Японская православная церковь была основана св. Николаем Касаткиным (1836–1912) — одним из величайших миссионеров нового времени во всем христианстве. В 1861 г. Николай был послан в Хакодате в качестве священника русского консульства. Но с самого начала он решил посвятить себя проповеди христианства среди японцев, хотя в то время миссионерская деятельность была строго запрещена японскими законами. Первых новообращенных Николай крестил в 1868 г., а в 1875 г. были рукоположены первые священники из японцев. К моменту его смерти в 1912 г. в Японии насчитывалось 266 общин, членами которых были 33017 человек, 35 священников–японцев и 22 диакона. В период между войнами японское христианство понесло определенные потери, но и сегодня в стране насчитывается 25 тыс. верующих, один епископ и около сорока священников. Нынешний глава японских православных, митрополит Феодосий (избран в 1972), ранее был буддистом. И он, и все духовенство–японцы. Церковь Японии является автономной и находится под духовным патронажем материнской, то есть Русской, церкви.
Корейская миссия, основанная русским духовенством в 1898 г., почти прекратила свое существование к концу 1950–х гг., но в последние пятнадцать лет переживает возрождение под руководством греческого архимандрита Сотира (Трамбаса), посвященного в епископы в 1993 г. Сейчас в Корее существуют пять приходов, семинария и монастырь. В 1980–е гг. под эгидой Вселенского патриархата началась также миссионерская деятельность в Индонезии, на Филиппинах, в Гонконге и Южной Бенгалии (Индия).
Помимо этих православных миссий в Азии, существует также активно действующая Африканская православная церковь в Кении, Уганде и Танзании. Африканское православие изначально имело туземный характер: оно утвердилось не через проповедь миссионеров из традиционно православных стран, а вследствие спонтанного движения среди самих африканцев. Основателями африканского православия стали два коренных угандийца — Робен Себанжа Мукаса Спартас (род. 1899, поев. в епископы 1972, ум. 1982) и его друг Обадия Кабанда Басаджакитало. Будучи воспитаны в англиканской вере, они обратились в православие не вследствие личного общения с православными, а в результате чтения и учения. В первое время каноническое положение Угандийской церкви вызывало некоторые сомнения, ибо сперва Робен и Обадия установили сношения с организацией американского происхождения «Африканская православная церковь», которая хотя и называла себя православной, но фактически не имела общения с подлинным историческим православием. В 1932 г. оба угандийца были рукоположены неким архиепископом Александром из названной церкви. К концу того же года они осознали сомнительность статуса «Африканской православной церкви» и прервали всякие сношения с нею, сблизившись с Александрийским патриархатом. Но только в 1946 г., когда Робен лично посетил Александрию, патриарх формально признал африканскую православную общину в Уганде и взял ее под свое покровительство.
Робен и Обадия с жаром проповедовали новообретенную веру братьям–африканцам, и движение быстро набирало силу. Одна из причин этого заключалась в том, что православная миссия хотя и осуждала многоженство, на деле была менее сурова, чем европейские миссии, к тем, кто уже заключил полигамные браки. Играли свою роль также политические факторы: до того как Кения завоевала независимость в 1959 г., кенийские православные тесно сблизились с африканским освободительным движением May May. Одним из несомненных преимуществ православия в глазах африканцев была его непричастность к колониализму. После завоевания независимости многие бывшие сторонники православия отпали от него. Но недавно африканское православие реорганизовалось и вновь начало расти. Некоторые наблюдатели насчитывают от 70 тыс. до 250 тыс. православных в Кении и 30 тыс. в Уганде; но греческие православные источники называют гораздо более скромную цифру — около 40 тыс. православных туземцев во всей Восточной Африке. В настоящее время на континенте есть свой епископ в Кампале (Уганда) — Феодор (Нанкиамас), получивший образование в Афинском университете. В 1992 г. девятнадцать священников–африканцев проживали в Уганде, шестьдесят один в Кении и семь в Танзании. Православная богословская школа в Найроби, основанная в 1982 г., насчитывает около пятидесяти студентов.
Спонтанное развитие африканского православия оказало значительное влияние на греческое православие как в самой Греции, так и в Северной Америке, заставив его гораздо более отчетливо осознать миссионерское измерение церкви. Визиты Робена Спартаса в Грецию в 1959 г. и Феодора (Нанкиамаса) в США в 1965 г. вызвали широкий резонанс. Многие приходы и молодежные группы взяли на себя обязательство оказывать африканцам молитвенную и финансовую поддержку. Можно утверждать, что таким образом африканское православие дало греческому православию больше, чем получило от него.