ЮКОС уже несколько лет назад, когда было впервые возбуждено дело против Ходорковского, Лебедева и Невзлина, стал самой крупной российской нефтяной компанией с самостоятельным экспортом и в Западную Европу, и в Китай. Существовал даже проект постройки ЮКОСом собственного нефтепровода с терминалом в Мурманске. Юридические действия против ЮКОСа были стимулированы не тем, что Ходорковский уже тогда считался самым богатым олигархом России, и не его политическими амбициями, как это принято утверждать почти во всех западных статьях о проблемах ЮКОСа. Правительство России было обеспокоено начавшимися в 2003 году переговорами о слиянии ЮКОСа и «Сибнефти» Романа Абрамовича с последующим объединением новой компании с двумя американскими гигантами — ЭксонМобил и Шеврон Texaco. Переговоры велись секретно, но о них администрация Путина узнала от Юрия Голубева, одного из директоров ЮКОСа. Если бы состоялась продажа части акций уже созданной компании «ЮКОС — Сибнефть» американцам, то Россия потеряла бы контроль за значительной частью своих нефтяных ресурсов.
Такую акцию, как известно, совершил ранее Михаил Фридман, владевший нефтяной компанией Тюмени. После секретных переговоров в Лондоне он продал 50 процентов своих акций межнациональной корпорации «Бритиш Петролеум». Возникла новая компания, но уже не российская. За счет ТНК «Бритиш Петролеум» увеличила свои нефтяные ресурсы почти вдвое, но заплатила за это всего лишь 7 миллиардов долларов, что составляло меньше 5 процентов общей капитализации объединенной компании. Для России это была крайне невыгодная сделка. Тюменская нефтяная компания к настоящему времени была бы одной из крупнейших в России, и ее капитализация превышала бы в несколько раз те 7 миллиардов долларов, за которые в 2003 году были проданы 50 процентов ее акций.
ЮКОС в 2003 году был крупнейшей нефтяной компанией России. Однако большая часть прибылей шла в разные инвестиции в других странах и распределялась как дивиденды. Доходы оседали на депозитах в западных банках. Но тогда так делали многие компании, так как российские банки были слишком ненадежными и часто разорялись. Они просто не умели производить всех финансовых операций, которые необходимы очень крупным клиентам с миллиардами долларов прибылей. Не было еще практики обложения налогами «супердоходов».
В 2002 году, незадолго до ареста Михаила Ходорковского, в составе исполнительного руководства ЮКОСа было шестнадцать членов, причем сам Ходорковский был не только председателем исполнительного комитета, но и входил в состав компенсационного комитета и комитета по назначениям. Он также являлся членом совета директоров, состоящего из четырнадцати человек, среди которых были американские, французские и швейцарские банкиры и бизнесмены. Невзлин вышел из состава совета директоров, так как был избран в Совет Федерации, верхнюю палату российского парламента. Его также избрали президентом Гуманитарной академии, которой он пожертвовал 100 миллионов долларов. После ареста Михаила Ходорковского в октябре 2003 года Невзлин, находившийся в это время в Израиле, предпочел отложить свое возвращение, и должность президента этой академии долгое время оставалась вакантной.
Главные обвинения Ходорковского и Лебедева были связаны с умышленной неуплатой налогов сначала только за 2001-й, а затем и за 2002 год. В 1999–2000 годах цены на нефть были еще невысокими и доходы ЮКОСа были, очевидно, не слишком значительными.
Арест Ходорковского в октябре 2003 года не означал еще ликвидации компании, хотя такая возможность и комментировалась. Государство требовало уплаты вполне законных налогов. Однако руководство компании утверждало, что суммы налогов слишком высоки и их уплата может привести к разорению. Но неожиданно на чрезвычайном собрании акционеров ЮКОСа 28 ноября 2003 года было решено почти всю прибыль компании за девять месяцев в размере двух миллиардов долларов распределить на дивиденды. В этом случае акционеры могли получить по несколько сотен миллионов долларов. Это решение стимулировало активность прокуратуры и налоговой инспекции, которые начали проверять налоги и за 2003 год. В конечном итоге конфликт, подробности которого излагать здесь нет необходимости, привел к тому, что двенадцать членов совета директоров ЮКОСа и исполнительных директоров быстро уехали за границу, в основном в Англию. В то время никто точно не знал, какие суммы денег находятся на счетах ЮКОСа за границей. Предполагалось, что общая сумма приближается к 8 миллиардам долларов. В исполнительный комитет ЮКОСа был назначен британский адвокат Стефен Куртис (Stephen Curtis), который срочно начал распределять финансовые фонды компании по труднодоступным офшорным счетам, чтобы сделать их недосягаемыми для налоговых служб России. Деньги ЮКОСа, полученные от российской нефти, были теперь распределены по тайным счетам — от Гибралтара до Антильских островов. Это были миллиарды долларов. Между тем ЮКОС продолжал добывать и продавать нефть, хотя уже начались меры по его аукционной продаже по частям. Формального нарушения законов не было, все решения принимались судами.