Окончания процесса обвиняемый не стал дожидаться — он бежал. «Этот побег является делом крупной подпольной организации, глубоко внедрившейся в государственный аппарат и имеющей широкую поддержку в военной среде» — так прокомментировал это дерзкое предприятие военный прокурор Стамбула. В апреле 1980 г. Агджу приговаривают заочно к смертной казни.
Камера Агджи в стамбульской военной тюрьме «Картал-Малтепе» опустела 24 ноября 1979 г. Переодетого в офицерскую форму, Агджу провели через восемь (!) внутренних охранных постов тюрьмы, он вышел на улицу, сел в поджидавшую его автомашину и уехал. За 10 лет это был первый случай удавшегося побега заключенного из этой стамбульской тюрьмы-крепости, знаменитой своими надежными запорами и тем, что она находилась в окружении военных казарм, в центре крупной, хорошо охраняемой военной базы. Недолго находился в тюрьме Агджа. Он постоянно поддерживал связь со своими хозяевами на воле. Все, вроде бы, складывалось удачно для Агджи, для него готовился побег, но дата его почему-то все время откладывалась. И террорист решил использовать последний козырь: в конце одного из судебных заседаний отказался от большинства своих предыдущих показаний и заявил, что на следующем заседании расскажет, кто же в действительности осуществил организацию убийства журналиста А. Ипекчи. Угроза Агджи возымела действие.
Беглеца отвозят на квартиру братьев Гюрбюз, где его ждет Орал Челик. Потом они уезжают на машине в Анкару. Там в целях большей надежности Агджу прячут на первое время дома у одного из офицеров полиции — Нуредина Темура. Начинаются долгие месяцы нелегального существования, когда он меняет города и квартиры. Почему он так долго остается в Турции — на этот вопрос трудно ответить. Скрываться ему помогают около 30 человек, имена которых в настоящее время известны полиции. О них итальянский следователь Иларио Мартелла позднее скажет, что «они все состояли членами организации правого направления или были тесно связаны с ними». Впоследствии только некоторые из них попадут под суд.
Весной 1983 г. в Стамбуле вынесли, наконец, приговор пособникам побега Агджи из турецкой тюрьмы в ноябре 1979 г. Подсудимых было одиннадцать — пятеро «серых волков» и шесть солдат и унтер-офицеров стамбульской военной тюрьмы «Картал-Малтепе». Большинство обвиняемых выдал сам Агджа на его римских допросах. Поэтому и подсудимые из числа охранников тюрьмы, обеляя себя, поведали о сговоре Агджи с их прежним начальством. Унтер-офицер тюремной стражи Юсуф Худуди, например, рассказал, как накануне побега Агджи вокруг его каземата всех часовых заменили присланными в тюрьму новыми солдатами, один из которых переодел Агджу в армейскую униформу и провел беспрепятственно через сторожевые посты к поджидавшим беглеца за воротами «серым волкам». На стамбульском суде зачитали письменное покаяние бывшего офицера турецкой разведслужбы МИТ Рустема Илдыза, который засвидетельствовал, что его былые сослуживцы подстроили бегство Агджи. И, наконец, атаман «серых волков» Тюркеш, посаженный в Турции за решетку, тоже разоткровенничался: «Теперь-то я знаю, что служба безопасности организовала побег Агджи из тюрьмы». Итак, агентом каких специальных служб был человек, покушавшийся на папу римского? Ответ на этот вопрос содержится и в цитируемых ниже показаниях подсудимого, работника турецкой службы безопасности Хиджаби Кончигита, данных в Анкаре в ходе процесса над руководителями неофашистской партии национального действия полковника Тюркеша и его террористических отрядов «серые волки»: «Вскоре после убийства Абди Ипекчи я видел Мехмеда Али Агджу в доме Ферхата Каи. Меня послали в качестве должностного лица сил безопасности передать Ферхату Кае одну папку с досье, врученную мне Зеки Каманом, где содержались инструкции о действиях, которые необходимо было совершить, а также 34 тыс. лир. Ферхат Кая передал папку с инструкциями Мехмеду Али Агдже. Спустя 15 дней после этого меня послали в Стамбул. В районе Кюллюк, у кафе-читальни «Платина» я встретился с Бекиром Кюркчю. Описывая ему Мехмеда Али Агджу, я сказал, что он является юлкюджией (членом отрядов партии национального действия) и что ему нужно оказать необходимую помощь. Затем я вернулся обратно. Агджа был, в сущности, агентом служб национальной разведки… Часть этих денег, которые должны были быть переданы Агдже, вместе с деньгами, которые мы получили для него совместно из фондов сил безопасности и национальной разведки, составляла сумму 600 тыс. лир. Я в свою очередь передал их Агдже на квартире в анкарском районе Чанкая, принадлежащей службам национальной разведки» (Эти показания были опубликованы в турецкой газете «Миллиет» 10 февраля 1982 г.).