Александрия выиграла и другое сражение — на втором Эфесском соборе в 449 г. Но здесь — это чувствовалось многими в христианском мире — александрийцы зашли слишком далеко. Преемник Кирилла, Диоскор Александрийский, настаивал на том, что во Христе присутствует лишь одна природа (physis). Спаситель — из двух природ, но после воплощения в Нем пребывает лишь одна — «единая воплощенная природа Бога Слова». Такова позиция, обычно именуемая «монофизитской». Правда, уже Кирилл употреблял подобные выражения, но Диоскор опустил те уравновешивающие положения, которые ввел Кирилл в 433 г. как уступку антиохийцам. Многим казалось, что Диоскор отрицает целостность человечества Христа, хотя это почти наверняка несправедливо по отношению к его позиции.
Только двумя годами позже, в 451 г., император Марциан созвал епископов в Халкидон на собор, который в Византийской церкви и на Западе считается Четвертым вселенским собором. Теперь маятник вновь качнулся в сторону антиохийцев. Осудив монофизитскую позицию Диоскора, собор провозгласил, что Христос есть единая и нераздельная Личность. Не только в Нем пребывают две природы, но и Он — в двух природах. Епископы одобрили томос Римского папы св. Льва Великого (+ 461), где ясно утверждалось различие между двумя природами и в то же время подчеркивалось единство личности Христа. В своем вероопределении собор утвердил исповедание «одного и того же Сына, совершеннейшего в Божестве и совершеннейшего в человечестве, истинного Бога и истинного Человека … в двух естествах неслитно, неизменно, нераздельно, неразлучно познаваемого, так что соединением нисколько не нарушается различие двух естеств, но тем более сохраняется свойство каждого естества и соединяется в одно лицо и в одну ипостась». Отметим, что Халкидонское определение направлено не только против монофизитов («в двух естествах неслитно, неизменно»), но и против последователей Нестория («одного и того же Сына… нераздельно, неразлучно»).
Но Халкидон означал поражение не только александрийского богословия: он означал также поражение Александрии в ее притязаниях на первенство среди восточных христиан. Канон XXVIII Халкидонского собора подтвердил канон III собора в Константинополе, закрепившего за Новым Римом второе место — сразу после старого Рима. Папа Лев отверг этот канон, но Восток с тех самых пор признает его действительным. Собор также изъял Иерусалим из юрисдикции Кесарии, предоставив ему пятое место среди главных христианских престолов. Отныне была установлена система, известная среди православных под именем пентархии. Согласно ей, пять крупнейших церковных кафедр пользовались в церкви особым почитанием, причем в отношении них был принят определенный порядок старшинства: Рим, Константинополь, Александрия, Антиохия, Иерусалим. Все пять, как считалось, были основаны апостолами. Первые четыре престола находились в крупнейших городах Римской империи, пятый был причислен к ним потому, что в Иерусалиме Христос принял крестную смерть и воскрес. Епископ каждого из названных городов получил титул патриарха. Пять патриархатов разделили между собой юрисдикцию над всем известным тогда миром, за исключением Кипра: остров получил независимость по решению Эфесского собора и с тех пор сохранял самоуправление.
Говоря о православной концепции пентархии, нужно избегать двух возможных недоразумений. Во–первых, система патриархов и митрополитов принадлежит к сфере церковной организации. Но если взглянуть на церковь не с позиций церковного порядка, а с точки зрения божественного права, то всех епископов надлежит признать равными, независимо от величия или малости вверенного их управлению города. Все епископы равно суть наследники апостолов, все обладают равной сакраментальной и вероучительной властью. При обсуждении доктринальных вопросов недостаточно, чтобы патриарх высказал свое мнение: всякий епархиальный архиерей имеет право присутствовать на общем соборе, брать слово и голосовать. Система пентархии отнюдь не подрывает существенное равенство епископов и не лишает местные общины того значения, какое приписывает им Игнатий.
Во–вторых, православные верят, что среди пяти патриархов папа занимает особое место. Православная церковь не признает доктрины папской власти, развитой в документах Ватиканского собора 1870 г.; но в то же время православные не отрицают за святым и апостольским престолом Рима первенства чести, а также (с определенными оговорками) права принимать апелляции от всех частей христианского мира. Подчеркнем, что речь идет о «первенстве», а не «превосходстве». Православие видит в папе епископа, «председательствующего в любви» (если воспользоваться выражением св. Игнатия). С точки зрения Православной церкви, ошибка Рима в том, что такое первенство или «председательство» в любви он обратил в превосходство внешней власти и юрисдикции.