События, описанные в «Тайхэйки», относятся уже к XIV веку, когда император Годайго (1288–1339) попытался оспорить власть камакурских правителей из рода Ходзё, узурпировавших власть рода Минамото. Первоначально императору сопутствовал успех, войска Ходзё были разгромлены, императорская власть восстановлена. Но успех вскружил ему голову — как нередко бывает с победителями, — и он принялся устранять вчерашних союзников, опасаясь их возросшего влияния. И генерал Асикага Такаудзи (1305–1358) поднял мятеж. В 1338 г. Асикага провозгласил себя сёгуном и стал основателем династии сёгунов Асикага, правивших страной (более или менее успешно) на протяжении 15 поколений.
Со временем и сёгунат Асикага пришел в упадок — магнаты клана Хосокава полностью контролировали сёгунов, их власть оспаривали другие магнаты. Десятилетняя гражданская войн Онин (1467–1477) положила начало эпохе Сражающихся княжеств.
В это время окончательно сложился самурайский этос. В стране, раздираемой усобицами, полководец стал главной фигурой. Самураи больше не подражали изнеженным придворным, но и не были теми варварами, о которых с насмешкой писали в романах эпохи Хэйан. Воинский идеал предполагал верность принципам конфуцианской морали, среди которых первое место занимала преданность. Именно в это время главы самурайских домов и полководцы начали составлять своды правил для своих вассалов и домочадцев — такие как «21 правило Ходзё Соуна», «Изречения Асакура Сотэки», «Суждения в девяноста девяти статьях» Такэда Нобусигэ.
Первым, кто серьезно задался целью объединить Японию, стал Ода Нобунага (1534–1582). Собрав вокруг себя плеяду талантливых военачальников, среди которых особенно выделялись Тоётоми Хидэёси (1536–1598) и Токугава Иэясу (1542–1616), Ода одерживал одну победу за другой, но ссора с вассалом Акэти Мицухидэ привела к тому, что Мицухидэ убил Ода и его старшего сына.
Тоётоми Хидэёси продолжил дело объединения Японии, но уже не для наследников Ода, а для себя. Впрочем, и он, достигнув вершин власти, не смог передать ее сыну. Отчасти причиной тому было сословно-родовое сознание японцев: не принадлежащий к потомкам дома Минамото не мог претендовать на звание сёгуна. К тому же Тоётоми был выходцем из крестьян, и родовитые князья не потерпели бы над собой такого сёгуна.
После смерти Тоётоми Хидэёси борьба за власть разыгралась между Токугавой Иэясу и Тоётоми Хидэёри — точнее, его матерью Ёдогими, властной и умной женщиной, племянницей Ода Нобунага. Именно она стояла за спиной Исида Мицунари, председателя опекунского совета при малолетнем Хидэёри. Войска Исида (Западная коалиция) и Токугава (Восточная коалиция) сошлись в битве при Сэкигахара в 1600 году, и партия Исида проиграла. В 1603 году Токугава Иэясу был провозглашен сёгуном. В 1614 году он уничтожил остатки оппозиции, сгруппированные вокруг юного Тоётоми Хидэёри и его матери. Головы побежденных самураев победители расставили вдоль всей дороги от замка Осака, где произошла решающая битва, до замка Фусими.
Наступил долгий мир. Укрепляя свою власть, Иэясу и его наследники окончательно утвердили систему «четырех сословий»: крестьян, торговцев, ремесленников и самураев. Само самурайское сословие тоже расслоилось на четко регламентированные группы; во главе его стояли госанкэ — «три почтенных дома», из которых только и могли выбирать сёгуна. Следующими в иерархии были фудай даймё — князья, чьи предки поддержали Токугаву Иэясу в битве при Сэкигахара. Ниже их стояли тодзама даймё — князья, чьи предки были в оппозиции к правящему дому. Значительность князя определялась не только принадлежностью к фудай либо тодзама, но и размерами его надела — хана . Непосредственно сёгуну подчинялась прослойка хатамото — «знаменосцев», а также личных вассалов — гокэнин . Хатамото и гокэнин также делились на категории: фудай (потомки ближайших сподвижников Токугава Иэясу) и гохо . Следующей ступенью самурайской иерархи были байсин (вассалы князей и хатамото). Ниже всех стояли асигару, «копьеносцы», и госи, деревенские самураи, чей образ жизни мало отличался от крестьянского. Существовала также особая — так называемая прослойка ронины, или роси, — самураи без господина, деклассированные воины. Они пополняли ряды телохранителей, наемных убийц и бандитов.