Под командованием Агостино Барбариго находились пятьдесят пять боевых галер левого крыла (с желтыми флагами). Но сам флагман Барбариго не располагался в центре, скорее, он был на дальнем конце крыла, иными словами, занимал крайнюю левую позицию во всей формации. Справа от Барбариго плыл корабль адмирала Канале, а Квирини замыкал дальний правый край левого крыла.
В каждой из трех частей плыли корабли от различных стран. Отправляясь на войну во имя Христа, они назвали себя союзным флотом Священной Лиги. Борцы за веру должны были на время забыть, к каким орденам или странам они принадлежали, дабы доказать свою готовность сражаться как один. Венецианская республика при этом обладала подавляющим большинством кораблей. Центр и правое крыло были разношерстными в плане принадлежности судов, но левое крыло являлось полностью венецианским. Из пятидесяти семи кораблей сорок три представляли здесь республику.
Дориа руководил пятьюдесятью семью боевыми галерами эскадры правого крыла. В том числе здесь располагались двадцать пять венецианских кораблей. В сражении, несмотря на крайнее нежелание венецианцев, им предстояло идти под командованием наемного капитана. Корабль Дориа занимал дальнюю правую позицию, другими словами — ему доверили передовую линию обороны правого крыла.
Тридцатигалерным резервом руководил влиятельный неаполитанский порученец короля Испании маркиз де Санта-Крус. В запасе находилось шестнадцать испанских и двенадцать венецианских галер.
Закаленные в боях моряки из Венеции и Генуи находились на главных стратегических позициях. По той же причине три судна с опытными мальтийскими рыцарями Святого Иоанна расположились на правом краю главной силы. Корабль главнокомандующего дона Хуана окружали другие крупные и сильные флагманы. Крайние левую и правую позиции доверили Барбариго из Венеции и Дориа из Генуи. Именно в таком боевом порядке предстояло сражаться христианской армаде.
Многие люди, приняв какое-либо решение, стремятся поскорее реализовать его. И сейчас все (кроме пешек испанского короля) с волнением и нетерпением ожидали 16 сентября — дня отплытия.
Первым покинуть гавань должен был авангард из восьми кораблей — шести боевых галер и двух легких сопровождающих судов. Воздух сотрясался от залпов пушек, стоявших в крепости у входа в гавань.
В течение дня эти восемь кораблей вели разведку на акватории в тридцать квадратных морских миль, а ночью плыли в десяти милях позади от главной эскадры. В сражении все они, кроме двух разведывательных судов, должны были занять свои позиции в центральной части боевой формации.
Вслед за авангардом из гавани вышли шесть галеасов. В то утро ветра не было, поэтому их тянули разведывательные корабли. В случае битвы шести так называемым плавучим батареям следовало выдвинуться на передовую линию. Планировалось, что пушечным обстрелом они застигнут врага врасплох, расчистив путь боевым галерам, которые, по сути, являлись главной опорой флота.
Вслед за галеасами на расстоянии в шесть морских миль в море двинулась эскадра правого крыла во главе с флагманским кораблем Дориа (с зелеными флагами на носу). Они плыли тремя колоннами.
Затем гавань покинули главные силы из пятидесяти шести военных кораблей (еще шесть галер уже плыли впереди в составе авангарда). В этой части сосредоточилось большинство флагманов. Корабли Веньеро и Колонны плыли по обе стороны от дона Хуана, составляя безупречно ровную линию. На флагмане главнокомандующего весла были ослепительно белыми, а на корабле Веньеро — малиновыми. Три главные галеры рассекали волны, на их мачтах высоко развевались небесно-голубые флаги.
Позади следовали пятьдесят пять кораблей левого крыла. Первым шло судно командующего Агостино Барбариго, а замыкал колонну флагман адмирала Квирини. При столкновении с противником корабль Барбариго должен был остановиться и дождаться, пока галера Квирини не встанет справа от него, завершив построение левого крыла боевого формирования. Суда этой части плыли с желтыми флагами.
Был уже почти полдень, когда из гавани ушел арьергард под командованием маркиза де Санта-Крус. А так как к тому времени поднялся ветер, тридцать галер с белыми флагами следовали на полной скорости, догоняя остальной флот. Тридцать парусников во главе с маркизом Давалосом неслись следом на всей скорости. Благодаря попутному ветру их не пришлось тащить галерами, вскоре они скрылись за горизонтом, подобно стае белых чаек.