Альберт Великий навчався в Падуї та Кельні, став домініканцем, а в 1241 році перебрався до Парижа, де від 1245 до 1248 року обіймав посаду професора кафедри для чужоземних учених мужів. Пізніше він переїхав до Кельна, де заснував свій університет. Альберт був помірним арістотелівцем, який надавав перевагу Птолемеєвій системі перед гомоцентричними сферами Арістотеля, але переймався її конфліктом з Арістотелевою фізикою. Він припускав, що Чумацький шлях складається з багатьох зірок і (всупереч Арістотелю) що плями на Місяці притаманні йому недосконалостями. Приклад Альберта трохи пізніше наслідував інший німецький домініканець Дітріх Фрайбурзький, який незалежно від аль-Фарісі повторив деякі його роботи про райдугу. У 1941 році Ватикан проголосив Альберта святим покровителем усіх учених.
Тома Аквінський народився у знатній родині на півдні Італії. Отримавши освіту у школі при монастирі Монте-Кассіно та в Неапольському університеті, він не виправдав сподівань своїх рідних на те, що стане абатом багатого монастиря, а став, як і Альберт Великий, домініканцем. Тома жив у Парижі та Кельні, де навчався під керівництвом Альберта. Пізніше він повернувся до Парижа, де в 1256–1259 та 1269–1272 роках був професором університету.
Видатною роботою Аквінського стала «Сума теології» – комплексний сплав Арістотелівської філософії та християнської теології. У ній він займає позицію посередині між запеклими арістотелівцями (відомими також як аверроїсти на честь Ібн Рушда) та запеклими антиарістотелівцями, як-от члени нещодавно заснованого ордену ченців-августинців. Тома Аквінський активно критикував доктрину, яку зазвичай (але, імовірно, несправедливо) приписували аверроїстам XIII століття, наприклад Сіґеру Брабантському та Боецію Дакійському. Згідно з цією доктриною окремі положення вчення Арістотеля, зокрема вічність матерії або неможливість воскресіння мертвих, можна вважати істинними з погляду філософії, водночас визнаючи їх хибними з погляду релігії. Для Аквінського могла бути лише одна істина. В астрономії він схилявся до гомоцентричної теорії планет Арістотеля, стверджуючи, що ця теорія ґрунтується на розумі, тоді як теорія Птолемея просто відповідає спостереженням, і цим даним могла б також відповідати якась інша гіпотеза. З другого боку, Тома Аквінський не погоджувався з Арістотелем щодо теорії руху, стверджуючи, що навіть у вакуумі будь-який рух тривав би протягом якогось певного відрізка часу. Вважають, що Аквінський підтримував свого сучасника, домініканця Вільєма Мербекського у справі перекладу латиною творів Арістотеля, Архімеда та інших античних авторів безпосередньо з давньогрецьких джерел. До 1255 року паризькі студенти вже складали іспити на знання робіт Томи Аквінського.
Але суперечки навколо вчення Арістотеля на цьому не закінчилися. Починаючи з 1250-х років, опір ідеям Арістотеля в Парижі потужно очолив францисканець святий Бонавентура. У 1245 році папа Інокентій IV заборонив роботи Арістотеля в Тулузі. У 1270 році єпископ Паризький Етьєн Тамп’є заборонив викладати 13 Арістотелевих положень. Папа Іоанн XXI наказав Тамп’є глибше вивчити це питання, і в 1277 році Тамп’є забракував 219 тез Арістотеля й Томи Аквінського3. В Англії цю заборону поширив Роберт Кілворді, архієпископ Кентерберійський, а в 1284 році поновив його наступник Джон Пекгем.
Тези, заборонені в 1277 році, можна поділити за причинами їхньої заборони. Деякі суперечили Святому Письму, наприклад положення про вічність світу:
9. Що не було першої людини, як не буде й останньої; натомість завжди було й завжди буде породження людини людиною.
87. Що світ вічний, як і всі види в ньому; і що час вічний, як і рух, матерія, суб’єкт та об’єкт.
Деякі заборонені положення описували методи пізнання істини, що кидали виклик авторитету релігії, наприклад:
38. Що нічому не варто вірити, якщо це не самоочевидно або не можна довести із самоочевидних речей.
150. Що не можна задовольнятися відповіддю на будь-яке запитання із впевненістю, яка ґрунтується на авторитеті.
153. Що ніщо не стає більш зрозумілим завдяки знанню теології.
Нарешті, деякі положення потрапили під заборону через проблему, що турбувала аль-Ґазалі, – філософські та наукові міркування, схоже, обмежують Божу волю, наприклад:
34. Що першопричина не могла створити кілька світів.
49. Що Бог не міг зсунути небеса прямолінійним рухом, адже тоді залишився б вакуум.