Найпершою видатною постаттю в арабській медичній/філософській традиції був аль-Кінді (Алькіндус), який народився в IX столітті у знатній родині в Басрі, але працював у Багдаді. Він був послідовником Арістотеля й намагався узгодити доктрини Арістотеля з Платоновими та ісламськими. Аль-Кінді був ерудитом, дуже цікавився математикою, але, як і Джабір, наслідував піфагорійців у використанні її, найімовірніше, як магії чисел. Він писав про оптику та медицину й виступав проти алхімії, хоч захищав астрологію. Аль-Кінді також керував деякими проектами з перекладу давньогрецьких творів арабською.
Більш вражаючим був ар-Разі (Разес), арабомовний перс із наступного за аль-Кінді покоління. Серед його робіт можна назвати «Трактат про віспу та кір». У творі «Сумніви щодо Ґалена» він піддавав сумніву авторитет цього впливового римського лікаря й заперечував теорію, відому ще з часів Гіппократа, що здоров’я – це питання балансу чотирьох рідин (описану в розділі 4). Він пояснював це так: «Медицина – це філософія, і вона не сумісна з відмовою від критики щодо провідних авторів». На відміну від типових поглядів арабських лікарів, ар-Разі також критикував доктрину Арістотеля про те, що космос має бути скінченний.
Найвідомішим ісламським лікарем був Ібн Сіна (Авіценна), інший арабомовний перс. Він народився в 980 році поблизу міста Бухара в Середній Азії, став придворним лікарем султана Бухари, а пізніше був призначений губернатором однієї із провінцій. Ібн Сіна був арістотелівець і, як і аль-Кінді, намагався примирити ідеї Арістотеля з ісламом. Його «Канон лікарської науки» став найвпливовішим медичним текстом Середньовіччя.
У той самий час почався розквіт медицини в ісламській Іспанії. Аль-Захраві (Абулькасіс) народився в 936 році поблизу Кордови, центру ділового й культурного життя Андалусії, і працював там до самої своєї смерті в 1013 році. Він був найвидатнішим хірургом Середньовіччя й мав неабиякий вплив на християнську Європу. Хірургія тоді була менше за інші галузі медицини обтяжена погано обґрунтованими теоріями. Можливо, саме тому аль-Захраві намагався підтримувати відокремлення медицини від філософії та теології.
Однак розлучення медицини з філософією тривало недовго. У наступному столітті в Сарагосі народився лікар Ібн Баджа (Авемпас), який працював також у Фесі, Севільї та Гранаді. Він був арістотелівцем, який критикував Птолемея та заперечував Птолемеєву астрономію, але робив виняток для Арістотелевої теорії руху.
Ібн Баджу змінив його учень Ібн Туфайль (Абубакер), також народжений у мусульманській Іспанії. Він мав медичну практику у Гранаді, Сеуті й Танжері, а пізніше став візиром та лікарем султана з Альмогадської династії. Він стверджував, що між ідеями Арістотеля та ісламом немає жодних суперечностей і, як і його вчитель, заперечував епіцикли та ексцентри Птолемеєвої астрономії.
Ібн Туфайль теж мав видатного учня аль-Бітруджі. Він був астрономом, але успадкував від свого вчителя повагу до Арістотеля й заперечення Птолемея. Аль-Бітруджі безуспішно намагався по-іншому інтерпретувати рух планет по епіциклах з точки зору гомоцентричних сфер.
Один лікар мусульманської Іспанії став більш знаменитим як філософ. Ібн Рушд (Аверроес) народився в 1126 році в Кордові й був онуком міського імама. У 1169 році він став каді (суддею) Севільї, а 1171 року – Кордови, а потім за рекомендацією Ібн Туфайля у 1182 році став придворним лікарем. Як учений-медик, Ібн Рушд найбільш відомий розпізнаванням функції сітківки ока, але найбільшої слави зажив переважно як коментатор Арістотеля. Читати його прославляння Арістотеля аж ніяково:
[Арістотель] заснував і завершив логіку, фізику та метафізику. Я кажу, що він заснував їх, бо роботи з цих наук, написані до нього, не варті обговорення і просто блякнуть перед його творами. І я кажу, що він їх завершив, бо ніхто після нього аж до наших днів, тобто впродовж майже півтори тисячі років, не зумів додати чогось до його робіт або знайти в них помилку хоч якоїсь важливості5.
Батько сучасного письменника Салмана Рушдi вибрав це прізвище на честь світського раціоналізму Ібн Рушда.
Природно, що Ібн Рушд критикував Птолемеєву астрономію, як таку, що суперечить фізиці, маючи на увазі Арістотелеву фізику. Він усвідомлював, що гомоцентричні сфери Арістотеля не «зберігають видимості», і намагався узгодити ідеї Арістотеля зі спостереженнями, але зробив висновок, що це було завданням на майбутнє: