Что касается установления на Руси греческих порядков, здесь Никон преследовал и другую цель: утвердить превосходство церкви над государством. В прошлом отношения между церковью и государством в России регулировались той же теорией, что и в Византии, а именно — диархией, или симфонией, двух соподчиненных властей, scicerdotium и imperium, каждая из которых считалась верховной в собственной сфере. Фактически церковь пользовалась значительной независимостью и обладала большим влиянием в киевскую и монгольскую эпохи. Но в Московском царстве хотя и сохранялась теория двух соподчиненных властей, на деле гражданская власть все больше подчиняла себе церковь, а политика иосифлян естественным образом поддерживала эту тенденцию. Никон попытался перевернуть ситуацию. Он не только потребовал предоставить патриарху абсолютную власть в религиозных вопросах, но и притязал на право вмешиваться в мирские дела, а также носить титул «великого государя», до сих пор принадлежавший только царю. Царь Алексей питал глубочайшее уважение к Никону и на первых порах подчинился его контролю. «Власть патриарха столь велика, — пишет Олеарий, посетивший Москву в 1654 г., — что он, можно сказать, разделяет верховное управление с великим князем».
Но спустя какое–то время Алексея стало раздражать вмешательство Никона в светские дела. В 1658 г. Никон — быть может, в надежде восстановить былое влияние — решился на любопытный шаг: он удалился в полуотшельничество, не сняв с себя, однако, полномочий патриарха. В течение восьми лет Русская церковь оставалась без действующего главы, пока наконец в 1666–1667 гг. Москве не состоялся по просьбе царя собор, на котором председательствовали патриархи Александрии и Антиохии. Собор решил дело в пользу никоновских реформ, но против его личности: изменения в богослужебных книгах и прежде всего никоновское правило относительно крестного знамения получили подтверждение, но сам Никон был низложен и отправлен в ссылку, а на его место назначен новый патриарх. Таким образом, собор ознаменовал победу политики Никона по насаждению греческих порядков в Русской церкви и поражение его попытки поставить патриарха выше царя. Собор подтвердил византийскую теорию гармонии двух взаимозависимых властей.
Однако решения Московского собора по вопросу об отношениях церкви и государства недолго оставались в силе. Никон слишком сильно качнул маятник в одну сторону, и вскоре он качнулся обратно с удвоенной силой. Должность патриарха, чью власть Никон столь амбициозно пытался возвеличить, была вовсе упразднена Петром Великим (годы правления 1682–1725).
Петр решил, что новых никонов быть не должно. Когда в 1700 г. умер патриарх Адриан, он не предпринял никаких шагов к назначению нового патриарха, а в 1721 г. издал знаменитый «Духовный регламент», которым объявлял отмену патриаршества и учреждение вместо него Духовной коллегии, или Святейшего синода. Синод состоял из двенадцати членов, трое из которых были епископами, а остальные назначались из числа настоятелей монастырей или из женатого духовенства.
Учреждение Синода опиралось не на православное каноническое право, а копировало протестантские церковные синоды Германии. Его члены не избирались церковью, а назначались императором, и сам император мог произвольно смещать их. Если патриарх, занимавший свою должность пожизненно, имел реальную возможность бросить вызов царю, то у члена Святейшего Синода не было шансов проявить героизм: он просто отправлялся в отставку. Император назывался не «главой церкви», а «верховным судьей Духовной коллегии». На заседаниях Синода присутствовал не сам император, а правительственный чиновник, именуемый обер–прокурором. Хотя обер–прокурор сидел за отдельным столом и не принимал участия в дискуссиях, defacto он обладал значительной властью в церковных делах и если не по имени, то наделе являлся «министром по делам религии».
В «Духовном регламенте» церковь рассматривается не как божественное установление, а как один из государственных институтов. Основываясь в значительной мере на светских предпосылках, он оставляет мало места тому, что в английской Реформации называлось «суверенными правами Искупителя». Это касается не только положений «Регламента» о верховном управлении церковью, но и прочих его предписаний. Священнику, узнавшему на исповеди о каком–либо заговоре, могущем угрожать государству, вменялось в обязанность нарушить тайну исповеди и доложить дело полиции с присовокуплением имен и всех подробностей. Монашество прямо называлось «источником бесчисленных смут и беспорядков» и сковывалось множеством ограничений. Новые монастыри могли основываться только по особому разрешению, монахам воспрещалось отшельничество, ни одной женщине моложе пятидесяти лет не дозволялось постригаться в монахини.