Поражение сёгуната было личным триумфом для Сайго, но в то же время он вызывал у него глубоко противоречивые эмоции. Сайго гордился одержанной им военной победой и мужеством своих людей, но его тревожили чувства сожаления, собственного несовершенства и смертности. Он был глубоко опечален тем, что ему запрещалось принимать личное участие в сражениях, и воспринимал это как признак слабости. В первый день 1868 года Сайго, по традиционному японскому счету, исполнилось сорок, и, судя по всему, это обстоятельство заставило его задуматься о собственном возрасте. Он поделился своими чувствами с Кавагути Сэппо, его товарищем по Окиноэрабусима, который теперь заботился о семье Сайго в Кагосима:
«Я сожалею о том, что присоединился к рядам людей пожилого возраста, и поэтому больше не смогу сражаться, а всегда буду зависеть от других. Я утке решил подать в отставку и удалиться на покой, как только боевые действия закончатся. Говоря по правде, я больше не могу служить, как мужчина, из-за чего чувствую себя робким и неуверенным. Это просто невыносимо».
Сайго метался между бравадой и сентиментальностью. Он посылал своих младших родственников в битву, угрожая отказаться от них, если они будут сражаться недостаточно отважно и вернутся домой без единого ранения. Но он чувствовал себя униженным из-за того, что сам не может ввязаться в драку. Затем он признался Кавагути: «Я рад тому, что они сражались хорошо и были ранены, так что теперь я вряд ли отрекусь от них, а скорее буду ценить как самое драгоценное имущество». Когда сражения затихли, мысли Сайго вернулись к его маленькому сыну, Торатаро, находившемуся в Кагосима. Торатаро заболел, и в необычайно личном для себя отрывке Сайго просит Кавагути не позволять ребенку есть слишком много, пока он полностью не поправится. В момент несравненного военного триумфа Сайго переживал из-за своей физической слабости и терзал себя мыслями о маленьком сыне, оставшемся в сотнях милях от него.
Пройдет более года, прежде чем Сайго полностью осознает, в чем заключаются корни его чувства отчуждения, ну а пока его беспокоило гнетущее ощущение недостатка целеустремленности. После попытки самоубийства в 1862 году Сайго обрел волю к жизни в своем чувстве долга. Небеса не дали ему утонуть в заливе Кагосима, потому что он еще не завершил свои дела на земле. Долг Сайго перед Нариакира, его единственным подлинным господином, очевидно, включал в себя и свержение сёгуната. Но теперь, когда сёгунат был разрушен, Сайго начал задумываться над тем, не завершена ли его миссия. Следует ли ему уйти в отставку, или же основание нового, императорского государства тоже относится к его долгу? Борьба с сёгунатом поглощала всю энергию Сайго, но после того, как армия сёгуна отступила, он получил возможность задуматься над тем, что теперь от него требует лояльность к Нариакира. Это был особенно болезненный вопрос, поскольку идея Нариакира о будущем политическом устройстве Японии, центральную часть в котором занимал совет кобу готтай, ныне была развеяна. Кроме того, что совет даймё не сумел бросить вызов сёгунату, такие консерваторы, как Мацудайра Сунгаку и Ямаути Ёдо, использовали примирительный язык кобу готтай для защиты Кэйки. Сайго начал смуто ощущать, что создание нового императорского государства может потребовать полного отказа от традиционных принципов государственного устройства, таких, как независимость даймё. Другими словами, дух представления Нариакира находился в полном противоречии с элементами его политической программы. Это был конфликт, который Сайго никогда не смог полностью признать, а тем более с ним смириться. Это невысказанное и неразрешенное напряжение переросло в скрытый кризис как самого Сайго, так и всего государства Мэйдзи: одйн из основателей современного японского государства испытывал глубоко противоречивые чувства в отношении собственного создания.