Особенно трудной проблемой стало для русского православия возрождение католичества восточного обряда. В 1946 г. Греко–католическая церковь Украины, основанная в 1596 г. в результате Брест–Литовской унии и насчитывавшая около 3,5 млн человек, была вновь инкорпорирована в Русскую православную церковь и перестала существовать. Хотя некоторая часть украинских католиков вернулась в православие добровольно, не подлежит сомнению, что подавляющее большинство желало, как и прежде, сохранить единство с папством. Ни один из украинских епископов не высказался за возвращение в православие; все они были арестованы и в большинстве своем погибли в тюрьме или в ссылке. Вследствие прямого принуждения и полицейского террора многие священники и миряне решились внешне примириться с православной церковью, оставаясь католиками по внутренним убеждениям, другие предпочли уйти в подполье. Иерархи Московского патриархата, попустительствуя преследованиям братьев–христиан со стороны Сталина и атеистических властей, оказались в незавидно двусмысленном положении. Несомненно, основополагающий принцип состоит в том, что ни один христианин никогда не должен поддерживать актов насилия, направленных против совести других христиан. Судьба греко–католиков после Второй мировой войны — быть может, самая мрачная страница в истории сговора Московской патриархии с коммунизмом.
Но даже будучи загнано в подполье, восточное католичество не было уничтожено. Одним из результатов горбачевской политики гласности стала легализация в конце 1989 г. Греко–католической церкви Украины. К 1987 г. стало более чем очевидно, что греко–католики выйдут из катакомб и попытаются вернуть себе храмы, некогда им принадлежавшие, а теперь находящиеся в руках православных. Если бы Московская патриархия взяла инициативу в свои руки и предложила решить вопрос мирно, путем переговоров, она завоевала бы громадный моральный авторитет и сумела бы избежать последующих печальных событий. К сожалению, такого предложения не последовало. В 1987 г; и затем вторично, в 1988 г., глава Украинской католической церкви кардинал Мирослав Любачивский и устно, и письменно обратился в Московскую патриархию с предложением, чтобы обе стороны — православные и католики — совершили публичный и формальный жест взаимного прощения. Ответа не последовало. Нетрудно понять, что это молчание глубоко уязвило греко–католиков. Так благоприятная возможность была упущена. С 1989 г. и позднее начались острые локальные столкновения, часто сопровождавшиеся насилием, по поводу принадлежности церковных зданий. Страсти накалились с обеих сторон, и примирение шло очень трудно.
С проблемой взаимоотношений между православными и греко–католиками на Украине тесно связана проблема украинского национализма. Отныне Украина стала независимым государством, и «большинство украинских православных захотело иметь также независимую церковь. Украинская автокефальная церковь была de facto основана после революции. На ассамблее в Киеве в 1921 г., не сумев найти православного иерарха, который поддержал бы движение за автокефалию, делегаты решили создать украинский епископат сами, без рукоположенных епископов. Эти украинские иерархи — «самосвяты» (как их называли) никогда не признавались другими православными. В течение некоторого времени Украинская автокефальная церковь процветала, насчитывая 26 епископов, 2500 священников и 2000 приходов, но в конце 1930–х гг. она была ликвидирована Сталиным. Во время Второй мировой войны Украинская церковь вновь возродилась на оккупированных территориях, причем на этот раз ее епископы имели апостольское преемство; но после окончания войны Сталин вновь упразднил ее. Наконец, в 1989 г. Украинская автокефальная церковь возродилась еще раз, при поддержке отставного епископа Московского патриархата Иоанна (Боднарчука).