Однако проблемы с дисциплиной все равно оставались, причем нарушителями ее в большой мере были сами начальники. Когда, к примеру, в январе 1828 года император Николай I внезапно отправился на Охтенскую верфь, то ни на одном из пяти строящихся судов он не обнаружил ни одного из уже назначенных командиров. Перепуганный морской министр адмирал Моллер пытался выкрутиться, объясняя, что во время «высочайшего присутствия» командиры где-то просто обедали. Николай таких объяснений не принял. Дело в том, что императора взбесило не только одновременное отсутствие всех капитанов, но и то, что они в рабочее время «обедали», то есть, попросту говоря, где-то сообща выпивали. Скорый на расправу Николай тут же начертал ответ сердобольному министру: «Объявить господам командирам всех строящихся судов, если один или два по крайней нужде могут отлучиться, но чтоб вдруг все пять не были на своем мосте, того я не могу дозволить. И потому так, как обедать могли и после рабочего времени, то обедавших посадить на трое суток на гауптвахту, объявив приказом по флоту от вашего имени».
Весьма своеобразным в эпоху парусного флота было и производство офицеров в чины. Дело в том, что Петром I с момента создания флота этот порядок не был четко определен. Он начал устанавливаться лишь с 1706 года, а с 1714 года кроме определенного срока выслуги в каждом чине для повышения была введена баллотировка, то есть тайное голосование офицеров-сослуживцев. В 1720 году Адмиралтейств-коллегия установила баллотировку до капитана 3-го ранга (капитан-лейтенанта) включительно. Но затем было решено все же производить в чины по старшинству. В целом, с небольшими изменениями, этот порядок производства в чины сохранялся на флоте на всем протяжении XVIII века.
При производстве в чин неукоснительно соблюдались основные правила; «удостоение» начальства на производство кандидата и наличие вакансии; однако эти правила вступали в силу лишь при положительном исходе баллотировки. Баллотировка представляла собой сдачу экзаменов комиссии, в состав которой входили опытные капитаны и флагманы. Вопрос о присвоении или о не присвоении следующего чина решался тайным голосованием. Каждый из экзаменаторов опускал в урну один из двух имевшихся у него шаров, белый (за присвоение) и черный (против присвоения). Так как количество членов комиссии всегда было нечетным, то председатель, вскрыв урну и подсчитав количество белых и черных шаров, объявлял экзаменующемуся приговор: произведен он в следующий чин или нет.
Историк российского флота Ф.Ф. Веселаго пишет «Баллотировка, как средство справедливейшего выбора достойных к повышению в следующие чины офицеров, установлена в нашем флоте еще Петром I. Правила баллотировки, изменяясь в подробностях, сохранились до настоящего времени (имеются в виду 60-е годы XIX века. — В.Ш.), в которое они получили некоторые улучшения и более правильный порядок. Так, например, младшие чины отстранены от баллотирования старших, уничтожены шары, выражающие «сомнение», и оставлены только два разряда — достоин или недостоин. Баллотировать положено не во все чины, только в те, которые по обязанностям своим представляют значительную разницу, как например чины: капитан-лейтенанта, капитана и флагмана. Производство из гардемаринов в мичманы и из мичмана в лейтенанты производили по экзамену; из лейтенантов в капитан-лейтенанты, из капитан-лейтенантов в капитаны и из капитан-командоров в контр-адмиралы по баллотировке. Старшинство офицеров, производимых по баллотировке, определялось по количеству удовлетворительных шаров; и у кого было более трети неудовлетворительных, тот считался забаллотированным Забаллотированные два раза отставлялись от службы с половинной пенсией или на инвалидном содержание, если они выслужили; но полной пенсии они лишались, хотя бы прослужили 40 и более лет. Для производства из гардемаринов в мичманы кроме удовлетворительно выдержанного экзамена еще требовалось сделать пять морских кампаний; а при производстве из мичманов в лейтенанты — не менее 4 лет службы в чине. На открывающиеся вакансии флагманов половинное число производилось по царскому приказу и половина по баллотированию; в капитаны по царскому приказу производилась четвертая часть, в капитан-лейтенанты — шестая, а остальные по баллотировке».
На российском парусном флоте всегда существовала строгая иерархия заменяемости должностей. В случае смерти командира его должность принимал капитан-лейтенант (т.е. старший офицер или, попросту говоря, старпом). В случае его смерти — старший (первый) лейтенант, и так все офицеры один за другим по старшинству. Если же в бою погибали все офицеры, то команду над судном обязан был принять старший унтер-офицер, затем штурман, шкипер, констапель и, наконец, боцман. Если и последний погибал в жестоком сражении, в командование судном должен был вступить «любой на то годный».
Особенности службы морских офицеров в XVIII веке — это крайне ограниченное число штатных вакантных мест, особенно в 50-х и 60-х годах, когда почти на десять лет на флоте было вообще прекращено производство в чины; массовый уход со службы офицеров-дворян после 1739 года, не желавших служить пожизненно; отвлечение офицеров флота на всевозможные дела, не связанные непосредственно с корабельной службой: заготовку провизии и сбор денег по губерниям, приводы рекрутских партий, откомандирование к статским делам, назначение к описи лесов, сельскохозяйственных угодий и т.д. Все это вызывало систематический некомплект на кораблях и в частях.
Многочисленные войны, которые вела Россия на протяжении XVIII века, создавали дополнительные проблемы. Так, до 1764 года на флоте, как и в армии, не существовало правила о пенсионном обеспечении отставных офицеров. Пенсия (абшид) выдавалась лишь в особых случаях, и, как правило, высшему командному составу. Остальные, в том числе увечные, бедствовали, а то и вовсе нищенствовали.
Екатерина II пересмотрела положение о пенсиях. Престарелых морских офицеров, не имевших никаких источников дохода, кроме денежного содержания по службе (а таких на флоте было очень много, ибо на морскую службу шли беднейшие представители дворянства), отсылали «навечно» в порты и адмиралтейства, как правило, с половинным окладом. Там инвалиды использовались для посильных дел до самой смерти. Специальным указом был определен перечень городов для поселения отставных морских офицеров, так как многие вообще не имели постоянного места жительства. Увечных и больных определяли в специально созданные богадельни. Особенно много распределяли на жительство и попечение в монастыри. Полная пенсия, однако, оставалась только как поощрение для избранных.
Вследствие того, что среди офицеров на судах в течение всего XVIII века почти никогда не было не только представителей аристократов и родового дворянства, но даже более-менее состоятельных людей, «все сплошь жили только жалованьем», которое в первой XVIII века было столь незначительным, что позволяло выживать лишь при невероятной экономии. Отсюда и понятная отчужденность морского офицерства от высшего света (где им просто нечего было делать по своей бедности), малое количество браков и преданность службе, так как никаких имений, куда можно было бы удалиться, у них просто не было. Особенно плачевным было положение морских офицеров во времена правления императрицы Елизаветы, когда на протяжении десяти лет о флоте вообще как бы забыли, денег почти не выплачивали и в чины не производили. В связи с этим многократно возросло воровство казенного имущества с его последующей перепродажей. Вообще, более-менее решить финансовые проблемы можно было, только выслужившись в капитаны судов и в адмиралы. Только с появлением парового флота с отдельными каютами, отоплением и электричеством начинается приток на флот представителей русской знати.