Сражение 'за императорский двор было усилено идеологией радикальных лоялистов. Все большее число самураев й простолюдинов во всей Японии верили в то, что поклонение императору поможет решить национальные политические проблемы. Центральное место в идеологии радикальных лоялистов занимала вера в то, что пребывание иностранцев в Японии приводит к осквернению «земли богов». Только изгнав из страны иностранцев, подданные императора могут доказать свою лояльность; любые компромиссы — это не только трусость, но и проявление неуважения к императору и богам. Суть убеждений радикальных лоялистов можно было выразить одним предложением: «Почитание императора (сонно) и изгнание варваров (дзёи)». Идеология сонно дзёи обладала огромной эмоциональной силой. Как и радикальный исламский фундаментализм наших дней, она позволяла излечить глубоко укоренившиеся обиды и унижения утопичными обещаниями очищения и мести. Иррациональность риторики кобу гаттай была частью ее привлекательности. Ито Хиробуми, один из самых космополитически настроенных лидеров государства Мэйдзи, вспоминая о своей юности, заметил: «Если кто-то начинал рассуждать логично о вещах [которые тогда случались], их было невозможно понять… но эмоционально казалось, что именно так все должно и быть». Сайго мог горячо симпатизировать гонителям иноземцев. В 1854 году он сам был глубоко тронут видением Фудзито Токо чистой Японии, объединенной преданностью императору и свободной от тлетворного иностранного влияния. Но к 1864-му Сайго осознал, что «изгнание варваров» — это долговременный проект. И, что более серьезно, Сайго испытывал глубокое уважение к порядку и не поддерживал призывов к насилию, исходивших от радикалов сонно дзёи. Они были, как он заметил в 1864 году, не более чем «хулиганами».
Движимые страстным чувством собственной правоты и совершенно не желая замечать реальные факты, радикалы сонно дзёи вызвали хаос и волнения в японской политике. В Мито это привело к вооруженным выступлениям, известным как восстание Тэнгу. 3/1864 толпа из недовольных самураев, синтоистских священников и простолюдинов поднялась на гору Цукубо в Мито и объявила о своем намерении совершить паломничество в Никко, где находится мавзолей Токугава Иэясу, основателя сёгуната. Они собирались почтить память дайме Мито Токугава Нариаки, который умер в I860 году, заявить о своей преданности Иэясу и императорскому дому, а затем направиться в Йокохама, чтобы изгнать из города варваров и закрыть порт. Поначалу сегунату удалось остановить кризис, но к 7/1864 мятежники завербовали сотни последователей, и конфликт вскоре перерос в гражданскую войну, захлест-нувпгую княжество Мито.
Для сёгуната восстание Тэнгу стало кризисом сразу на нескольких фронтах. Войска сёгуната были плохо обучены и слабо мотивированы, поэтому, несмотря на большое превосходство в живой силе и вооружении, их неоднократно обращали в бегство маленькие отряды бунтовщиков. Начало открытых военных столкновений продемонстрировало крайнюю хрупкость существующего политического порядка. А успех мятежников в вербовке сторонников среди самураев и простолюдинов подчеркнул жизненность дела сонно дзёи. На протяжении месяцев войска сёгуната преследовали повстанцев по всей Японии, прежде чем 12/1864 они, наконец, вынудили их сдаться.
Кроме угрозы восстания Тэнгу, сёгунат также столкнулся с терроризмом маленьких групп радикальных лоялистов. К 1864 году никто не мог чувствовать себя полностью защищенным от ярости террористов. Иностранцы были самой очевидной мишенью, и лоялисты атаковали как офицеров, так и невооруженных гражданских лиц. Радикалы сонно дзёи также обратили свой гнев против тех японцев, которых они считали недостаточно лояльными. Особое раздражение у них вызывал Мацудайра Сунгаку, даймё Фукуи. Они считали его коллаборационистом и несколько раз планировали похитить и убить его. Радикалам так и не удалось добраться до Сунгаку, но они сумели поджечь его резиденцию в Киото. Даже императорский двор не был полностью застрахован от атак террористов, поскольку — несмотря на их преклонение перед императором — лоялисты все чаще проявляли готовность атаковать императорских придворных. Например, 1/1863 Сандзё Санэай, высокопоставленный придворный вельможа, обнаружил в своем особняке в Киото отрезанные уши Икэути Дайгаку. Чтобы Сандзё правильно понял значение отрезанных ушей, убийцы приложили к ним записку, где объяснялось, что Икэути, ученый-конфуцианец, когда-то преданно служил императору, но затем стал союзником сёгуната, и поэтому он является гнусным предателем. В записке советовалось Сандзё пересмотреть свою позицию. Ивакура Томоми, старший придворный, а затем лидер государства Мэйдзи, столкнулся с похожим предостережением: он обнаружил в своей резиденции отрубленную руку.