Не делая полного разрыва псковской паствы с ее епархиальным архиереем, новая попытка Пскова, однако ж. грозила самым существенным правам последнего, стесняла еще более, если не уничтожила совершенно, его влияние на церковный суд и управление в Пскове, ставя рядом с полузависимым наместником владыки другие, совершенно независимые от него выборные органы церковного суда и управления. Опираясь и на Номоканон и на содействие местного веча, крепостная грамота подвергала опасности очень чувствительные материальные интересы Софийского дома, державшиеся на обычае или усердии паствы к духовному пастырю; в то же время, открыто заявив на вече как признанный факт бессилия или нежелание новгородского владыки установить правильный церковный порядок в Пскове, здешнее духовенство разрушало с практической стороны его пастырский авторитет, на место которого ставило какое–то самодельное церковное уложение с самодельными блюстителями, не получившими надлежащего благословения. Каноническая сторона вопроса остается в полумраке: все заинтересованные стороны заботились о ней всего менее и слишком перепутали ее своею небрежностью, непониманием или практическими сделками и интересами нецерковного свойства. В январе следующего (1469 года) архиепископ Иона приехал в Псков. Он приехал с миром и принят был радушно, по–старому: все священство с крестами и посадники с народом вышли к нему навстречу за город. Владыка благословил граждан, потом соборовал у Троицы с обычными церемониями. После того Иона призвал к себе на подворье псковских посадников и все духовенство и стал допытываться у них про крепостную грамоту.
— Кто это сделал так без моего ведома? — спрашивал он. — Я сам хочу судить здесь, а вы бы ту грамоту вынули да подрали.
Духовенство и вече не хотели возобновлять недавнюю распрю с владыкой. Года за три перед тем они написали мирную грамоту и целовали ему крест всем Псковом Теперь они решились уговориться с ним мирно, уладить дело «пословно». Все Божие священство, посадники и весь Псков, «осадав», дали такой ответ о грамоте:
Сам, господине, ведаешь, что пробудешь у нас недолго, а в короткое время дел наших нельзя тебе управить, потому что в последнее время у нас в церквах Божиих стала смугл большая, между священниками в церковных делах беспорядки такие, что и пересказать тебе всего не можем: знают то сами, кто творит все эти бесстыдства Вот об этом священство и грамоту выписало из Номоканона и в ларь положило по вашему же слову, как ты, господине, и братия твоя, прежние владыки, приезжали прежде в дом Св. Троицы, вы сами велели и благословили священство всех соборов с вашим наместником, а нашим псковитином, всякие священнические дела править по Номоканону.
— Я, дети, доложу об этом митрополиту Филиппу, — сказал владыка, — и что он мне прикажет, сообщу вам Вижу и сам из слов ваших, что дело это большое, между христианами соблазн, в церквах Божиих мятеж, а иноверным радость, что мы живем в такой слабости, и укоры от них за нашу беспечность.
Пробыв всего две недели, владыка побрал с попов свой подъезд и уехал; псковичи проводили гостя до рубежа, много честив и дарив его. Ни с той, ни с другой стороны не было речи о праве: обе стороны как будто чувствовали, что у них затрясется почва под ногами при этой речи. Потому они ссылаются только на факты, говорят друг другу не то, что законно, а то, что прилично в вежливой беседе, которую решили кончить без ссоры. Между тем каждая сторона думала про себя свое, особенно владыка. Он перенес дело на суд в Москву. Но посла туда пошлет он один, а в Москве также более всего любили факт, и с какой стороны являлся туда челобитчик с этим фактом в руках, та находила здесь поддержку. Притом владыка мог ссылаться на старину, а Москва в чужом деле любила стоять за нее: в капитале русской цивилизации старина — понятие, менее трудное для разумения, — с успехом заменяла тогда право, как кунья морда с металлическим гвоздиком при скудности чистого металла с успехом ходила в экономическом обороте вместо денежной ценности куньего меха.