Сайго лично столкнулся с признаками этого надвигающегося кризиса в Эдо. Город патрулировали члены «Сёгатай», или «Лиги демонстрации справедливости» — вновь сформированной бригады из бывших солдат сёгуната. Эти войска помогали поддерживать мир и порядок в период капитуляции замка Эдо, но теперь они испытывали раздражение при мысли о сдаче столицы сёгуната силам Сацума. Из своей базы, расположенной в храме Канэйдзи на горе Уэно, они дразнили императорские войска, а к началу апреля 1868 года начали атаковать императорские патрули. Кацу пытался их удержать, но безуспешно. Хотя эти факты вызывали у Сайго серьезное беспокойство, он не хотел усиливать конфронтацию. При таком большом количестве императорских войск на северо-востоке страны в Эдо силы императора находились в численном меньшинстве. На совещании командования 1/5 Сайго выступил против атаки до прибытия подкрепления, но командующий силами Тёсю, Омура Масудзиро, не согласился с ним. Императорское правительство собиралось сделать Эдо своей новой столицей, и поэтому силы сёгуната необходимо уничтожить. Сайго все еще испытывал сомнения, но когда «Сёгатай» возобновили свои атаки на силы Сацума, он сдался. Финальный штурм был назначен на 15/5. На заре этого дня императорские войска атаковали «Сёгатай». Силы Сацума бросились на штурм главных ворот Канэйдзи и встретили ожесточенное сопротивление. Части из Тёсю с большим запозданием атаковали тыльную часть территории храма, но уже после того, как силы Сацума понесли тяжелые потери. Однако, несмотря на плохую координацию и численное превосходство противника, к вечеру «Сёгатай» были разбиты. Столица сёгуната теперь стала императорской столицей. Через два месяца город был переименован в Токио, что означает «Восточная столица».
Сайго имел все основания быть недовольным кампанией в Уэно. Омура, офицер из Тёсю и по сути всего лишь военный советник, взял на себя командование и разработал стратегию атаки. Его план привел к тяжелым потерям у Сацума, частично вызванным тем, что подкрепления из Тёсю не сумели оказать поддержку силам Сацума в критический момент. Сайго, командовавший своими войсками на месте, видел это с близкого расстояния, в то время как Омура наблюдал за ходом сражения с командной башни, расположенной в нескольких милях от храма Канэйдзи. Но Сайго был слишком наэлектризован энергией битвы, чтобы жаловаться: «Благодаря нашей тщательной подготовке мы быстро покончили с врагом, и это доставило мне величайшее удовольствие». Вместо того чтобы отчитать Омура за то, что он захватил командование, Сайго, судя по всему, был рад возможности затеряться в тумане войны. Несмотря на общую депрессию, Сайго нашел свое мужество в гуще сражения и возобновил былую славу. Придворный аристократ Сандзё Санэтоми в письме Ивакура Томоми написал по этому поводу следующее-. «Что касается ройск Сайго, то яростный бой у Черных ворот (Куромон) был исключительным по своему накалу, и своей отвагой они заслужили всеобщее восхищение». Это Синпэй вторил ему-.. «Я восхищен отвагой Сайго и мастерством военного стратега, которое проявил Омура».
Обеспечив безопасность в Эдо, Сайго переключил свое внимание на разрастающийся конфликт на северо-востоке. Императорское правительство ожидало встретить ожесточенное сопротивление со стороны княжеств Айдзу и Сонай, которые были одними из самых рьяных защитников сёгуната. Однако северо-восток не только оказал сопротивление, но и проявил мощную региональную солидарность. 4д/1864 старейшины из двух крупных северо-восточных княжеств, Сэндай и Ёнэдзава, ходатайствовали о подаче петиции, призывающей к прощению Айдзу и Сонай. Петиция получила поддержку в соседних княжествах, и совместное прошение быстро стало основой для более широкого регионального союза. К 5/1868 императорское правительство уже имело дело с конфедерацией из семнадцати северо-восточных княжеств, которые поклялись совместными усилиями добиться справедливого обращения с Айдзу. Союз северо-восточных княжеств не стремился к военному конфликту с императорским правительством. Напротив, многие члены союза надеялись на то, что они смогут избежать войны, если договорятся о более мягких условиях капитуляции для Айдзу и Сонай. Но тем не менее императорское правитель- ство было испугано этой внезапной угрозой своей верховной власти: конфедерация оспаривала власть нового правительства над северо-восточной частью страны. Словами штабного офицера императорской армии, «вульгарные княжества», входившие в союз, «не воспринимали серьезно императорский двор», и поэтому императорскому правительству не оставалось ничего иного, кроме как «считать своим врагом весь северо-восток».