В новом халифате Альмохадов Ифрикия пользовалась определенной автономией. В 1207 году ее правителем был назначен бербер Абд аль-Вахид ибн Аби Хафс, который дал свое имя династии Хафсидов, сформированной его преемниками. Его отец был одним из ближайших сподвижников Махди Ибн Тумарта, основателя идеологии Альмохадов. После смерти последнего Абд аль-Вахид сыграл ключевую роль в провозглашении Абд аль-Мумина аль-Куми, старшего ученика Махди, первым альмохадским халифом. После смерти первого Хафсида в 1221 году, один из его сыновей, Абу Закария, сумел добиться признания себя в качестве правителя. В XIII веке кризис Альмохадского халифата, потрясенного поражениями в Испании, позволил Абу Закарии принять титул эмир и получить относительную зависимость. После этого город Тунис пережил расцвет, в нем были построены мечеть, базары и дворец эмира.
Хотя Ифрикия была интегрирована в халифат Альмохадов и являлась оплотом идеологии Махди во всей его строгости, она поддерживала очень тесные связи с портами на другом берегу Средиземного моря. Уже в 1157 году между Тунисом и Пизой был заключен договор. Парадоксально, но сами Альмохады не относились враждебно к торговле с христианами, и Тунис выиграл от соглашений между халифами и великими итальянскими морскими городами, Венецией, Генуей и Пизой, а также с нормандским Сицилийским королевством. Пизанцы и генуэзцы открыли торговые фактории в Тунисе, а за ними вскоре последовали марсельцы. Иногда эти торговые фактории представляли собой настоящие анклавы, fondouks, отведенные для проживания иностранцев, с часовнями и кладбищами. В Тунисе они располагались к востоку от города. Жизнь там для христиан была относительно свободой. Хотя там запрещалось разводить свиней, но, по крайней мере, можно было продавать вино, в том числе мусульманам, а в некоторых случаях, правда, очень редких, можно было даже оснащать церкви колоколами и звонить в них. На протяжении XIII века договоры регулировали торговые отношения и поселение христиан в различных портах восточной Берберии. Пизанцы были в наибольшем выигрыше, поскольку им было разрешено проживать за пределами самого Туниса, в Беджае, Боне (Аннабе), Махдии, Сфаксе, Габесе и Триполи, а их консулы имели право раз в месяц требовать аудиенции у эмира или губернатора. В 1240-х годах между эмиром Абу Закарией и Фридрихом II сложились прекрасные отношения. В качестве короля Сицилии он назначил консула в Тунисе и добился ценза (cens), ежегодно выплачиваемого Хафсидами. Вопреки общепринятому толкованию термина ценз как дань (tribut), это не было явным признанием подчинения тунисского эмира сицилийскому королю, а скорее налогом, дававшим ифрикийцам право торговать с Сицилийским королевством, и особенно покупать у него пшеницу. Однако христиане без колебаний восприняли это как настоящую дань, обозначающую вассальную зависимость эмира. Выплата ценза логично стала одним из вопросов крестового похода 1270 года.
Когда Абу Закария умер в 1249 году, его преемником стал один из его сыновей, Абу Абд Алла Мухаммед, который недолго довольствовался титулом эмира. Вскоре его стали называть султаном, а в 1253 году он был признан "командующим верующих" (амир аль-му'минин) и, таким образом, халифом, с лакабом (прозвищем) Аль-Мустансир Биллах (тот, кто ищет помощи Аллаха). Несмотря на неудачи в первой половине XIII века, престиж титула халиф в исламе оставался огромным и он всегда рассматривается как преемник Пророка. Поэтому, теоретически, халиф должен быть только один, но с X века этот титул оспаривали одновременно несколько претендентов. В 1250-х годах два других халифа были не очень успешны: халифат Альмохадов угас в 1269 году после долгой агонии, а в 1258 году монголы взяли Багдад и положили конец почтенному халифату Аббасидов, который обладал в исламском мире самой сильной легитимностью. В целом же, халиф Туниса находился не в самом худшем положении.
В 1259–60 годах легитимность Аль-Мустансира была даже ненадолго признана в Египте и Хиджазе, пока новый мамлюкский султан Каира, всемогущий Бейбарс, не сделал выжившего представителя рода Аббасидов новым халифом, который был полностью предан ему и принял тот же лакаб, что и Хафсид. На самом деле Хафсиду было далеко до великих амбиций Бейбарса, и он не претендовал на всеобщее господство. Более того, халиф непосредственно правил только частью современного Туниса, а берберские племена, контролировавшие пустынные оазисы, конечно, признавали его сюзеренитет, но держались от него на безопасном расстоянии. Аль-Мустансир, казалось, не был слишком обеспокоен этим. Он посвятил себя прежде всего своей столице и резиденции, окруженный многочисленными учеными, которых успехи Реконкисты изгнали из Аль-Андалуса. Все это было далеко от строгой альмохадской набожности, благодаря которой Махди добился такого успеха в предыдущем веке.