Факти свідчать, що навіть у той час, коли зникли будь-які причини для фракційних настроїв, Г. П'ятаков чомусь не міг заспокоїтись, неодноразово апелював до ЦК РКП(б), намагаючись виправдати свою минулу діяльність, а водночас поставити під сумнів вірність політики, здійснюваної в Україні згідно з принциповими рішенями, ухваленими ЦК партії у кінці 1919 p., зокрема резолюції VIII конференції РКП(б) «Про Радянську владу на Україні». 6 (7) лютого 1920 р. Г. П'ятаков і А. Бубнов направили в Центральний Комітет РКП(б) заяву із твердженнями про «помилковість ухваленої ним (ЦК РКП(б). – В. С.) лінії поведінки щодо України».
Під час війни з білопанською Польщею Г. П'ятаков знову на фронті. Він був членом Реввійськради 16-ї армії Західного фронту (2 червня – 16 жовтня 1920 р.), а в момент розгрому Врангеля як член Реввійськради 6-ї армії брав участь у бойових діях у Північній Таврії, у форсуванні Сивашу, оволодінні Перекопським перешийком, очищенні Криму від білогвардійців. Історикам належить на документальній основі з'ясувати роль Г. П'ятакова у трагічних подіях в Криму у завершальні дні громадянської війни. Є непідтверджені документальні відомості, згідно з якими, коли Крим повністю став радянським, наділена особливими повноваженнями «п'ятаковська трійка» оголосила, що всі білогвардійські офіцери повинні обов'язково пройти реєстрацію (ті, хто відмовиться, вважатимуться поза законом) і потім самі мають визначити подальшу долю: виїхати або ж працювати у згоді з Радянською владою. «Мені рідко доводилось спостерігати таке почуття загального полегшення, як після цієї заяви, – згадував письменник В. Вересаев, – молоде біле офіцерство, яке складалося переважно із студентства, аж ніяк не чорносотенне, логікою речей загнане в боротьбу з більшовиками, за якими вони не зуміли розглядіти найширших трудових мас, давно вже вважало свою роль обтяжливою і з відчаєм відчувало, що пішло обманною дорогою, і що виходу на іншу дорогу йому немає, і ось раптом цей вихід відкривався, вихід до чесної роботи у рідній країні». Проте тих, хто повірив представникам Радянської влади і з'явився на реєстрацію (їх було немало – тисячі людей), віроломно заарештовували і розстрілювали. За свідченням В. Вересаева, Ф. Дзержинський охарактеризував ці дії як «величезну помилку», сказавши, що ніхто не міг сподіватися, що надані «трійці» повноваження будуть використані таким чином.
Сумніви щодо причетності Г. П'ятакова до кривавих розправ пов'язані не в останню чергу і з тим, що він пробув у Криму буквально кілька коротких днів, що передували трагічним подіям. Як відомо, головними містами Криму Червона армія опановувала 13—16 листопада. А вже 17 листопада Г. П'ятаков був у Харкові, обирався до президії V конференції КП(б)Х брав активну участь у її роботі. Конференція обрала Георгія Леонідовича до складу Центрального Комітету. На Пленумі ЦК, що відбувся 23 листопада 1920 p., кандидатура Г. П'ятакова була висунута на пост секретаря ЦК КП(б)У, проте секретарями були обрані за результатами голосування В. Молотов і Д. Лебідь.
25 листопада 1920 р. Г. П'ятакова призначають головою Центрального правління кам'яновугільної промисловості Донецького басейну (ЦПКП). На той час Донбас був однією з найвідповідальніших, ключових ланок економіки країни, від стану справ у якій, за ленінськими оцінками, залежала доля соціалістичного будівництва. За відбудовою вугільних шахт, металургійних заводів уважно спостерігала вся країна, величезний інтерес до неї проявляли ЦК РКП(б), РНК. Центральне правління кам'яновугільної промисловості всю свою діяльність організувало під лозунгом «диктатури вугілля», йдучи, за словами Г. П'ятакова, «шляхом інтенсифікації праці, збільшення напруженості роботи». І першим, кому Георгій Леонідович висував найсуворіші вимоги, був він сам, віддаючи справі всі сили, працюючи без сну і відпочинку, нерідко буквально на грані людських можливостей. З такою ж суворою міркою він підходив до будь-кого у всій системі ЦПКП – від правління до бригади. Варто додати, що його вимогливість іноді межувала з жорстокістю, скрізь запроваджувались норми суворої, запозиченої з армійського життя, дисципліни. Відчуваючи гостру потребу в кадрах, Георгій Леонідович виступив ініціатором застосування на всіх виробничих процесах бійців Української трудової армії. Не дивно, якщо зважити на це, чому в профспілковій дискусії кінця 1920—початку 1921 р. Г. Л. П'ятаков підтримував троцькістську платформу.
Зусилля голови ЦПКП по відродженню Донбасу разом з іншими факторами привели до помітних зрушень, згодом і до позитивного перелому у вугільній промисловості. Це з радістю відзначав В. Ленін. Дуже високо оцінював організаторські здібності Георгія Леонідовича Г. Орджонікідзе. Після відвідання у грудні 1921 р. Донбасу він підкреслив, що очолюване Г. П'ятаковим Центральне правління кам'яновугільної промисловості «являє собою виняток серед наших радянських і господарських органів, виділяючись своєю дисципліною, порядком, точним і швидким виконанням своїх обов'язків. Керівна група працівників ЦПКП підібрана дуже вдало. Робота, проведена ЦПКП, – колосальна».