У 1927 p. M. Шаповал вважав, що ще не прийшов час розкрити всю правду про те, чому він не ввійшов до складу Директорії, обмежившись, по суті, двома аргументами: фізичною перевтомою, погіршенням стану здоров'я і бажанням уникнути ймовірних конфліктів з С. Петлюрою, неприязні стосунки з яким тяглися ще з часу вимог М. Шаповала у Центральній Раді увільнити С. Петлюру з посади генерального секретаря військових справ у грудні 1917 р.
Хоча Микита Юхимович згоджувався на будь-яку іншу роль, окрім верховного проводу Української революції, важливі функції організатора багатьох конкретних справ підготовки і проведення повстання він здійснював по суті самотужки. Разом із В. Винниченком, якого він змінив 14 листопада 1919 р. на посаді голови Українського національного союзу, вважав, що у відновленій УНР влада повинна належати лише трудящим класам, «трудовій демократії» – селянству і робітництву і реалізуватися через трудові Ради. Ці ідеї він сповідував і в подальшому, вважаючи, що національна революція в Україні з неминучістю переростає в соціальну і лише незалежна Україна, повновладними господарями в якій стануть українські трудящі класи, може бути стратегічною метою визвольної боротьби. «Коли мої настрої тепер відповідають моїй програмі, – і через багато років писав М. Шаповал, – то це сталось тому, що коли я вивчив дійсність українську, то я собі сказав, що мушу йти з трудовим народом. Тим більше це було мені потрібне, що як мій батько до смерті був пролетарій, так і я своє життя молодше провів, як робітник в Донбасі. Я був серцем завжди з трудовою Україною, але після вивчення обставин життя і розумом став на революційну селянсько-робітничу програму, а щоб переводити цю програму в життя, щоб виявити свою волю, то я записався до партії соціалістів-революціонерів.
Щоб жити повним життям, треба, щоб воля, розум і серце були в згоді. Тоді й буде те щастя, за яким тужить кожна мисляча істота.
Я й щасливий, що належу до партії соціалістів-революціонерів, одверто стою під її прапором, як жовнір української соціальної революції. І коли ви мене питаєте, що робити, яким шляхом іти, то я вам можу сказати лиш ту правду, що сам маю, лиш той шлях, яким сам іду. Двох або різних правд нема: є лише одна правда і тому я закликаю вас стати під прапор революційного соціалізму і йти під ним до соціальної революції, котра одна приведе нас до великої мети: української соборної, самостійної, трудової, соціалістичної республіки». По суті тут викладена програма, якої М. Шаповал дотримувався все свідоме життя, прагнув послідовно реалізувати, якими б можливостями не володів.
За часів Директорії М. Шаповал входив до уряду В. Чехівського, займав винятково важливу для України, особливо з погляду на карколомні звиви аграрної політики у попередні два роки, посаду міністра земельних справ (26 грудня 1918 p. – лютий 1919 p.). Саме його перу належали закони Директорії про ліс і про землю, оголошені відповідно 7 і 8 січня 1919 р. Обидва закони набули нової ваги після затвердження Трудовим конгресом України. За цими законами в Українській Державі передбачалося скасувати приватну власність на всі землі без викупу, непорушною залишалась лише трудова селянська власність – не більше 15 десятин (16,5 гектара). Закон визнавав приватно-індивідуальне користування землею, але відкривав простір і для добровільної колективізації.
Як і В. Винниченко, М. Шаповал не поділяв ентузіазму тих політиків, які тріумфально оцінювали рішення про злуку українських земель 22 січня 1919 р. Не заперечуючи певного морально-політичного, навіть ідеологічного значення події, він водночас не міг не відзначити, що «ця злука була більш теоретично-юридичною, бо галицький Державний Секретаріат уперто стояв на тім, що лише на спільних Всеукраїнських Установчих Зборах буде остаточно установлено закон про форму включення західних земель в одну державну систему і організацію єдиної влади, а до того Західна область УНР мусила б бути цілком незалежною в своїм існуванні». М. Шаповал вважав, що те двовладдя, яке «злукою було фактично проголошено на одній українській землі», принесло «необчислимі нещастя для українського народу», бо не тільки не сприяло об'єднанню всіх сил народу в боротьбі проти російської експансії, а, навпаки, привело до посилення розколу через протистояння між С Петлюрою, що перебрав на себе повноваження голови Директорії, та Є. Петрушевичем – диктатором ЗОУНР.