конца 1950-х годов он продолжает летать. Медики констатировали:
«14.1.59 г. Генерал-лейтенант Покрышкин А. И. летает на современных самолетах-истребителях. За 1958 год имеет налет 41 час в простых и сложных метеоусловиях.
Летную профессию любит, в полетах вынослив. Перегрузки и высоту переносит хорошо. Жалоб на утомляемость, плохое самочувствие после полетов не предъявлял.
По состоянию здоровья от полетов не отстранялся. Учебнотренировочное катапультирование и парашютные прыжки в 1958 году не совершал.
Физической подготовкой занимается самостоятельно. Зимой по выходным дням регулярно катается на лыжах и совершает прогулки пешком. Изредка выезжает на охоту».
На всех командных должностях в ПВО показывал себя Покрышкин с наилучшей стороны, однако его 18 лет держали подальше от Москвы… В 1968 году после десяти лет командования особой армией ПВО, прикрывавшей Украину и Молдавию, Покрышкин был назначен заместителем главнокомандующего войск ПВО страны, где прослужил три с половиной года. Отношения с главкомом Маршалом Советского Союза П. Ф. Батицким у Александра Ивановича не сложились.
Документы того времени до сих пор закрыты. Александр Иванович занимался сугубо секретной работой в войсках Противовоздушной обороны, был не на виду. Сын А. И. Покрышкина Александр Александрович пишет: «Непросто у него складывались отношения со многими политработниками и парткомовскими деятелями. Он их называл «бездельниками», и они отвечали ему за его спиной тем, что писали на него доносы, составляли различные досье и организовывали комиссии для «проверок». «Съесть» отца им не удалось, но в его жизни и работе они сыграли серьезную отрицательную роль. Так что борьба для отца не закончилась в 1945 году. Ему снова пришлось учиться «воевать» в невоенных условиях, вырабатывать новую тактику, чтобы не быть «сбитым». Правда, на этом фронте он больших почестей не заслужил. Здесь надо было вести достаточно «грязную» игру. Он этого делать не мог… Лучше и полнее об этом, конечно, могли бы рассказать те, кто работал с ним в те годы».
Один из учеников Покрышкина — Николай Иванович Москвителев, генерал-полковник авиации, заслуженный военный летчик СССР, кандидат военных наук. Познакомились они в 1960 году, когда Москвителев командовал истребительным полком, вошедшим в Отдельную армию ПВО А. И. Покрышкина. В 1962 году полк признается лучшим в войсках ПВО страны. Москвителев, фанатично преданный авиации, был в те годы награжден за командование и полеты в особо сложных условиях орденами Красного Знамени и Красной Звезды. Александр Иванович со свойственным ему предвидением готовил Москвителева для большого авиационного будущего. И ученик оправдал надежды. Десять лет (1977–1987 гг.) он был командующим авиацией ПВО страны, назначался председателем Государственных комиссий на войсковых испытаниях МиГ-25, осваивал и внедрял этот самолет нового поколения со скоростью «в три звука». За те испытания был награжден орденом Октябрьской Революции и орденом Трудового Красного Знамени — за МиГ-31.
Н. И. Москвителев вспоминает:
«Впервые я увидел Александра Ивановича Покрышкина в апреле 1960-го. Красивый, по-юношески стройный и легкий, с необыкновенно выразительными глазами русского богатыря. Лицо суровое, но очень приятное. Чувствовались в Покрышкине постоянное высокое напряжение мысли, внутренняя огромная сила, или, как сейчас говорят, энергетика. Могучее обаяние исходило от этого человека. Немало встречал я выдающихся летчиков, сильных командующих, но и в этом ряду Покрышкин стоит особняком, он ни с кем не сравним. Такие люди рождаются, наверно, раз в сто лет.