Поэтому вполне закономерно, что в трагическом контексте происходивших гонений на Церковь нападение нацистской Германии на СССР 22 июня 1941 г. не могло быть воспринято однозначно представителями русской церковной иерархии.
Так, уже неоднократно ощущавший на своем личном опыте антихристианскую политику нацистских властей в Германии, но одновременно мучительно переживавший гораздо более трагическую судьбу Церкви в России архимандрит Иоанн (Шаховской) в первые дни войны Германии с СССР выразительно отозвался на происшедшие события: «Кровь, начавшая проливаться на русских полях с 22 июня 1941 г., есть кровь, льющаяся вместо крови многих и многих тысяч русских людей, которые будут скоро выпущены из всех тюрем, застенков и концлагерей Советской России. Одно это уже исполняет сердце радостью. Лучшие русские люди будут скоро отданы России, лучшие пастыри будут отданы Церкви… Промысел избавляет русских людей от новой гражданской войны, призывая иноземную силу исполнить свое предназначение. Кровавая операция свержения III Интернационала поручается искусному и опытному в науке своей германскому хирургу. Лечь под его хирургический нож тому, кто болен, не зазорно… Обессиленные и закрепощенные по лагерям, заводам и колхозам русские люди были бессильны подняться против международной атеистической силы, засевшей в Кремле. Понадобилась профессионально-военная, испытанная в самых ответственных боях, железноточная рука германской армии… Новая страница в русской истории открылась 22 июня 1941 г., в день празднования русской Церковью памяти «Всех Святых, в земле Русской просиявших». Не ясное ли это, даже для слепых, знамение того, что событиями руководит Высшая Воля? В этот чисто русский (и только русский) праздник, соединенный с днем воскресения, началось исчезновение демонских криков «интернационала» с земли Русской… Скоро, скоро русское пламя взовьется над огромными складами безбожной литературы. Мученики веры Христовой и мученики любви к ближнему, мученики правды человеческой выйдут из своих застенков… Откроются оскверненные храмы и освятятся молитвой. Священники, родители и педагоги будут вновь открыто учить детей истине Евангелия… Это будет та «пасха среди лета», о которой 100 лет тому назад в прозрении радостного духа пророчествовал великий святой Русской земли преподобный Серафим Саровский. Лето пришло, близка русская пасха».
Однако переживавший, казалось бы, полное крушение своей исполненной компромиссов с богоборческим государством политики, которая оказывалась не способной предотвратить уничтожение Церкви, митрополит Сергий (Страгородский) уже 22 июня 1941 г. после совершения Божественной литургии в Богоявленском соборе в Москве составил послание к своему немногочисленному остававшемуся на свободе духовенству и пастве совершенно иного содержания: «Фашиствующие разбойники напали на нашу родину. Попирая всякие договоры и обещания, они внезапно обрушились на нас, и вот кровь мирных граждан уже орошает родную землю. Повторяются времена Батыя, немецких рыцарей, Карла Шведского, Наполеона. Жалкие потомки врагов православного христианства хотят еще раз попытаться поставить народ наш на колени перед неправдой, голым насилием принудить его пожертвовать благом и целостью родины, кровными заветами любви к своему отечеству… Православная наша Церковь всегда разделяла судьбу народа. Вместе с ним она и испытания несла, и утешалась его успехами. Не оставит она народа своего и теперь. Благословляет она небесным благословением и предстоящий всенародный подвиг».
Советские власти разрешили митрополиту Сергию огласить текст этого послания в храмах лишь 6 июля 1941 г., спустя 2 дня после того, как советские граждане, наконец, услышали выступление 12 дней безмолвствовавшего Сталина.
К концу 1942 г. германскими вооруженными силами была оккупирована территория СССР, на которой находилось около 75 млн советских граждан. Оккупационный режим на обширной территории СССР, занятой германскими войсками, первоначально находился под контролем военной администрации, которая по мере дальнейшем продвижения линии фронта передавала управление представителям Министерава восточных территорий, действовавшим в тесном сотрудничестве с Имперской службой безопасности.