У 1258 році, коли монголи, яких очолював Гулаґу-хан, розграбували Багдад і вбили халіфа, Аббасидському халіфату настав кінець. Щоправда, правління Аббасидів почало занепадати ще задовго до того. Політична та військова влада перейшла від халіфів до турецьких султанів, і навіть релігійна влада халіфа була ослаблена заснуванням незалежних ісламських урядів: оновленого Омейядського халіфату в Іспанії, Фатімідського халіфату в Єгипті, династії Альморавідів у Марокко та Іспанії, на зміну якій прийшов Альмогадський халіфат у Північній Африці та Іспанії. Частини Сирії та Палестини тимчасово знову завоювали християни – спочатку візантійці, а потім франкські хрестоносці.
Натомість арабська наука почала занепадати ще до кінця Аббасидського халіфату, імовірно, десь із 1100 року. З того часу там більше не з’являлося вчених масштабу аль-Баттані, аль-Біруні, Ібн Сіни та аль-Гайсама. Однак це доволі суперечливий погляд, і гіркота суперечності посилюється сучасною політикою. Деякі вчені навіть не погоджуються, що там взагалі був якийсь занепад10.
Безумовно, якась наукова діяльність тривала й після кінця Аббасидської епохи під владою монголів у Персії, потім в Індії, а пізніше й під оттоманськими турками. Наприклад, Гулаґу-хан наказав побудувати Марагінську обсерваторію в Персії в 1259 році, лише за рік після розграбування ним Багдада – як вдячність за допомогу, яку, на його думку, надали йому астрологи в завоюваннях. Засновник і керівник цієї обсерваторії астроном ат-Тусі писав про сферичну геометрію (геометрію великих кіл на сферичній поверхні на кшталт уявної сфери нерухомих зірок), укладав астрономічні таблиці, а також пропонував модифікації Птолемеєвих епіциклів. Ат-Тусі заснував наукову династію: його учень аль-Ширазі був астрономом і математиком, а аль-Фарісі, що був учнем аль-Ширазі, зробив вражаючий внесок в оптику, пояснивши райдугу та її кольори як результат заломлення сонячного світла у краплях дощу.
Як на мене, більше вражає Ібн аш-Шатир, астроном XIV століття з Дамаска. Наслідуючи попередні роботи марагінських астрономів, він розробив теорію планетних рухів, у якій Птолемеїв еквант замінив парою епіциклів, задовольняючи в такий спосіб вимогу Платона про те, що планети мають рухатися з постійною швидкістю круговими орбітами. Ібн аш-Шатир також запропонував теорію руху Місяця, яка ґрунтувалася на епіциклах: вона уникала надмірної мінливості відстані Місяця від Землі, що руйнувала Птолемеєву місячну теорію. Рання робота Коперника, описана в його «Малому коментарі», представляє місячну теорію, ідентичну до теорії Ібн аш-Шатира, а також планетну теорію, що передбачає такі самі видимі рухи, що й теорія аш-Шатира11. Сьогодні вважають, що Коперник дізнався про ці результати (якщо не про їхнє джерело) замолоду, навчаючись в Італії.
Деякі автори приділяють велику увагу тому фактові, що геометричну конструкцію «теорему Тусі», яку розробив ат-Тусі в своїй роботі з планетного руху, пізніше використовував Коперник (це був спосіб математичного перетворення обертального руху двох дотичних сфер на коливальний прямолінійний рух). Виникла навіть певна суперечка: дізнався Коперник про теорему Тусі з арабських джерел чи вигадав її сам12. Загалом Коперник віддавав арабам належне й цитував п’ятьох із них, зокрема аль-Баттані, аль-Бітруджі та Ібн Рушда, але ат-Тусі не згадував.
Показово, що яким би не був вплив ат-Тусі та Ібн аш-Шатира на Коперника, ісламські астрономи не продовжили їхньої роботи. У всякому разі теорема Тусі та планетні епіцикли Ібн аш-Шатира були покликані впоратися зі складностями, які насправді можна пояснити тим, що планети рухаються еліптичними орбітами, а Сонце не є центром цих орбіт (хоча ані ат-Тусі, ані аш-Шатир, ані Коперник про це не знали). Ці складності, як ми розглядали в розділах 8 та 11, однаково вплинули на Птолемеєву та Коперникову теорії й жодним чином не стосуються того, обертається Сонце навколо Землі чи Земля навколо Сонця. Жоден арабський астроном до Нового часу геліоцентричну теорію направду не пропонував.