Ще важливішим за розквіт соборних шкіл, хоч і дотичний до нього, був інший напрям розвитку. То була нова хвиля перекладів робіт більш ранніх вчених. Спочатку перекладали не так безпосередньо з давньогрецької, як з арабської: або роботи арабських вчених, або твори, що раніше були перекладені з давньогрецької арабською чи з давньогрецької сирійською, а вже потім арабською.
Справа перекладу почалася доволі рано, у середині X століття: наприклад, у монастирі Санта-Марія де Ріполі в Піренеях, поблизу кордону між християнською Європою та Омейядською Іспанією. Щоб проілюструвати те, як перейняті в арабів знання могли поширюватися в середньовічній Європі, а також їхній вплив на соборні школи, розгляньмо кар’єру Ґерберта Орільякського. Він народився у 945 році в Аквітанії; про його батьків нічого невідомо. Вивчав арабську математику й астрономію в Каталонії; деякий час жив у Римі; перебрався до Реймса, де виступав із лекціями про арабські цифри та абак і реорганізував соборну школу; став абатом, а згодом архієпископом Реймським; допомагав у коронації засновника нової династії французьких королів Гуго Капета; супроводжував німецького імператора Оттона III до Італії та Маґдебурґа; став архієпископом Равенським, а в 999 році був обраний на папу Римського під іменем Сильвестр II. Його учень Фюльбер Шартрський учився в соборній школі Реймса, а в 1006 році став єпископом Шартра, очоливши реконструкцію величного собору цього міста.
У XII столітті темпи перекладів зросли. На початку століття англієць Аделард Батський, що довго подорожував арабськими країнами, переклав роботи аль-Хорезмі й передав арабське вчення у своїх «Природних питаннях». Тьєррі Шартрський якось дізнався про використання в арабській математиці нуля й запровадив його в Європі. Мабуть, найважливішим перекладачем XII століття був Ґерард Кремонський. Він працював у місті Толедо, яке було столицею християнської Іспанії до арабського завоювання, після чого його відвоювали кастильці в 1085 році, і залишалося центром арабської та єврейської культури. Його латинський переклад з арабської Птолемеєвого «Альмаґеста» відкрив давньогрецьку астрономію середньовічній Європі. Ґерард переклав також Евклідові «Начала», роботи Архімеда, ар-Разі, аль-Фергані, Ґалена, Ібн Сіни та аль-Хорезмі. Після захоплення норманами арабської Сицилії в 1091 році переклади латиною також робили безпосередньо з давньогрецької, геть не спираючись на арабські проміжні варіанти.
Найбільше на розвиток науки вплинули переклади ідей Арістотеля. Дуже багато його робіт перекладали з арабських джерел у Толедо – наприклад, саме там Ґерард переклав його твори «Про небо», «Фізика» та «Метеорологія».
Роботи Арістотеля не завжди схвально сприймала Церква. Значно більше на середньовічне християнство впливали платонізм та неоплатонізм почасти завдяки святому Августину. Роботи Арістотеля, на відміну від Платонових, були натуралістичні. Його бачення Всесвіту базувалося на законах (хай навіть так само хитких, як і сформулював він сам) і створювало образ Бога зі скутими ланцюгами руками – той самий образ, що так бентежив аль-Ґазалі. Суперечки навколо ідей Арістотеля стали принаймні частково причиною конфлікту між двома новими жебручими чернечими орденами. Ідеться про заснований у 1209 році орден францисканців, або «сірих братів», які протистояли вченню Арістотеля, і заснований близько 1216 року орден домініканців, або «чорних братів», що захоплювалися «Філософом».
Цей конфлікт розгортався переважно у стінах нових європейських закладів вищої освіти – університетів. Одна із соборних шкіл Парижа отримала в 1200 році королівську хартію як університет (у Болоньї університет був трохи старший, але він спеціалізувався на праві та медицині й не відігравав важливої ролі в розвитку середньовічних природничих наук). Майже одразу, у 1210 році, у Паризькому університеті заборонили викладати твори Арістотеля з натурфілософії. Папа Григорій IX у 1231 році закликав викреслити з цих робіт небажані місця, щоб можна було безпечно викладати корисні частини.
Заборона на Арістотеля була не повсюдна. У Тулузькому університеті його роботи викладали від часу заснування в 1229 році. Натомість у Парижі повну заборону на Арістотеля скасували в 1234 році, і в подальші десятиліття вивчення його творів стало там центром освіти. Здебільшого це було справою двох духовних осіб XIII століття – Альберта Великого й Томи Аквінського. Відповідно до тогочасної моди їм були присвоєні титули докторів: Альберта називали Доктором всеохопним, а Тому – Доктором ангельським.