Сайго вернулся в Кагосима, чтобы доложить Хиса-мицу о результатах своей поездки и приготовиться к их визиту в Киото. Сайго собрал и вымуштровал около семисот отборных солдат — достаточно, чтобы продемонстрировать решимость Сацума, но не так много, чтобы спровоцировать войну. 25/3 Сайго, Хисамицу и Тадаёси покинули Кагосима вместе со своим военным эскортом на «Санхёмару» и прибыли в Киото 12/4. Обстановка в императорской столице казалась благоприятной. Двор объявил амнистию, и 29/3/1867 Ивакура Томоми, влиятельный придворный, который был изгнан из Киото в 1862 году, получил разрешение вернуться в столицу. Все влиятельные даймё были настроены на сотрудничество. Датэ Мунэнари, в конечном итоге склонившийся в пользу визита, появился в Киото 15/4. Мацудайра Сунгаку прибыл на следующий день, а Ямаути Ёдо — 1/5. Все, казалось, было готово к конфронтации с Кэйки, и Сайго с Окубо теперь погрузились в детали киотской политики.
Сайго и Окубо достаточно ясно давали всем понять, что их конечная цель состоит в разрушении сёгуната. Как написал Сайго Хисамицу, власть сёгуната необходимо вернуть императорскому двору, а статус сёгуна следует свести до статуса обычного даймё. Но это был долговременный проект, и конференция даймё представляла собой лишь первый шаг на пути к его осуществлению. В своих служебных донесениях к Хисамицу Сайго говорит не столько о конечном свержении сёгуната, сколько о двух других, более краткосрочных целях: о прощении даймё Тёсю и открытии порта Хёго. Княжество Тёсю в прошлом проявляло несдержанность, но сегодня, настаивал Сайго, критически важно проявить к Тёсю снисходительность. Сайго привел Хисамицу целый ряд тщательно отобранных причин, по которым сёгунат должен простить Тёсю: это «успокоит умы людей», это продемонстрирует уважение к двору и это укрепит веру в то, что Японии по силам энергично справиться с внешнеполитическим кризисом. Реальные причины для прощения были несколько иными. В представлении Сайго, это позволит Сацума выполнить свои обязательства перед Тёсю, сцементирует союз княжеств и публично дискредитирует сёгунат за проведение кампании против Тёсю. В вопросе, связанном с Хёго, Сайго настаивал на том, что власть над портом нужно передать императорскому двору. Но политика в отношении Хёго будет зависеть от того, как сёгунат отнесется к прощению Тёсю, поэтому так важно сначала решить вопрос с Тёсю.
Сайго и Окубо были уверены в том, что Хёго станет той дубинкой, с помощью которой они смогут побить сёгунат. Двор упорно противостоял открытию Хёго для внешней торговли, поскольку это подпустит «варваров» на опасную близость к императорской столице. Но сёгунат был обязан открыть порт по условию договора. Согласно договору Харриса (официальное название — Американский торговый договор 1858 года), открытие Хёго должно было состояться в 1863 году, но сёгунату удалось, после длительных переговоров, перенести открытие на 7/12/1867 (1 января 1868 года). Однако в 1865-м западные державы попытались ускорить открытие Хёго, потребовав порт в качестве компенсации за нападение Тёсю на западные суда. «Переговоры» представляли собой опасное упражнение в дипломатии канонерок, поскольку западные державы направили в гавань флотилию боевых судов, пытаясь оказать неприкрытое давление на сёгунат. Этот кризис вынудил сёгунат попросить у императорского двора разрешения открыть Хёго. Результатом стал императорский эдикт, который скорее откладывал, чем решал проблему. Двор согласился с договорами, таким образом косвенно санкционировав открытие Хёго в 1868 году, но в то же время отметил, что определенные пункты договоров «не соответствуют воле императора», и настоял на том, чтобы «в отношении Хёго не предпринимались никакие действия». Этот ответ был таким уклончивым и расплывчатым, что британский представитель сначала отказался его принять, но французский посол, Леон Роше, сумел найти компромисс.