В постоянный состав штрафного батальона входили командир, военные комиссары батальона и рот, командиры и политические руководители взводов, а также остальной начальствующий состав. Командир и военный комиссар штрафного батальона пользовались по отношению к штрафникам дисциплинарной властью командира и военного комиссара дивизии, заместители командира и военного комиссара батальона — властью командира и военного комиссара полка, командиры и военные комиссары рот — властью командира и военного комиссара батальона, а командиры и политические руководители взводов — властью командиров и политических руководителей рот. Всему постоянному составу штрафных батальонов сроки выслуги в званиях, по сравнению с командным, политическим и начальствующим составом строевых частей действующей армии, сокращались наполовину, а каждый месяц службы в постоянном составе штрафного батальона засчитывался при назначении пенсии за шесть месяцев.
В штрафные батальоны в качестве переменного состава на срок от одного до трех месяцев направлялись лица среднего и старшего командного, политического и начальствующего состава приказом по дивизии или бригаде (по корпусу — в отношении личного состава корпусных частей или по армии и фронту — в отношении частей армейского и фронтового подчинения соответственно). На эти же сроки могли направляться по приговору военных трибуналов (действующей армии и тыловых) лица среднего и старшего командного, политического и начальствующего состава, осужденные с применением отсрочки исполнения приговора (примечание 2 к ст. 28 Уголовного кодекса РСФСР). Причем командиры и военные комиссары батальонов и полков направлялись в штрафной батальон не иначе как по приговору военного трибунала фронта. Все, кто направлялся в штрафной батальон, подлежали разжалованию в рядовые. Однако разрешалось назначать штрафников на должности младшего командного состава с присвоением званий ефрейтора, младшего сержанта и сержанта.
В Положении устанавливалось, что за боевое отличие штрафники могли быть освобождены досрочно по представлению командования штрафного батальона, утвержденному Военным советом фронта, а за особо выдающееся боевое отличие — представлены к правительственной награде. Все освобожденные из штрафного батальона восстанавливались в звании и во всех правах. Штрафники, получившие ранение в бою, считались отбывшими наказание. Они подлежали восстановлению в воинском звании и во всех правах и после выздоровления направлялись для дальнейшего прохождения службы, а инвалидам назначалась пенсия из оклада содержания по последней должности перед зачислением в штрафной батальон.
Штрафные роты создавались с «целью дать возможность рядовым бойцам и младшим командирам всех родов войск, провинившимся в нарушении дисциплины по трусости или неустойчивости, кровью искупить свою вину перед Родиной отважной борьбой с врагом на трудном участке боевых действий». Они находились в ведении Военных советов армий. В пределах каждой армии предусматривалось создание от пяти до десяти штрафных рот, которые придавались стрелковому полку, дивизии и бригаде.
Положение определяло, что к постоянному составу штрафных рот относились: командир и военный комиссар роты, командиры и политические руководители взводов и остальной постоянный начальствующий состав. Командир и военный комиссар штрафной роты пользовались по отношению к штрафникам дисциплинарной властью командира и военного комиссара полка, заместители командира и военного комиссара роты — властью командира и военного комиссара батальона, а командиры и политические руководители взводов — властью командиров и политических руководителей рот. Им предоставлялись те же льготы, что и постоянному составу штрафных батальонов.
Переменный состав штрафных рот комплектовался из числа рядовых бойцов и младших командиров, которые направлялись в эти подразделения сроком от одного до трех месяцев. При этом младшие командиры подлежали разжалованию в рядовые. В остальном (порядок освобождения, восстановления в воинских званиях, награждения и т. д.) Положение о штрафных ротах было идентичным Положению о штрафных батальонах.