Защитник, назначенный итальянским судом, пытался высокопарными словами изложить малоубедительные мотивы преступления: «Агджа действовал один, как человек унаследовавший в полной мере неосуществленную месть предыдущих поколений. Он принадлежит к племени тех фанатиков-террористов, которые убили Линкольна, Ганди, Кеннеди, Лютера-Кинга. Убийца-одиночка Агджа возжелал своим преступным актом возвыситься до уровня тех, кто составляют величие нашего общества и олицетворяют собой надежду мира». Послушать адвоката, так Агджа стрелял в папу исключительно ради того, чтобы заставить заговорить о себе. Суд с этой версией согласился, закрыв глаза на те показания Агджи, которые он дал в ходе расследования: сразу после покушения турецкий неофашист признал, что за его спиной стоит преступная организация, действующая в международных масштабах. «Они хотят убить и других людей», — сказал он в ходе допросов, категорически отказавшись, однако, уточнить, о ком именно идет речь.
Не пожелал суд заметить и знаменательный момент в поведении преступника. В первый же час судебного разбирательства Агджа произнес фразу, смысл которой лишь много позже расшифровали специалисты. Безо всякой связи с вопросами судьи Агджа вдруг заявил: «Если итальянское правительство будет хранить молчание, через пять месяцев я начну голодовку». Фактически эти слова, содержащие в себе закодированное сообщение, были единственной, ценной информацией Агджи в ходе процесса. Своим хозяевам на воле турок адресовал послание, которое в действительности означало следующее: «Потрудитесь вытащить меня на свободу не позже пяти месяцев, в противном случае я нарушу молчание и заговорю.» Прокурор произнес в суде пустую, помпезную речь, служебный адвокат не сказал почти ничего, а обвиняемый практически вообще отказался говорить. Через три дня зачитали приговор. Он не был обжалован и вступил в законную силу. Наказание — пожизненное заключение — самое тяжелое по итальянским законам. Но строгость приговора не принесла успокоения, потому что причины покушения остались скрытыми.
Перед судом стояли два вопроса: каковы были побуждения Мехмеда Али Агджи и действовал ли он сам или существовал против папы заговор. Эти вопросы рассматривались поверхностно. Вину за это несет главным образом прокурор Николо Амато, от которого ждали, что он прольет свет на это преступление. Но вместо этого он окутал его густым риторическим туманом.