Двойственное отношение Сайго к нарождающемуся государству Мэйдзи проявилось в первые месяцы 1868 года, когда он открыто пожаловался на императорскую армию. Новому государству требовалось новое военное Командование для эффективных действий против сёгуната. Хотя императорская армия представляла собой лишь произвольную смесь из армий различных княжеств, 2/1868 правительство создало четыре крупных воинских подразделения: Токайдо, Тосандо, Санъиндо и Хокурикудо, — каждое из которых было названо в честь основных дорог страны. Руководство этими четырьмя дивизиями осуществляло новое верховное командование — Высшее командование восточных экспедиционных войсками (Тосэй дайсётокуфу). Номинальным главнокомандующим был назначен принц Арисугаваномия, и двумя старшими офицерами штаба стали придворные аристократы. Таким образом, была осуществлена связь вооруженных сил из отдельных княжеств с императорским двором, единственным общенациональным институтом во все еще не сформированном национальном государстве. Сайго был одним из двух младших офицеров штаба, самым высокопоставленным самураем в армии. Однако Сайго скоро начал жаловаться на то, что его загрузили престижной, но ненавистной ему канцелярской работой. Штабные совещания вызывали у него невыносимую скуку, и он тосковал по настоящему командованию. 5/3/1868 он отправился с мольбой о помощи к своему товарищу Ёсии Томодзанэ, самураю из Сацума, упрашивая заменить его на штабной работе. В его письме содержалась мрачная шутка: Сайго просил освободить его от высокой должности, чтобы «я мог погибнуть в бою и подождать тебя [Ёсии] в аду».
Несмотря на свои горькие протесты, Сайго остался на службе и наблюдал за наступлением императорской армии на восток. Ее подразделения почти не встретили никакого сопротивления на всем участке продвижения от Осака до Одавара, призамкового города, расположенного примерно в пятидесяти милях к юго-западу от Эдо. После этого армия отступила к Сунну (современный Сидзуока), основала командный центр и начала готовиться к атаке Эдо. 6/3 члены высшего командования восточных экспедиционных войск собрались в Сунпу, чтобы обсудить возможные условия капитуляции. Они решили потребовать казни высокопоставленных должностных лиц режима Токугава, а также сдачи всех. замков, боевых кораблей и военного имущества. Если их требования не будут удовлетворены, то они атакуют Эдо 15/3. Сайго поддержал эти жесткие условия. Ничего, кроме смерти Кэйки, не могло остудить его гнев, а он чувствовал, что некоторые придворные склоняются к прощению. Согласие на мирную отставку Кэйки, писал он Окубо, стало бы типичным проявлением опасной нерешительности двора.
Однако Кэйки ловко устранил себя со сцены. 11/2 он добровольно сел под домашний арест и назначил Кацу Кайсю командующим вооруженными силами Токугава. Кацу был неожиданным, но хорошо продуманным выбором. В 1864 году Кацу подорвал авторитет сёгуната, выступив против атаки на Тёсю, но его оппозиция была принципиальной: сёгунат руководствовался стремлением к личной мести, а не общенациональными интересами. Те же самые стандарты теперь побудили Кацу встать на защиту сёгуната. Бессмысленная война против сёгуната, считал он, была такой же плохой и бесполезной, как и война против Тёсю. Кацу был высокомерным и эгоистичным, но у него существовали свои принципы. 6/3 Кацу связался с Сайго в Сунпу через посредника, Ямаока Тэссю. Кацу был не настолько прост, чтобы напрямую взывать к «милосердию» или «мягкости». В конце концов, Сайго ненавидел Кэйки отчасти и за его циничный подход к «мягкости» в отношении Тёсю. Вместо этого Кацу воззвал к представлению Сайго о лояльности. Лояльность к императору, напомнил он Сайго, является всеобщей, и она не может быть основой для мелкой вражды. Япония стоит перед лицом как внутренних, так и внешних угроз: «Текущая ситуация в нашей стране отличается от прошлого в том, что хотя и раньше бывало так, что брат подкапывался под брата, они в то же время знали, когда прекратить подобное бесчестье». Далее Кацу обратился к чувству чести Сайго: «Истощать свои силы, подавляя мелких вассалов, — это не достойный путь (мити), а всего лишь решение принять бессмысленную, злую смерть под градом пуль».