Первоначально органы итальянской юстиции разрабатывали вариант, согласно которому покушение было «подстроено» болгарами, якобы стремившимися убрать Иоанна Павла II в связи с ситуацией в Польше и — более конкретно — действиями «Солидарности». Затем судебный следователь И. Мартелла сам отказался от этого варианта. Прокурор Марини решил придерживаться версии о «происках международного терроризма», в замыслы которого входило якобы «дестабилизировать итальянские демократические институты». Но и эта версия не выдержала испытания. Тогда прокурор перестроился — а затем только и следовал этому — на «турецкий след», переместив на него всю тяжесть расследования с «международного терроризма, поощряемого с Востока». В качестве побудительного мотива преступления Марини назвал стремление крайне правой террористической организации мусульманского толка «серые волки» уничтожить главу римско-католической церкви, которого эта группировка провозгласила своим главным политическим и религиозным врагом.
Подмена различного рода версий, уход от правдивого расследования, замалчивание того, что еще вчера выглядело «сенсацией века», были очень характерна для всего римского процесса.
Стоит вспомнить, какой шум возник в итальянской буржуазной прессе 11 и 12 июня 1985 г., когда Али Агджа «признался», что «заговором» руководило посольство СССР в Софии, и назвал «конкретные лица», а затем заявил, что это посольство «распорядилось также совершить нападение на радиостанцию «Свободная Европа» в Мюнхене». Шум смолк так же быстро, как и возник: слишком грубой была ложь турецкого террориста, проглотить и переварить ее не смогли даже самые оголтелые в смысле антисоветизма местные издания.
Всякое упоминание о СССР затем вообще исчезло из судебных документов, тогда как «болгарская версия» с каждым судебным заседанием все больше тускнела.
На последнем заседании суда 29 марта 1986 г., беседуя с зарубежными журналистами, постоянно освещавшими процесс прокурор А. Марини, после оглашения приговора присяжных, сказал: «Несомненно, на исход данного процесса повлияло поведение самого Али Агджи, постоянно вызывавшее у всех замешательство. Все остается под вопросом, мы вернулись на исходные позиции. Суд не захотел принять никакого решения…»
В данном случае с Марини, который прежде был самым ярым сторонником «болгарской версии», можно согласиться. За десять месяцев судебного процесса турецкий террорист выдал 128 версий плана операции на площади Св. Петра, 26 раз он менял показания о «причастности» к преступлению болгар; 18 различных версий действий его турецких сообщников зафиксировано в судебных материалах со слов убийцы.
Агдже было отведено особое место в развернутой на Западе антиболгарской и антисоциалистической кампании. Представители «желтой» прессы буквально устраивали потасовки у тюремной камеры турецкого террориста, чтобы услышать его «сенсационные» заявления типа «я — Иисус Христос, я ангел во плоти, предсказываю скорый конец света» и так далее. В целом, если опираться лишь на материалы буржуазной печати» то может создаться определенное «таинственное» представление об Агдже» о том, что он очень много знает, но не хочет до поры до времени говорить. Росту «популярности». Агджи немало способствовал и тот факт, что папа римский в декабре 1983 г. посетил его в тюремной камере, заявив потом: «Я разговаривал с ним как с братом, которого я простил» Агджа же потом неоднократно пытался «разыграть» в ходе процесса «ватиканскую карту», требовал официального заявления Ватикана по римскому процессу всячески подчеркивал, что церковь в лице папы его простила. Однако по мере развития событий на суде становилось все яснее, что Агджа — психически неуравновешенный человек с ярко выраженной манией величия, что все его заявления откровенная ложь.
Свое последнее появление на процессе Агджа использовал для того чтобы обратиться к судьям и к публике на итальянском и английском языках с новым утверждением о том, что он является «воплощением Иисуса Христа на Земле».
За линией поведения, которую взял на вооружение этот преступник, на процессе постоянно следили примерно тридцать западных журналистов, преимущественно из Соединенных Штатов. Они присутствовали на всех слушаниях, записывали показания Агджи на магнитную и видеопленку. Однако и они в кулуарах суда разводили руками: поступки и заявления турка невозможно предвидеть или предугадать, даже если постоянно наблюдать за ним.
По всему было видно, что в определенном состоянии шока находился и назначенный итальянскими инстанциями официальный защитник Агджи, довольно известный в Италии (своими крайне правыми тенденциями) адвокат Пьетро д'Овидио.