Иннокентий первым из пап перестал называть себя «наместником Петра», предпочтя титул «наместник Христа». Это был примечательный отход от самоуничиженности Григория Великого, называвшего себя «рабом рабов божиих». Тщетность усилий Иннокентия III становится очевидной после его смерти, когда разгорелась новая война между папством и императором Фридрихом II Штауфеном, которая по своему размаху превзошла все предыдущие войны между Римом и империей.
Третий акт папской трагедии начинается 13 декабря 1250 г., в день неожиданной и преждевременной смерти ФридрихаII. Воспользовалось ли папство, представляемое теперь Иннокентием IV ( 1243-1254), этой возможностью восстановить мир в западном христианстве или хотя бы прекратить вендетту против дома Фридриха? Несмотря на опустошительные последствия войны, Иннокентий продолжал твердить, что не может быть мира, пока отпрыски Фридриха занимают королевский или императорский престол. Эта моральная аберрация и привела гильдебрандово папство к самоубийству.
Политику Иннокентия IV унаследовали его преемники на папском престоле. Династия Фридриха прекратилась со смертью его сыновей. Манфред пал на поле боя в 1265 г., а Конрад был казнен в 1268 г. Папе Бонифацию VIII казалось, что многочисленные паломники, наводнившие Рим в святой год 1300-й, являются живыми свидетелями его всемогущества. Он не понимал, что ни духовенство, ни христианский народ уже больше не хотели рисковать жизнью и имуществом, поддерживая папу в войне против мирской тирании. Он считал, что все готовы подняться по его призыву, как когда-то поднялись по призыву Гильдебранда. Следуя этому заблуждению, он спровоцировал короля Франции обнажить меч и лихо ринулся прямо на острие его, полагая, что никакое мирское оружие не устоит против канонады церковной артиллерии.
В результате этого самоубийственного поступка папа был подвергнут аресту. За этим последовали «Авиньонское пленение пап» и Великий Раскол западного христианства.