Прізвище Квірінга називалося серед кандидатів у секретарі ЦК КП(б)У Але тоді ним став Г. П'ятаков – прибічник самостійної партії, прихильник ліворадикальних дій. Коли підняте за його ініціативи повстання проти австро-німецьких окупантів і гетьмана, виявившись недостатньо підготовленим, зазнало поразки, Г. П'ятакова на Пленумі ЦК КП(б)У 8—9 вересня 1918 р. було звільнено з посади секретаря ЦК. А обов'язки керівника партії було покладено на С. Гоппер – соратницю Е. Квірінга, який значно посилив свої позиції і вплив. А на Другому з'їзді КП(б)У (17—22 жовтня 1918 p., Москва), який засудив політичну лінію попереднього керівництва, Еммануїла Йоновича було обрано секретарем Центрального Комітету. І цю посаду він обіймав до березня 1919 р.
Першочерговим завданням парторганізацїї республіки в цей період була концентрація партійних сил у пролетарських центрах і великих містах України з метою створення військових підрозділів для боротьби з окупаційними військами та владою Директорії, що настала в Україні в результаті антигетьманського повстання. Сформовані у нейтральній зоні повстанські полки були підтримані регулярними частинами Червоної армії РСФРР, що вирішило результат боротьби на їх користь.
У березні 1919 p. E. Квірінг звітував III з'їзду КП(б)У про діяльність ЦК з жовтня 1918 р. по лютий 1919 р. У його ґрунтовній доповіді аналізувалася робота по організації трудящих мас України на боротьбу за відновлення Радянської влади, закріплення її завоювань, вироблення тактики щодо інших партій. Значне місце відводилося питанням кадрової політики КП(б)У, посилення її впливу на різні галузі соціалістичного будівництва в республіці. Разом з тим доповідач самокритично проаналізував недоліки і помилки в роботі ЦК КП(б)У.
Необхідно зазначити, що внутріпартійна обстановка в республіканській партійній організації у 1918—1919 pp. була досить складною. Це пов'язано насамперед з істотними розходженнями серед її діячів у оцінці перспектив та рушійних сил пролетарської революції в Україні, у питаннях тактики революційної боротьби, організаційно-партійної роботи. Серед керівного ядра КП(б)У все ще не згасли групові пристрасті, що позначалося на всій обстановці в партійній організації республіки. І досить було навіть незначного приводу, щоб внутріпартійна боротьба знову загострилася. На III з'їзді таким питанням стала оцінка діяльності ЦК КП(б)У «Ліві» відразу ж обрушилися на ЦК зі звинуваченнями, в яких домінували суб'єктивізм і емоції, бажання взяти реванш за негативну оцінку їх роботи у складі ЦК першого обрання. Не останню роль у цьому відіграло й те, що саме з ініціативи ЦК, у якому переважали прибічники правих поглядів, у січні 1919 р. Г. П'ятаков був замінений на посаді голови Тимчасового робітничо-селянського уряду України X. Раковським.
Обговорення звіту ЦК КП(б)У було дуже напруженим: принципова партійна критика почасти підмінялася різкими випадами, необ'єктивними оцінками. Багато хто з делегатів, особливо ті, що представляли підпільні організації, були необізнані з груповою боротьбою в КП(б)У і не зуміли відрізнити справедливі зауваження на адресу ЦК від необгрунтованих нападок на його політичну лінію і практичну роботу. Все це призвело до того, що лінія «лівих» на визнання тактики ЦК неправильною і звинувачення його у нездатності керувати партійними організаціями республіки в умовах «загострення громадянської війни» були підтримані незначною більшістю голосів (99 проти 92). Е. Квірінг залишив посаду секретаря ЦК КП(б)У. Проте навіть такий поворот подій не підірвав авторитету Еммануїла Йоновича у комуністів республіки. Про це, зокрема, свідчить обрання його в останній день роботи з'їзду членом ЦК КП(б)У а на організаційному засіданні ЦК – до складу Політбюро республіканської парторганізацїї.
У січні 1919 р. Е. Й. Квірінг був призначений головою Ради народного господарства України. Він входив також до складу Раднаркому УСРР За короткий час мирної передишки на фронтах громадянської війни в Україні Еммануїлу Йоновичу вдалося розгорнути велику роботу щодо створення раднаргоспів, націоналізації промисловості і транспорту, координації господарської політики РСФРР та УСРР.
З новим загостренням громадянської війни – наступом Денікіна – проблема міцного тилу висунулася на перший план. Де б Е. Квірінг не працював у 1919—1920 pp. – головою УРНГ, заступником голови ВРНГ РСФРР, заступником начальника політуправління 12-ї армії, головою Катеринославського ревкому, секретарем Катеринославського губкому партії, – він віддавав свої сили і знання організації нової влади, відбудові зруйнованого господарства.