Особливо вражали М. Шаповала – натуру цілісну, послідовну, самовіддану – численні факти обопільного зрадництва, що стали домінуючою рисою у поведінці як галичан, так і петлюрівців (а виправдовувалось усе, звичайно, скрутними обставинами). Цього він ніяк не міг вибачити політикам і навіть через багато років з великим обуренням відтворював тогочасні сторінки політичної історії України, не втримуючись на позиціях безстороннього реєстратора подій, а нещадно картаючи ганебні вчинки найнеприємнішими оцінками і гострими епітетами.
М. Шаповал розумів значення міцної армії для долі Української Держави. Коли під тиском більшовицьких військ Директорія відступила на Поділля і уряд В. Чехівського подав у відставку, він, уже знаходячись у Вінниці (лютий 1919 p.), представив українській владі проект організації земельної (селянської) армії. Вона мала базуватися на таких принципах: армія організується територіально (по селах, волостях, повітах), старшинство (офіцерство) формується з представників українських партій, селянської спілки, вчительства і дрібних селян-козаків. Російське старшинство, яке, за словами М. Шаповала, пасивно волоклося за українською владою і чекало Антанти і добровольців з Одеси, яке «саботувало, губило всю українську справу», повинно бути розпущене. Цей проект, за свідченням його автора, був прихильно зустрінутий, але в життя не проведений, бо керівництво Директорії взяло орієнтацію на Антанту, що згубно відбилося на подальшій долі і Директорії, і України.
В момент, коли принципові незгоди в керівних українських колах досягли апогею (лютий 1919 p.), M. Шаповал залишає Україну, через Галичину відправляється на дипломатичну службу за кордон – як аташе дипломатичної місії УНР у Швейцарії (щоправда, він прагнув вийти з уряду ще раніше, подавши 2 січня 1919 р. заяву голові Ради Міністрів з проханням звільнити його від обов'язків міністра земельних справ з «огляду на недугу»).
Після Швейцарії деякий час довелось попрацювати секретарем дипломатичної місії УНР в Угорщині, звідки в жовтні 1919 р. був відряджений до Праги радником Директорії з культурно-просвітницьких справ. Йому доручалося вести роботу серед військовополонених та біженців і всіх українських громадян, які перебували на території Чехословацької Республіки.
Поразка Директорії і утвердження в Україні влади більшовиків зробили неможливим повернення М. Шаповала на рідну землю. Він залишився в Празі, де розгорнув активну громадсько-політичну, просвітницьку та наукову діяльність. Він був головою Головного політичного комітету закордонної організації Української партії соціалістів-революціонерів, заснував Український громадський комітет і в 1921—1925 pp. очолював його. Ця громадська благодійницька організація за допомогою уряду Чехословаччини організувала Українську господарську академію в містечку Подебради поблизу Праги (1922 р.) та Український високий педагогічний інститут ім. М. Драгоманова у Празі (1923 p.). M. Шаповал був також організатором Всеукраїнського робітничого союзу в Чехословаччині, одним із засновників і членом наглядової ради Українського громадського видавничого фонду в Празі, видавцем і редактором журналу «Нова Україна» (1922—1928 pp.). Про цей період діяльності М. Шаповала Софія Русова у споминах писала, що він «своєю вдачею, творчою енергією, шляхетною великодушністю, своєю відданістю українській справі стояв головою вище від усієї української еміграції в Чехословаччині. Він не тільки сам неймовірно багато працював, але спонукав інших до праці, творив великі історичні факти – усі ті вищі школи, гімназії, виклади для робітників і багато інших культурних установ, що виникли з його ініціативи, це плоди його праці».
У 1924 р. Шаповал реалізує один із своїх найголовніших проектів – засновує Український соціологічний інститут у Празі (УСІ). Співробітниками інституту працювали професори С. Шелухін, Л. Білецький, С. Русова та інші. За участю М. Шаповала в 1925—1927 pp. виходили збірники УСІ «Суспільство».
За свою плідну організаційно-наукову, дослідницько-видавницьку, викладацько-просвітницьку діяльність М. Шаповал в 1929 р. був удостоєний вченого ступеня доктора соціології та вченого звання професора по кафедрі теоретичної соціології. Цей період у житті вченого виявився надзвичайно плідним. Його праці (значна частина з них опублікована під псевдонімом – М. Сріблянський) можна умовно розділити на кілька основних груп (за напрямками, предметом досліджень).