Кицукава призвал Тёсю выполнить условия экспедиции. 11/11 правительство княжества повиновалось, отправив отрубленные головы старейшин в Хиросиму и казнив четырех офицеров штаба в тюрьме Хаги. 14/11 Токугава Ёсикацу прибыл на фронт и осмотрел головы. Два самых важных аспекта капитуляции Тёсю были выполнены, осталось выполнить только третье условие.
Казалось, что военная экспедиция в Тёсю идет к быстрому и бескровному завершению, когда внезапно она столкнулась с серьезным препятствием в виде начала гражданской войны в Тёсю. План Сайго использовать разногласия внутри Тёсю сработал слишком хорошо. Радикалы-лоялисты и нерегулярные войска возражали против предложенной капитуляции, и правительство княжества направило свою армию, чтобы подавить волнения. 12/1864 произошла серьезная стычка между отрядами лоялистов и правительственными войсками, и 1/1865 княжество объявило военное положение. Создавшееся положение угрожало выполнению оставшегося ключевого условия капитуляции — выдачи пяти беглых придворных. Правительство княжества, которое уже приготовилось передать аристократов, в конечном итоге не смогло их доставить. 15/11 нерегулярные батальоны лоялистов помогли придворным бежать в дочернее княжество Тофу.
Когда гражданская война набрала обороты, Сайго осознал, что она может нарушить соглашение, и начал Устраивать встречи с целью нахождения компромисса. В конце 11/1864 он обсудил проблему пяти придворных с ключевыми фигурами, включая Накаока Синтаро Накаока был из Тоса, но он проходил подготовку с нерегулярными войсками Тёсю и поэтому мог служить честным посредником между Сайго и лоялистами. С помощью Накаока Сайго организовал встречу со сторонниками Тёсю, и 11/12, в сопровождении своих друзей Ёсии Томодзанэ и Сайсё Ацуси, он прибыл в Симоносэ-ки, на территорию повстанцев. Эта встреча, несомненно, являлась опасным шагом, но Сайго был преисполнен решимости завоевать доверие лоялистов. После жаркой дискуссии, которая затянулась далеко за полночь, стороны пришли к компромиссу. Пятерых придворных переправят на нейтральную территорию, в княжество Фукуока, на севере Кюсю, где они будут находиться под охраной солдат из пяти княжеств. Это хитроумное решение позволяло Тёсю выдать придворных, но не сёгунату. По мнению Сайго, достигнутый компромисс решал последнюю проблему, связанную с Тёсю, и экспедицию на этом можно было закончить.
Поездка Сайго в Симоносэки и соглашение по пяти придворным изменили политический ландшафт. Командиры мятежников из Тёсю вели в Симоносэки мирные переговоры с человеком, которого они имели все основания убить: Сайго воспрепятствовал их устремлениям в национальной политике, вырвал императорский двор из их рук и ввергнул их княжество в гражданскую войну. Чтобы вести с ним переговоры, требовалось серьезно пересмотреть свои взгляды. Но мятежники не могли не заметить, что Сайго не хотел их уничтожения Имея в своем распоряжении большую армию, Сайго тем не менее не торопился атаковать Тёсю. Мятежники выполнили свое обещание, данное Сайго, и 14/1/1865 придворные были перевезены в Фукуока. Но повстанцы не смогли договориться о мире с собственным правительством. Как только Сайго покинул Симоносэки, они возобновили свои атаки, К началу 1865 года княжество было охвачено полномасштабной гражданской войной.
Однако к этому времени экспедиционная армия была распущена в результате решения, принятого под напором аргументов Сайго. Беспорядки в Тёсю, утверждал он, — это, конечно же, плохо, но они не имеют никакого отношения к возложенной на армию миссии. Условия капитуляции были выполнены, и пришло время отправить войска по домам. Сайго извлек максимальную выгоду из вЕгутренней разобщенности сёгуната и его отдаленности от фронта. Экспедиционная армия, настаивал он, не может ждать в поле, пока гонец доберется до Эдо и получит конкретные указания сёгуната. Ёси-кацу, который сам по-прежнему был настроен на быстрое завершение экспедиции, принял предложение Сайго. 27/1/1864 он распустил экспедиционную армию, на чем карательный поход в Тёсю был закончен.