За последующие два года княжество инициировало разительные перемены во всех основных областях управления. Наиболее сильные изменения произошли в области содержания самураев. Правительство Сацума приказало монбацу> отдать свои частные владения княжеству и использовало урожай, выращенный на этих землях, для радикального перераспределения доходов. До реформы около ста семей монбацу имели доход более 200 000 коку риса в год — то есть элитная верхушка, составлявшая 0,2 процента от всего самурайского населения, получала около 43 процентов от общего содержания самураев в виде независимого дохода с собственных земель. После реформы монбацу стали получать около 7 процентов от общего дохода, выплачиваемого в виде обычного жалованья. Эта реформа сократила доход монбацу более чем на 87 процентов и одновременно увеличила содержание простых самураев в среднем на 21 процент. Пожертвовав элитой княжества, Сацума сумело поднять уровень жизни большинства самураев, при этом затрачивая меньше средств на их содержание. Княжество также перестроило свою армию, внедрив большое количество вассалов низкого ранга в современную военную систему, организованную по британскому образцу. Княжество полностью реорганизовало свой административный аппарат, распустив традиционные институты, такие, как совет старейшин, и заменив их системой департаментов и бюро. При назначении на новые должности основополагающую роль играл талант кандидатов, а не их ранг; княжество упразднило все основные статусные разграничения среди своих самураев. Правительство провело новое размежевание земель и упростило систему сбора налогов. Оно продолжило с удвоенной энергией стимулировать развитие современных отраслей промышленности, особенно текстильной и кораблестроительной.
Эти реформы оказали огромное воздействие на княжество. К 1872 году Сацума ликвидировало основные недостатки традиционного правления. Княжество имело современные вооруженные силы вместо децентрализованной феодальной армии. Его гражданская администрация была открыта только для самураев, но отбор в нее основывался на способностях, а не на наследственных правах. Княжество упразднило независимую власть семей монбацу, установило новый контроль над деревнями и создало эффективный централизованный административный аппарат. Удивительно, что, несмотря на стоимость войны за реставрацию императорской власти, княжество Сацума все больше процветало. Сохранив основные элементы самурайских привилегий, реформаторы сумели создать стабильный современный бюрократический режим. Это было поразительное достижение, за которое Хисамицу удостоился похвалы от императора. Но реформы в Сацума в то же время представляли скрытую угрозу для государства Мэйдзи. Радикальные реформы, проведенные правительством княжества, создали потенциальную альтернативу мощному и централизованному общенациональному государству. Если Сацума удалось создать современное государство в границах традиционного княжества, то тогда, возможно, локальная автономия была жизнеспособной альтернативой инициативам из Токио.
Сайго одобрил реформы, но он стремился к военной деятельности. Весной 1869 года центральное правительство начало кампанию против последнего оплота военной оппозиции — самопровозглашенной «республики» Эномото Такэаки на Хоккайдо. Эномото, бывший морской офицер сёгуната, 8/1868 скрылся вместе с восемью боевыми кораблями и присоединился к северо-восточному союзу. После поражения коалиции северо-восточных княжеств он бежал дальше на север, на Хоккайдо, где оккупировал город Хакодатэ. 11/5/1869, после того как на севере страны закончилась весенняя распутица, правительство начало атаку на его силы. Сайго собрал войска и направился на север, чтобы принять участие в кампании. Но Эномото сдался уже на седьмой день, и Сайго прибыл после того, как война уже закончилась. Униженный и измотанный, он вернулся в Кагосима. Ожидавшие его там новости были совсем неплохими: 2/6/1869 центральное правительство назначило ему содержание 2000 коку, и это была самая щедрая в финансовом отношении награда за его службу императорскому двору. Однако ничто не могло развеять его горечи, вызванной тем, что он не успел принять участия в боевых действиях на Хоккайдо. Карьера Сайго, как солдата на службе у государства Мэйдзи, закончилась не так, как бы ему хотелось.