Невдовзі – новий злет. На III з'їзді КП(б)У Г. П'ятаков був обраний до президії з'їзду, брав активну участь у обговоренні всіх питань порядку денного, як завжди, надавав своїми виступами особливої гостроти дискусії між правими і «лівими», що спалахнула з новою силою. Іноді здавалося, що боротьба йде між урядом України, в якому «ліві» мали більшість, і ЦК КП(б)У, обраним II з'їздом переважно з числа правих. У полемічному запалі Г. П'ятаков часом припускався явно необгрунтованих оцінок і тверджень. Так, критикуючи політичну лінію ЦК КП(б)У, у діяльності якого поряд з сильними, позитивними сторонами були й явно слабкі, навіть негативні моменти, Георгій Леонідович огульно заявив: «Центральний комітет нашої партії (КП(б)У. – В. С.) вів лінію, якщо можна так висловитись, при відсутності всякої політичної лінії». Не втримавшись і на цій позиції, він далі навіть прагнув довести, ніби ЦК КП(б)У перешкоджав перемозі робітничо-селянської революції в Україні.
Така поведінка не сприяла виробленню зваженого, обґрунтованого підходу до розв'язання нагальних проблем партійної політики, викликала нерідко відповідну реакцію такого ж емоційного змісту. Разом з тим деякі делегати досить переконливо викрили сепаратистські, самостійницькі тенденції в поглядах Г. П'ятакова, звертаючи увагу на його небажання рахуватись з позицією ЦК РКП(б). «Ви лаєте в нашій особі роботу і політику всієї партії, – говорив, звертаючись до Георгія Леонідовича, Ф. Сергеев (Артем). – Так і кажіть: «Ми – українські сепаратисти, ми бажаємо тут на Україні грати свою світову політику». Пробачте, цієї політики ви грати не будете. Буде єдина Комуністична партія, і тільки вона вестиме політику». Це була не приватна думка. Такої лінії дотримувалися ЦК РКП(б) і більшість республіканської партійної організації. Однак III з'їзд КП(б) все ж обрав Г. П'ятакова до складу ЦК КП(б)У, а організаційний пленум, що відбувся 6 березня 1919 р., доручив йому пости члена Політбюро (всього 5 чоловік), Оргбюро (3 чоловіка) і секретаря ЦК КП(б)У На цій посаді він працював до травня 1919 р., до поїздки на денікінський фронт. 30 травня Політбюро ЦК КП(б)У вирішило покласти обов'язки секретаря ЦК Компартії України на С. Косіора. 19 червня 1919 р. було розглянуте питання про мобілізацію партійних сил на боротьбу з денікінщиною. На доповідь Г. П'ятакова і А. Бубнова про їх поїздки на Південний фронт було ухвалено відрядити ряд керівних партійних працівників до Реввійськрад армій, зокрема Георгія Леонідовича – до Реввійськради 13-ї армії. Через кілька днів йому підшукали заміну в Оргбюро ЦК і на посаді заступника завідувача відділу агітації і пропаганди ЦБК Рад України, залишивши наркомом радянської пропаганди. Дослідникам, очевидно, належить ще докладно вивчити, який конкретний внесок зробив Г. П'ятаков у військові перемоги Червоної армії, як вплинуло на його особистість і характер перебування на фронтах громадянської війни, якою мірою вони позначились на тих методах діяльності, що їм у майбутньому надавав перевагу Георгій Леонідович.
На посту члена Реввійськради 13-ї армії Південного фронту, а згодом комісара 42-ї дивізії, Г. П'ятаков разом з червоноармійцями зазнав біль поразок і відступів першого етапу боротьби з денікінцями. Навіть перебуваючи на фронті, Г. П'ятаков не уявляв себе поза діяльністю ЦК КП(б)У, РНК України, вів активне листування з іншими керівними працівниками республіканської партійної організації, з ЦК РКП(б). У переможному наступі Червоної армії проти армії Денікіна Георгію Леонідовичу взяти участь не довелось. На короткий час у жовтні 1919 р. він був призначений комісаром Академії Генерального штабу, а потім заступником голови Ради 1-ї Уральської революційної армії праці, що дислокувалася в Катеринбурзі. Головою Ради цієї армії був нарком у військових справах, голова Реввійськради республіки Л. Троцький. Тогочасні і пізніші спілкування з ним, очевидно, не могли залишитись безслідними для Г. Л. П'ятакова, який, як відомо, і сам був схильним до лівацьких настроїв і вчинків. Тому він охоче запозичував із арсеналу Л. Троцького не лише світоглядні ідеї, але й методи підходу до розв'язуваних проблем.