Св. Иоанн настаивал на частом причащении, хотя в то время в России миряне причащались обычно три–четыре раза в год. Не имея времени выслушивать по отдельности исповедь каждого, кто приходил к нему, он установил нечто вроде публичного покаяния, когда каждый вслух излагал свои грехи одновременно с другими. Он превратил иконостас в невысокую перегородку, чтобы алтарь и священник в алтаре были видны во время службы. В своем настойчивом призыве к частому причащению и в приверженности к более древней форме иконостаса Иоанн предвосхитил литургическое возрождение современного православия.
Россия XIX в. переживала бурное возрождение миссионерской деятельности. Со времен Митрофана Сарайского и Стефана Пермского русские были деятельными миссионерами. С расширением власти Московского государства на восток открылось широкое поле для евангелизаторской работы среди местных народностей и монголов–мусульман. Но хотя церковь никогда не переставала посылать миссионеров к язычникам, в XVII–XVIII вв. ее миссионерские усилия несколько ослабели, в частности, в связи с закрытием монастырей при Екатерине. В XIX в. миссионерская деятельность возобновилась с новой энергией и энтузиазмом: Казанская академия, открытая в 1842 г., особенно много внимания уделяла миссионерству, осуществлялась подготовка священников из местного населения. Священное Писание и литургия были переведены на многие языки. Только в Казанской губернии литургию служили на двадцати двух разных языках и диалектах. Примечательно, что один из первых лидеров миссионерского возрождения, архимандрит Макарий (Глухарев, 1792–1847), изучал исихазм и знал учеников Паисия Величковского: миссионерское возрождение уходило корнями в возрождение духовной жизни. Величайшим миссионером XIX в. был св. Иннокентий (Иоанн Вениаминов, 1797–1879), епископ Аляски, ныне почитаемый миллионами православных американцев как их главный «апостол».
В области богословия Россия XIX в. порвала со своей чрезмерной зависимостью от Запада. Этим она была обязана прежде всего трудам Алексея Хомякова (1804–1860), лидера движения славянофилов и, пожалуй, первого оригинального богослова в истории Русской церкви. Сельский помещик и бывший капитан кавалерии, Хомяков принадлежал к традиции богословов–мирян, которая всегда существовала в православии. Хомяков отстаивал точку зрения, что все западное христианство, будь оно римско–католическим или протестантским, принимает одни и те же допущения и высказывает одни и те же основополагающие взгляды, в то время как православие есть нечто существенно иное. Коль скоро это так (продолжает Хомяков), православным недостаточно заимствовать их богословие с Запада, как они это делали, начиная с XVII в. Вместо того, чтобы использовать протестантские доводы против Рима и римские доводы против протестантизма, им следует обратиться к собственным первоистокам, вновь обрести исконную православную традицию, которая в своих основных чертах не является ни римско–католической, ни реформаторской, но кафолической. Как заметил друг Хомякова, Ю. Самарин, до Хомякова «наша православная школа не была в состоянии дать определение латинизму или протестантизму, так как, оторвавшись от собственной православной точки зрения, она сама разделилась надвое, и каждая из этих половинок хотя и занимала позицию, противоположную противной — латинской или протестантской, — но не могла встать над нею. Хомяков был первым, кто взглянул на латинизм и протестантизм с точки зрения Церкви, то есть с большей высоты. Вот почему он смог дать им определение». Особое внимание Хомяков уделял учению о церкви, ее единстве и авторитете, и в этой области он внес большой вклад в православное богословие.
При жизни Хомяков почти не оказал влияния на богословскую мысль в академиях и семинариях, но и сюда постепенно приходило освобождение от подражания Западу. К 1900 г. русское академическое богословие находилось на подъеме. Было много богословов, историков и литургистов, глубоко сведущих в западных академических дисциплинах, однако не позволявших западным влияниям поколебать свою православную веру. Последующие за 1900–м годы стали временем значительного интеллектуального возрождения также вне богословских школ. С эпохи Петра Великого атеизм сделался обычным явлением среди русской интеллигенции, но теперь немало мыслителей разными путями возвращались к православию. Некоторые из них прежде были марксистами, например, Сергий Булгаков (1871–1944), позднее ставший священником, и Николай Бердяев (1874–1948). Оба они сыграли выдающуюся роль в жизни русской эмиграции в Париже.