Получив мощную военную поддержку, Сацума теперь оказывало давление на императорский двор, добиваясь от него издания декрета против Кэйки. 8/12 Сайго вместе с Окубо и старейшиной княжества написали письмо Ивакура Томоми. Великая и сложная задача стоит перед нами, заявили они, и будущее всей страны висит на волоске. «Умы людей» загрязнены более чем двухвековым правлением Токугава, и реставрация императорской власти будет сложной и опасной задачей. Хотя существует соблазн пойти на компромисс с Токугава во имя «великодушия», на самом деле это только поставит двор под угрозу. Ничто, кроме низложения Кэйки до ранга обычного даймё, не будет удовлетворять императорской воле. Таким образом, говорить о мире равносильно тому, чтобы говорить об измене: «Те, кто говорит, что не нужно стремиться к войне, в действительности утверждают, что нам не нужно действовать в соответствии с великими принципами (дайдзёри)».
В тот же самый день императорский двор поручил ассамблее решить судьбу сёгуната. Собравшиеся даймё быстро решили целый ряд предварительных вопросов. Они даровали прощение нескольким придворным лоялистам, включая Сандзё Санэтоми (один из пяти беглых придворных), а также окончательно реабилитировали Ивакура, так что теперь он снова мог появляться перед императором. В тот же вечер они объявили о полном прощении и восстановлении придворного ранга даймё Тёсю Мори Такатика и его сына. Княжество Сацума наконец выполнило свое главное обязательство по пакту 1/1866. Но оставалось обсудить самый настоятельный вопрос — императорский указ о роспуске сёгуната. Переговоры продолжались всю ночь и на следующее утро.
Утром 9/12 в конференции был объявлен перерыв, и регент императора, Нидзё, вернулся домой. Ивакура сразу же приступил к действиям. Он дал указание войскам, в основном из Сацума, взять под охрану ворота императорского дворца. Затем он пригласил даймё и высокопоставленных вассалов из Сацума, Хиросима, Тоса, Фукуи и Овари в императорский дворец на официальную церемонию. Пока собравшиеся ждали, юный император Муцухито вызвал в свою библиотеку принцев Арисугаваномия и Ямасиномия, где объявил им «императорскую волю». Затем он вышел к собравшимся даймё и, заняв место за бамбуковой ширмой на высокой платформе, прочитал «великий эдикт» (дайгорэй), коренным образом меняющий политическую структуру Японии. Сёгунат был упразднен. Этот указ включал пост самого сёгуна, а также пост протектора Киото (Киото сюго), который занимал Мацудайра Катамори, и пост его заместителя. Ключевые должности при императорском дворе также были упразднены. Должности регента (сэссё). которая являлась центром власти с седьмого века, больше не существовало. Вместо сёгуната и традиционного императорского двора император объявил о создании новой политической структуры. Принц Арисугава-но-мия будет президентом (сёсай); главные даймё и высокопоставленные придворные станут сенаторами (гидзё); самураи и придворные низкого ранга будут советниками (санъё). Это был быстрый, бескровный переворот, который Сайго и Окубо планировали на протяжении месяцев, но, чтобы не вызывать лишних подозрений, требовалось соблюдать осторожность и осмотрительность. Окубо занимал скромное место в дальней части зала для собраний. Сайго находился снаружи, у дворцовых ворот, командуя войсками Сацума.
Присутствие многочисленного воинского контингента Сацума в столице помогло создать широкую, но эфемерную антисёгунскую коалицию. Ямаути Ёдо и Мацудайра Сунгаку, которых вряд ли можно было назвать союзниками Сацума, поддержали декрет скорее из страха оказаться исключенными из новой политической структуры. Они оба были вознаграждены постами сенаторов в новом императорском совете. Хитоцубаси Кэйки и Мацудайра Катамори, напротив, отказались прийти на собрание, не желая легитимировать своим присутствием антисёгунский путч. Таким образом, императорский декрет скорее создал напряженную патовую ситуацию, чем привел к ясной победе. Чтобы избежать потенциально взрывоопасной ситуации, 12/12 Кэйки покинул Киото и направился в Осака. Кэйки повиновался эдикту, ничем не подтверждая, что он признает его законность. Так, например, он принял отставку Мацу-дайра Катамори с поста протектора Киото, но причиной отставки была объявлена его болезнь, а не императорский эдикт. Между тем защитники Кэйки, включая Ёдо и Сунгаку, отчаянно пытались изменить эдикт в пользу Кэйки. Приказ императора лишал Кэйки поста сёгуна, но оставлял за ним придворную должность лор-да-хранителя императорской печати (найдайдзин). Возможно, ему удастся сохранить свои владения в качестве высокопоставленного придворного чиновника. Оставаясь в Осака, Кэйки согласился уйти с поста сёгуна и отдать свои земли, но при условии, что другие даймё тоже отдадут земли императорскому дому, чтобы он мог оплачивать свои расходы. Это была интересная идея, и даже Ивакура начал колебаться. Похоже, время снова было на стороне Кэйки.