Его короткая и, казалось бы, незаметная деятельность в качестве частного преподавателя и невезучего террориста многое изменила в истории Японии. Несколько учеников «Вольной академии под соснами» извлекли из смерти учителя совсем не тот урок, который хотели преподать власти. Молодые самураи Такасуги Синсаку, Кидо Такаёси, Ито Хиробуми, Ямагата Аритомо пришли к выводу, что самураи как военная сила никуда уже не годятся и нет смысла воевать с европейцами по старинке, нужно реорганизовать армию по европейскому образцу, набрав туда простолюдинов и вооружив их по последнему слову оружейной техники.
Примерно в то же время в Эдо преподавал европейское военное и морское дело Сакума Сёдзан, выдвинувший принцип «западная наука, восточная этика». Сакума, чиновник бакуфу, был вдохновителем Ёсиды и хотя не шел на открытое противостояние с властями, все же отсидел какое-то время в тюрьме за неортодоксальный образ мысли. «Если мы не знаем ни врага, ни своих сил, мы, безусловно, потерпим поражение в любой битве. Однако даже если мы знаем врага и свои силы, мы все же в существующих условиях еще не можем говорить о сопротивлении. Только после того, как мы искусно овладеем всем тем, что блестяще использует враг, мы сможем говорить о победе над ним», — писал он. Радикалы из роялистского лагеря не могли простить ему «низкопоклонства перед Западом», и в 1864 году Сакума был убит политическим террористом из Кумамото Каваками Гэнсаем.
На улицах Киото и Эдо открыто лилась кровь. Политические разногласия между ронинами легко переходили в резню, кроме того, безденежные «люди благородных устремлений» не гнушались грабить торговцев, которые в социальной иерархии считались стоящими на низшей ступени. Чтобы положить конец беспорядкам в Киото, Мацудайра Катамори, комендант столицы, принял решение усилить городскую стражу отрядом, набранным из ронинов, которым дали право применять холодное оружие (в Японии того времени органы правопорядка могли пускать в ход только палки). Так был собран отряд «Синсэнгуми», костяком которого стали восемь человек, вышедших из эдоской школы фехтования «Сиэйкан». Во главе их встали Кондо Исами и Хидзиката Тосидзо, крестьяне из провинции Тама. Кондо был принят в самурайское сословие через усыновление, а Хидзиката и вовсе выдумал себе фамилию сам. Отряд был примечателен тем, что в него брали людей самого разного происхождения — имело значение только умение владеть мечом и готовность подчиняться железной дисциплине. Первый пункт устава «Синсэнгуми» гласил: «Запрещается отступать от принципов бусидо». Наказание за нарушение любого из пяти пунктов было одно: сэппуку.
Несмотря на то что большинство из офицерского состава «Синсэнгуми» первоначально придерживалось патриотических и изоляционистских идей, служебный долг сделал их противниками роялистов, действовавших под лозунгом «Сон но дзё и». Целью этих бесшабашных идеалистов было спровоцировать войну Японии с иностранцами. Трезвые же люди понимали, что исходом этой войны может стать только гибель государства, но за два с половиной столетия мирной жизни разрыв между самурайским идеализмом и реальностью стал настолько велик, что вся Япония могла туда провалиться целиком. Людям, именовавшим себя «рыцарями реставрации», было безразлично, погибнет Япония или нет, их интересовала только собственная смерть, по возможности красивая и возвышенная. В 1864 году заговорщики планировали поджечь Киото, похитить под шумок императора и вывезти его на гору Хиэй, чтобы от его имени объявить войну. Возможные массовые жертвы среди населения их не останавливали. Члены «Синсэнгуми», целью которых было сохранить в городе порядок и безопасность, должны были противодействовать «рыцарям реставрации» безотносительно сходства или расхождения в политических убеждениях. Их называли «волки Мибу» и «псы сёгуната».
Наступил момент, когда противостояние достигло апогея и грозило перерасти в гражданскую войну. Собственно, она уже шла — сёгунским войскам было приказано покарать мятежный клан Тёсю. Чтобы война не перекинулась на всю Японию, сёгун Токугава Ёсинобу сложил с себя и рода Токугава сёгунские полномочия, объявив юного императора Муцухито единовластным правителем страны. Началась новая эпоха в истории Японии — эпоха Мэйдзи.
Ученики Ёсиды Сёина — Кидо, Ямагата, Ито, а также двое самураев из Сацума, Сайго и Окубо, — встали во главе правительства императора Мэйдзи. Страна зашагала дорогой индустриализации и вестернизации. Прежний лозунг «Почитай императора, изгоняй варваров!» сменился новым — «Обогащай страну, укрепляй армию!». Но при этом идеологию самурайства отнюдь не предали забвению даже после принятия императорского эдикта о равенстве всех сословий. Напротив, государству было выгодно поддерживать ее и распространять на другие сословия, культивируя в японцах преданность, самоотверженность, верность, считавшиеся ранее привилегией исключительно воинской касты. Хотя армия, полиция и государственный аппарат теперь были открыты для всех, костяк их попрежнему составляли выходцы из самурайских рядов. Многие исследователи именно этим объясняют высокую эффективность и низкую коррумпированность японской полиции.